LXL04_000208 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000208

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 4076470-4080079 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2850 bp · LXL04_000208|LXL04_000208|OH1004|cDNA

ATGCCTTCTAAGGGCAAGAAGAGCTCCAAGTCAAAGGCTTTTTCCAATTCAGATGCAACATCACAGTCTCCTGTCAGCAGTTCGTCCACATATTCGAATCAGAACTCAAGTTATAACGGTGAAGGTGATGAACAATTGCTATTGCGCTCACTCGAAGAGACTTCTACCAAGTACCCATCATTAATTGGTACTTCTGCTTTGATTTGTCAACTCATTGAAGATGCTTCTGGTGGAATTGAGTCCAAAGGGTGTAAAGTATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2850 bp · LXL04_000208|LXL04_000208|OH1004|CDS

ATGCCTTCTAAGGGCAAGAAGAGCTCCAAGTCAAAGGCTTTTTCCAATTCAGATGCAACATCACAGTCTCCTGTCAGCAGTTCGTCCACATATTCGAATCAGAACTCAAGTTATAACGGTGAAGGTGATGAACAATTGCTATTGCGCTCACTCGAAGAGACTTCTACCAAGTACCCATCATTAATTGGTACTTCTGCTTTGATTTGTCAACTCATTGAAGATGCTTCTGGTGGAATTGAGTCCAAAGGGTGTAAAGTATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

949 aa · LXL04_000208|LXL04_000208|OH1004|PROTEIN

MPSKGKKSSKSKAFSNSDATSQSPVSSSSTYSNQNSSYNGEGDEQLLLRSLEETSTKYPSLIGTSALICQLIEDASGGIESKGCKVWLSDAAMVASSITPGSIVSVSLASSRRDVSSHLLSSLVDECARHYGFNEKVVNEIGNYFLLATVFPSSKVSKNGVRLSSTLLSAMGYPVSGRMIFVYPVNIGNGNNYFSINKCKDLHLSLVSSNNSFNTKNNKLCHTEFPTVHNGQHENGSPKTPQLTRSKLTSPRSSQPTSPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000208`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000208

位置 Chr01:4076470-4080079 (-)

描述 Similar to AF_1297: Cell division cycle protein 48 homolog AF_1297 (Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56690`	钙调素相互作用蛋白 111。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000208 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

afu:AF_1297

ath:AT3G56690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.354

排名 1 · LXL04_000208 · OH-1004

细胞核0.320

排名 2 · LXL04_000208 · OH-1004

质体0.132

排名 3 · LXL04_000208 · OH-1004

线粒体0.104

排名 4 · LXL04_000208 · OH-1004

过氧化物酶体0.069

排名 5 · LXL04_000208 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26429.1DPBB_CI11150-185 aa

PF05496.19RuvB_N416-489 aa

PF13191.13AAA_16416-521 aa

PF00004.36AAA418-547 aa

PF17862.8AAA_lid_3572-607 aa

PF05496.19RuvB_N676-748 aa

PF00004.36AAA714-845 aa

PF17862.8AAA_lid_3868-912 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000208	`PF26429.1`	DPBB_CI111	50	185	1.2e-52	178.2
LXL04_000208	`PF05496.19`	RuvB_N	416	489	4.3e-12	46.8
LXL04_000208	`PF13191.13`	AAA_16	416	521	4.7e-12	47.5
LXL04_000208	`PF00004.36`	AAA	418	547	5.6e-87	289.6
LXL04_000208	`PF17862.8`	AAA_lid_3	572	607	2.1e-26	91.8
LXL04_000208	`PF05496.19`	RuvB_N	676	748	4.3e-12	46.8
LXL04_000208	`PF00004.36`	AAA	714	845	5.6e-87	289.6
LXL04_000208	`PF17862.8`	AAA_lid_3	868	912	2.1e-26	91.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LET7`	拟南芥	Calmodulin-interacting protein 111	51.664%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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