TkA08G343450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G343450

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 88025710-88034379 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1536 bp · TkA08G343450|TK1151|cDNA

AGCTTTGTTATTTTCTCTATGTTCCTGTTCACCTGCCGTGTATTTGACACCGGATTATTTGACTTTGAGATATTAAGCCTCTCATTAACCATAAGAATCCCATATATCTTCTTTCATCTTGTAGAGAATTGAGTACACACCAAAATGAAGTTGCTAGATTGGATGCATCGCAAGTTTAGGAACGGAGAGCCACTAAAAGAATTTCCTACAGGGAACCCTTGTACTTGTCTTATGGGGCAACCATCACTCGACGATTTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1107 bp · TkA08G343450|TK1151|CDS

ATGAAGTTGCTAGATTGGATGCATCGCAAGTTTAGGAACGGAGAGCCACTAAAAGAATTTCCTACAGGGAACCCTTGTACTTGTCTTATGGGGCAACCATCACTCGACGATTTAGAGTATTATCCTAAATCAAACTATTACGCGAAACCATCGACCAAATCACGTGAAAATCAGCTCCTAAAATCGTTTTCATGCATAAGAGCAGATGACGAACACATGGGAGAAGAAGAATCATCGTCTGCTCTTTCCGAACTCTTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

368 aa · TkA08G343450|TK1151|PROTEIN

MKLLDWMHRKFRNGEPLKEFPTGNPCTCLMGQPSLDDLEYYPKSNYYAKPSTKSRENQLLKSFSCIRADDEHMGEEESSSALSELFHGFLAIGTLGTDPVTSDPATPTFSTSVQYIMEKETEATENELQFFNDELEKVLGADGKEDDSSRRDSYVSVGRSSHGSTITLGGKPLEAAENEIGGVACPLQGYLFGSTVGLPETTPGKKEHRTSLGELFQKTKIAEESNGVKCNHTRVEKQKEKDADKSAVHLVKKILKGIKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G343450`
TK1151 ID	TkA08G343450
OH-1004 ID	LXL04_025745
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.457 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G343450

位置 Chr08:88025710-88034379 (+)

描述 Similar to LA1: Protein LAZY 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14090`	参与芽向地性的调节。	AtLAZY1 is a signaling component required for gravitropism of the Arabidopsis thaliana inflorescence.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12118 Strigolactones regulate rice tiller angle by attenuating shoot gravitropism through inhibiting auxin biosynthesis.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1411859111 The Arabidopsis LAZY1 Family Plays a Key Role in Gravity Signaling within Statocytes and in Branch Angle Control of Roots and Shoots.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00575 LAZY Genes Mediate the Effects of Gravity on Auxin Gradients and Plant Architecture.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00942

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0490600`	通过负调控向下极性生长素运输（PAT）参与茎重力性和分蘖角度的调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0009959 negative gravitropism 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14090

dosa:Os11g0490600

zma:100193776

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.476

排名 1 · TkA08G343450 · TK1151

细胞核0.355

排名 2 · TkA08G343450 · TK1151

细胞质0.351

排名 3 · TkA08G343450 · TK1151

内质网0.053

排名 4 · TkA08G343450 · TK1151

线粒体0.031

排名 5 · TkA08G343450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28425LAZY_C61-147 aa

PF12878SICA_beta209-274 aa

PF28425LAZY_C229-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G343450	`PF28425`	LAZY_C	61	147	2.6e-09	37.9
TkA08G343450	`PF12878`	SICA_beta	209	274	0.26	12.1
TkA08G343450	`PF28425`	LAZY_C	229	368	2.6e-09	37.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XV40`	拟南芥	sp\|Q5XV40\|LAZY1_ARATH Protein LAZY 1	35.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2R435`	水稻	sp\|Q2R435\|LAZY1_ORYSJ Protein LAZY 1	27.100%	Swiss-Prot	低置信

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