TkAUNG089160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG089160

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 25299848-25303819 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3215 bp · TkAUNG089160|TK1151|cDNA

TAGGAGAACAGATGGACCAGCACAGGACTAACAAAAATCGGATGCTGTTTGAACGATTTGCGTCGCCTTCTTTCTCGCCGTGTCCATCTTCCTCGCCGTCTCCAGCTTTCTCGTCGCCTCCATTTACAATCGAATCTTCATCCAGAACACAATATCATCGACACCTCTCCATCCATTACACGCTGGTCACAACTCGATATAAGTTATAACCGCAGTGAAGCGCGGCTGTCGTTCCCTAGTTTGAAACTATGCCTTCTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2850 bp · TkAUNG089160|TK1151|CDS

ATGCCTTCTAAGGGCAAGAAGAGCTCCAAGTCAAAGGCTTTTTCCAATTCAGATGCAACATCACAGTCTCCTGTCAGCAGTTCGTCCACATATTCGAATCAGAACTCAAGTTATAACGGTGAAGGTGATGAACAATTGCTATTGCGCTCACTCGAAGAGACTTCTACCAAGTACCCATCATTAATTGGTACTTCTGCTTTGATTTGTCAACTCATTGAAGATGCTTCTGGTGGAATTGAGTCCAAAGGGTGTAAAGTATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

949 aa · TkAUNG089160|TK1151|PROTEIN

MPSKGKKSSKSKAFSNSDATSQSPVSSSSTYSNQNSSYNGEGDEQLLLRSLEETSTKYPSLIGTSALICQLIEDASGGIESKGCKVWLSDAAMVASSITPGSIVSVSLASSRRDVSSHLLSSLVDECARHYGFNEKVVNEIGNYFLLATVFPSSKVSKNGVRLSSTLLSAMGYPVSGRMIFVYPVNIGNGNNYFSINKCKDLHLSLVSSNNSFNTKNNKLCHTEFPTVHNGQHENGSPKTPQLTRSKLTSPRSSQPTSPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG089160`
TK1151 ID	TkAUNG089160
OH-1004 ID	LXL04_000208
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG089160

位置 ChrUn:25299848-25303819 (+)

描述 Similar to AF_1297: Cell division cycle protein 48 homolog AF_1297 (Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56690`	钙调素相互作用蛋白 111。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000208 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

afu:AF_1297

ath:AT3G56690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.353

排名 1 · TkAUNG089160 · TK1151

细胞核0.315

排名 2 · TkAUNG089160 · TK1151

质体0.136

排名 3 · TkAUNG089160 · TK1151

线粒体0.109

排名 4 · TkAUNG089160 · TK1151

过氧化物酶体0.070

排名 5 · TkAUNG089160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26429DPBB_CI11150-185 aa

PF26429DPBB_CI111263-276 aa

PF14532Sigma54_activ_2328-370 aa

PF03215Rad17402-445 aa

PF14532Sigma54_activ_2402-443 aa

PF00931NB-ARC404-438 aa

PF05673DUF815405-439 aa

PF12775AAA_7407-437 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG089160	`PF26429`	DPBB_CI111	50	185	1.2e-52	178.2
TkAUNG089160	`PF26429`	DPBB_CI111	263	276	1.2e-52	178.2
TkAUNG089160	`PF14532`	Sigma54_activ_2	328	370	0.012	16.6
TkAUNG089160	`PF03215`	Rad17	402	445	0.00096	19.9
TkAUNG089160	`PF14532`	Sigma54_activ_2	402	443	0.012	16.6
TkAUNG089160	`PF00931`	NB-ARC	404	438	0.048	13.9
TkAUNG089160	`PF05673`	DUF815	405	439	0.03	14.2
TkAUNG089160	`PF12775`	AAA_7	407	437	0.00082	19.7
TkAUNG089160	`PF00005`	ABC_tran	409	436	0.0059	17.9
TkAUNG089160	`PF06745`	ATPase	409	433	0.28	11.2
TkAUNG089160	`PF02367`	TsaE	412	449	0.00045	20.9
TkAUNG089160	`PF13481`	AAA_25	412	432	0.11	12.8
TkAUNG089160	`PF01695`	IstB_IS21	415	486	0.00021	21.6
TkAUNG089160	`PF20720`	nSTAND3	415	459	0.00027	21.4
TkAUNG089160	`PF05496`	RuvB_N	416	489	5e-12	46.6
TkAUNG089160	`PF13191`	AAA_16	416	521	6.2e-12	47.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LET7`	拟南芥	sp\|Q9LET7\|CI111_ARATH Calmodulin-interacting protein 111	56.700%	Swiss-Prot	高置信

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