TkA08G105140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G105140

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27301061-27305200 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2227 bp · TkA08G105140|TK1151|cDNA

AGTCAAGATCAATTCTTATCAACCTTTCACTAACTTACTCATAAACAAGAAGTTAATCGTGGGTTTCATTGGTAAACCCTAGGCGTAGCTAATTTTCCAGAACCCTTTATCCATTCATCTCTAAATAGAACTTCGTAACATTATCTCACAAAGTTACAATTTCAAATCCAATCTGCAAAAGGAAAATAGTTGTTTCTGTCATTTCGATCCATCATGCCTACCGTTAGCGTCGGAAGGGACCTTCTTTACACAGCACTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA08G105140|TK1151|CDS

ATGATTAATCTAGTTTTATGTTTGTTCTGCCAGACAACAGAGAAAGCAATTATAAGAAAGGAGAAACACCTGAAAGAAGACGAAGACATTGCTGCGGATGAAGAAATAATCTACAAAATTGACGTCCCTGCCAATCGATATGATTTGCTTTGTCTTGAGGGACTTGTGCAGTCTCTTCGCATTTTTCTTGGTATTGATTCAGTACCAAATTACACACTTTCTGATATTAGTAAGCAATCCATGCTTAAAATGCATGTAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · TkA08G105140|TK1151|PROTEIN

MINLVLCLFCQTTEKAIIRKEKHLKEDEDIAADEEIIYKIDVPANRYDLLCLEGLVQSLRIFLGIDSVPNYTLSDISKQSMLKMHVKPETSVIRPFVVCAVLRGITFNEARYNSFIDLQDKLHQNICRRRTLVAIGTHDLDTIEGPFTYEALPPSEIEFKPLKQVETFRADKLMEFYKSDLKLKKYLHIIEDSPVYPVIYDSKRRVLSLPPIINGAHSAISLKTKNVFIECTATDLTKAKIVLNTMVTMFSVYCERKFEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G105140`
TK1151 ID	TkA08G105140
OH-1004 ID	LXL04_031407
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.952 / OH-1004 93.624 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G105140

位置 Chr08:27301061-27305200 (-)

描述 Similar to At1g72550: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72550`	苯丙氨酸-tRNA 连接酶 β 亚基，胞质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006432 phenylalanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0051290 protein heterotetramerization 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009328 phenylalanine-tRNA ligase complex 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0002161 aminoacyl-tRNA deacylase activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72550

dme:Dmel_CG5706

hsa:10056

mmu:23874

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.521

排名 1 · TkA08G105140 · TK1151

细胞核0.292

排名 2 · TkA08G105140 · TK1151

线粒体0.212

排名 3 · TkA08G105140 · TK1151

细胞膜0.055

排名 4 · TkA08G105140 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA08G105140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18262PhetRS_B128-64 aa

PF03484B533-51 aa

PF03483B3_4112-241 aa

PF03484B5283-355 aa

PF18262PhetRS_B1316-345 aa

PF17759tRNA_synthFbeta359-483 aa

PF01409tRNA-synt_2d359-486 aa

PF17759tRNA_synthFbeta487-533 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G105140	`PF18262`	PhetRS_B1	28	64	3.6e-12	47.1
TkA08G105140	`PF03484`	B5	33	51	3.3e-19	69.5
TkA08G105140	`PF03483`	B3_4	112	241	1.3e-13	51.7
TkA08G105140	`PF03484`	B5	283	355	3.3e-19	69.5
TkA08G105140	`PF18262`	PhetRS_B1	316	345	3.6e-12	47.1
TkA08G105140	`PF17759`	tRNA_synthFbeta	359	483	3e-39	135.4
TkA08G105140	`PF01409`	tRNA-synt_2d	359	486	0.011	16.0
TkA08G105140	`PF17759`	tRNA_synthFbeta	487	533	3e-39	135.4
TkA08G105140	`PF01409`	tRNA-synt_2d	506	527	0.011	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGE9`	拟南芥	sp\|Q9SGE9\|SYFB_ARATH Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit, cytoplasmic	66.700%	Swiss-Prot	高置信

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