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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G040880
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10390738-10398357 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5558 bp · TkA08G040880|TK1151|cDNA

TTTCATCAACCGTAAATGTAATGGACAAAATATAGTTTTTAAGTTGAGTAGAAATATCGTTTTGATTTTTGAACTCGTCTCTTTAATCCCAATGTTCATGCAAGATTTCTCAAAAAACCCTCATTAAATCGCAGCAAAAGCGTACGGTGGATTGATTCGTCTCAACTGCTGAAAATATTCTTACGCGATTTTCTGAAAAAGCGGAATCAAAACCCTTCTATTCTCAGCGGTAGACTAATTGGCAAAAGTTCCACAACATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3951 bp · TkA08G040880|TK1151|CDS

ATGCATTCCTCGGAGATTTCAGCAAGCTCAACAAACCCCTCGAAGAGAATTTCTGAAACGATGATAAACGATCCTGCTAATAGTAAAAAACCCAGACTTTCCGAAGTCGAGATGATACCCCACTCTAATTTGACACCCAGAGAGTATCAATTGGATGTGTTTAAAGTGGCTATGCGACGAAATACCATAGCTCATCTGGACACCGGTGCCGGAAAAACAATAATAGCTGTCATGATCATCAAACAAGTAGCGCTTTCTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1316 aa · TkA08G040880|TK1151|PROTEIN

MHSSEISASSTNPSKRISETMINDPANSKKPRLSEVEMIPHSNLTPREYQLDVFKVAMRRNTIAHLDTGAGKTIIAVMIIKQVALSLTTQPSEKKLIIFLAPTRNLVEQQFKVLKENTDLTVDFYHGTKVGTMNGKKVDEWDAAVWEHETDKNQIMVMTPQILLDALRNAFINFETICLLIIDECHRASGNHPYVSIMKEFYLKSVNKPKVFGMTASPVTKKGVSSTEDCETQITTLESVLDSLVYTLRNRKELENVTPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G040880
TK1151 IDTkA08G040880
OH-1004 IDLXL04_017915
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.544 / OH-1004 80.098
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G040880
位置Chr08:10390738-10398357 (-)
描述Similar to DCL3A: Endoribonuclease Dicer homolog 3a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g43920 核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024
An antagonistic function for Arabidopsis DCL2 in development and a new function for DCL4 in generating viral siRNAs.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601217
Suppression of antiviral silencing by cucumber mosaic virus 2b protein in Arabidopsis is associated with drastically reduced accumulation of three classes of viral small interfering RNAs.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047449
At1g01040 核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Specific interactions between Dicer-like proteins and HYL1/DRB-family dsRNA-binding proteins in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1007/s11103-004-6853-5
Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024
The interaction between DCL1 and HYL1 is important for efficient and precise processing of pri-miRNA in plant microRNA biogenesis.2006 · DOI: 10.1261/rna.2146906
A novel class of bacteria-induced small RNAs in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1101/gad.1595107
The RNA-binding proteins HYL1 and SE promote accurate in vitro processing of pri-miRNA by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0803356105
Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0909200 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os10g0485600 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os04g0509300 参与 RNA 沉默途径。
The small interfering RNA production pathway is required for shoot meristem initiation in rice.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0704339104
Oryza sativa dicer-like4 reveals a key role for small interfering RNA silencing in plant development.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052209
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程
GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程
GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程
GO:0010050 vegetative phase change 生物过程
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程
GO:0010599 lsiRNA processing 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程
GO:0048608 reproductive structure development 生物过程
GO:0051214 RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G43920
ath:AT5G20320
dosa:Os01g0909200
dosa:Os04g0509300
dosa:Os10g0485600
osa:4324864
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.676
排名 1 · TkA08G040880 · TK1151
细胞质0.352
排名 2 · TkA08G040880 · TK1151
线粒体0.043
排名 3 · TkA08G040880 · TK1151
细胞膜0.040
排名 4 · TkA08G040880 · TK1151
内质网0.028
排名 5 · TkA08G040880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII45-218 aa
PF00270DEAD48-218 aa
PF07517SecA_DEAD55-86 aa
PF18766SWI2_SNF261-228 aa
PF00176SNF2-rel_dom61-192 aa
PF00271Helicase_C91-129 aa
PF18766SWI2_SNF2286-326 aa
PF00270DEAD308-329 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G040880PF04851ResIII452181.1e-1868.4
TkA08G040880PF00270DEAD482181.3e-2074.6
TkA08G040880PF07517SecA_DEAD55860.2411.3
TkA08G040880PF18766SWI2_SNF2612280.0002321.6
TkA08G040880PF00176SNF2-rel_dom611920.01715.0
TkA08G040880PF00271Helicase_C911291.6e-1867.7
TkA08G040880PF18766SWI2_SNF22863260.0002321.6
TkA08G040880PF00270DEAD3083291.3e-2074.6
TkA08G040880PF00271Helicase_C4055211.6e-1867.7
TkA08G040880PF03368Dicer_dimer5946752.3e-2382.7
TkA08G040880PF14622Ribonucleas_3_36456811.7e-2177.4
TkA08G040880PF00636Ribonuclease_36497165.1e-32111.4
TkA08G040880PF02170PAZ8749944.6e-1349.9
TkA08G040880PF14622Ribonucleas_3_3105611141.7e-2177.4
TkA08G040880PF00636Ribonuclease_3105711915.1e-32111.4
TkA08G040880PF14622Ribonucleas_3_3117412011.7e-2177.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LXW7拟南芥sp|Q9LXW7|DCL3_ARATH Endoribonuclease Dicer homolog 344.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SP32拟南芥sp|Q9SP32|DCL1_ARATH Endoribonuclease Dicer homolog 132.500%Swiss-Prot中等置信
Q5N870水稻sp|Q5N870|DCL3A_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 3a49.500%Swiss-Prot中等置信
Q7XD96水稻sp|Q7XD96|DCL3B_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 3b47.500%Swiss-Prot中等置信
A7LFZ6水稻sp|A7LFZ6|DCL4_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 434.500%Swiss-Prot中等置信

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