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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG094030
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 26586554-26590039 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1561 bp · TkAUNG094030|TK1151|cDNA

ATAAGTACTACGATTGAAGTTACGGGTAGAAGTAAATCAATAAAACCTCTCTTCGTCATACATAATCCGCCCTCCGTGGCCTTTTCTTCCACTGAAATGTTGGTGCAGACTCTCCTATGGAAATTCCCATTTTCCTATAACAAACGCACACATCCTACGCTTCTCTTCACATCCCCGTCCATTAGCTCTAGCACACTACCTTTGAATAACTCAATTCGCAGTCAAAGAACTTCAGTTTCCCCAATCACAACTTCTTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · TkAUNG094030|TK1151|CDS

ATAAGTACTACGATTGAAGTTACGGGTAGAAGTAAATCAATAAAACCTCTCTTCGTCATACATAATCCGCCCTCCGTGGCCTTTTCTTCCACTGAAATGTTGGTGCAGACTCTCCTATGGAAATTCCCATTTTCCTATAACAAACGCACACATCCTACGCTTCTCTTCACATCCCCGTCCATTAGCTCTAGCACACTACCTTTGAATAACTCAATTCGCAGTCAAAGAACTTCAGTTTCCCCAATCACAACTTCTTCATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

321 aa · TkAUNG094030|TK1151|PROTEIN

ISTTIEVTGRSKSIKPLFVIHNPPSVAFSSTEMLVQTLLWKFPFSYNKRTHPTLLFTSPSISSSTLPLNNSIRSQRTSVSPITTSSSVSTTEEVGRFVSDQHLKLKNICEGHVPDHILRRIEELGYIMPTEIQRQALPVLFSGQDCILHAQTGSGKTLAYLLQIYSVINTQRSAVQALIVVPTRELGMQVAKVARMLAAQPDQPIEDKPCTIMALLDGGTLRRQKSWLKAEPPTIIVATLGSLCQLLEKQTIKLESMRVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG094030
TK1151 IDTkAUNG094030
OH-1004 IDLXL04_032295
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)33.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 59.190 / OH-1004 22.007
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG094030
位置ChrUn:26586554-26590039 (+)
描述Similar to RH29: Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 29
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g19210 DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶58，叶绿体类型。 暂无已核实直接文献
At1g12770 胚胎发生过程中必需的蛋白质。
Identification of a developmental transition in plasmodesmatal function during embryogenesis in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.5.1261
Loss of the plant DEAD-box protein ISE1 leads to defective mitochondria and increased cell-to-cell transport via plasmodesmata.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0909229106
Loss of INCREASED SIZE EXCLUSION LIMIT (ISE)1 or ISE2 increases the formation of secondary plasmodesmata.2010 · DOI: 10.1016/j.cub.2010.03.064

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0970600 DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶58，叶绿体类型。 暂无已核实直接文献
Os02g0636300 DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶47A。 暂无已核实直接文献
Os03g0219700 DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶47B。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032295 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程
GO:0030520 estrogen receptor signaling pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G77030
dosa:Os08g0416100
hsa:79039
mmu:71990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.798
排名 1 · TkAUNG094030 · TK1151
细胞核0.083
排名 2 · TkAUNG094030 · TK1151
细胞质0.075
排名 3 · TkAUNG094030 · TK1151
质体0.064
排名 4 · TkAUNG094030 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkAUNG094030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD130-302 aa
PF13245AAA_19133-282 aa
PF04851ResIII144-265 aa
PF00176SNF2-rel_dom144-188 aa
PF13401AAA_22146-283 aa
PF26815Phage_RepB175-228 aa
PF26815Phage_RepB255-301 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG094030PF00270DEAD1303022.2e-32112.8
TkAUNG094030PF13245AAA_191332820.001819.2
TkAUNG094030PF04851ResIII1442651.1e-0732.7
TkAUNG094030PF00176SNF2-rel_dom1441880.08212.7
TkAUNG094030PF13401AAA_221462830.001319.7
TkAUNG094030PF26815Phage_RepB1752280.07613.4
TkAUNG094030PF26815Phage_RepB2553010.07613.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q3E9C3拟南芥sp|Q3E9C3|RH58_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 58, chloroplastic70.200%Swiss-Prot中等置信
Q8W4E1拟南芥sp|Q8W4E1|RH47_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 47, mitochondrial32.300%Swiss-Prot中等置信
Q0JFN7水稻sp|Q0JFN7|RH58_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 58, chloroplastic69.200%Swiss-Prot中等置信
Q6H874水稻sp|Q6H874|RH47A_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 47A31.900%Swiss-Prot中等置信
Q10PV9水稻sp|Q10PV9|RH47B_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 47B31.400%Swiss-Prot中等置信

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