LXL04_031407 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031407

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 5490228-5494018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1791 bp · LXL04_031407|LXL04_031407|OH1004|cDNA

ATGCCTACCGTTAGTGTCGGAAGGGACCTTTTTTACACAGCACTAGGACGCACCTACACACAAGACGAGTTCGAAGAATTGTGCTTTGAATTTGGAATCGAGCTCGATGATGTGACAACAGAGAAAGCAATTATAAGAAAGGAGAAACACCTGAAAGAAGACGAAGACATTGCTGCGGATGAAGAAATAATCTACAAAATTGACGTCCCTGCCAATCGATATGATTTACTTTGTCTTGAGGGACTTGTGCAGTCTCTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1791 bp · LXL04_031407|LXL04_031407|OH1004|CDS

ATGCCTACCGTTAGTGTCGGAAGGGACCTTTTTTACACAGCACTAGGACGCACCTACACACAAGACGAGTTCGAAGAATTGTGCTTTGAATTTGGAATCGAGCTCGATGATGTGACAACAGAGAAAGCAATTATAAGAAAGGAGAAACACCTGAAAGAAGACGAAGACATTGCTGCGGATGAAGAAATAATCTACAAAATTGACGTCCCTGCCAATCGATATGATTTACTTTGTCTTGAGGGACTTGTGCAGTCTCTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

596 aa · LXL04_031407|LXL04_031407|OH1004|PROTEIN

MPTVSVGRDLFYTALGRTYTQDEFEELCFEFGIELDDVTTEKAIIRKEKHLKEDEDIAADEEIIYKIDVPANRYDLLCLEGLVQSLRIFLGIDSVPNYTLSDISKQSMLKMHVKPETSVIRPFVVCAVLRGITFNEARYNSFIDLQDKLHQNICRRRTLVAIGTHDLDTIEGPFTYEALPPSEIEFKPLKQVETFRADKLMEFYKSDLKLKKYLHIIEDSPVYPVIYDSKRRVLSLPPIINGAHSAISLKTKNVFIECTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031407`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031407

位置 Chr07:5490228-5494018 (-)

描述 Similar to At1g72550: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72550`	苯丙氨酸-tRNA 连接酶 β 亚基，胞质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006432 phenylalanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0051290 protein heterotetramerization 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009328 phenylalanine-tRNA ligase complex 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0002161 aminoacyl-tRNA deacylase activity 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72550

dme:Dmel_CG5706

hsa:10056

mmu:23874

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.547

排名 1 · LXL04_031407 · OH-1004

细胞核0.288

排名 2 · LXL04_031407 · OH-1004

线粒体0.212

排名 3 · LXL04_031407 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_031407 · OH-1004

内质网0.034

排名 5 · LXL04_031407 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18262.8PhetRS_B11-91 aa

PF03483.23B3_4139-268 aa

PF03484.22B5310-382 aa

PF17759.7tRNA_synthFbeta386-592 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031407	`PF18262.8`	PhetRS_B1	1	91	4.5e-31	107.6
LXL04_031407	`PF03483.23`	B3_4	139	268	1.6e-13	51.4
LXL04_031407	`PF03484.22`	B5	310	382	2.1e-19	70.1
LXL04_031407	`PF17759.7`	tRNA_synthFbeta	386	592	1.2e-46	159.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGE9`	拟南芥	Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit, cytoplasmic	69.818%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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