LXL04_017915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 3526462-3533485 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4917 bp · LXL04_017915|LXL04_017915|OH1004|cDNA

ATGCATTCCTCGGAGATTTCAGCAAGCTCAACAAACCCCTCGAAGAGAATTTCTGAAACGATGATAAACGATCCTGCTAATAGTAAAAAACCCAGACTTTCCGAAGTCGAGATGATACCCCACTCTAATTTGACACCCAGAGAGTATCAATTGGATGTGTTTAAAGTGGCTATGCGGCGAAATACCATAGCTCATCTGGACACCGGTGCCGGAAAAACAATGATAGCTGTCATGATCATCAAACAAGTAGCGCTTTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4917 bp · LXL04_017915|LXL04_017915|OH1004|CDS

ATGCATTCCTCGGAGATTTCAGCAAGCTCAACAAACCCCTCGAAGAGAATTTCTGAAACGATGATAAACGATCCTGCTAATAGTAAAAAACCCAGACTTTCCGAAGTCGAGATGATACCCCACTCTAATTTGACACCCAGAGAGTATCAATTGGATGTGTTTAAAGTGGCTATGCGGCGAAATACCATAGCTCATCTGGACACCGGTGCCGGAAAAACAATGATAGCTGTCATGATCATCAAACAAGTAGCGCTTTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1638 aa · LXL04_017915|LXL04_017915|OH1004|PROTEIN

MHSSEISASSTNPSKRISETMINDPANSKKPRLSEVEMIPHSNLTPREYQLDVFKVAMRRNTIAHLDTGAGKTMIAVMIIKQVALSLTTQPSEKKLIIFLAPTRNLVEQQFKVLKENTDLTVDFYHGTKVGTMNGKKVDEWDAAVWEHETDKNQIMVMTPQILLDALRNAFINFETICLLIIDECHRASGNHPYVSIMKEFYLKSVNKPKVFGMTASPVTKKGVSSTEDCETQITTLESVLDSLVYTLRNRKELENVTPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017915`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017915

位置 Chr04:3526462-3533485 (+)

描述 Similar to DCL3A: Endoribonuclease Dicer homolog 3a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g43920`	核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。	Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024 An antagonistic function for Arabidopsis DCL2 in development and a new function for DCL4 in generating viral siRNAs.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601217 Suppression of antiviral silencing by cucumber mosaic virus 2b protein in Arabidopsis is associated with drastically reduced accumulation of three classes of viral small interfering RNAs.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047449
`At5g20320`	核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。	Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024 DICER-LIKE 4 functions in trans-acting small interfering RNA biogenesis and vegetative phase change in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0506426102 A pathway for the biogenesis of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.1352605 DICER-LIKE 4 is required for RNA interference and produces the 21-nucleotide small interfering RNA component of the plant cell-to-cell silencing signal.2005 · DOI: 10.1038/ng1675 DRB4-dependent TAS3 trans-acting siRNAs control leaf morphology through AGO7.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.03.035 An antagonistic function for Arabidopsis DCL2 in development and a new function for DCL4 in generating viral siRNAs.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601217 Suppression of antiviral silencing by cucumber mosaic virus 2b protein in Arabidopsis is associated with drastically reduced accumulation of three classes of viral small interfering RNAs.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047449 Transitivity in Arabidopsis can be primed, requires the redundant action of the antiviral Dicer-like 4 and Dicer-like 2, and is compromised by viral-encoded suppressor proteins.2007 · DOI: 10.1261/rna.541307 A novel class of bacteria-induced small RNAs in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1101/gad.1595107 Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0909200`	可能参与RNA沉默途径。	暂无已核实直接文献
`Os10g0485600`	可能参与RNA沉默途径。	暂无已核实直接文献
`Os04g0509300`	参与 RNA 沉默途径。	The small interfering RNA production pathway is required for shoot meristem initiation in rice.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0704339104 Oryza sativa dicer-like4 reveals a key role for small interfering RNA silencing in plant development.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052209

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

GO:0010599 lsiRNA processing 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0051214 RNAi-mediated antiviral immunity against RNA virus 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G43920

ath:AT5G20320

dosa:Os01g0909200

dosa:Os04g0509300

dosa:Os10g0485600

osa:4324864

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.711

排名 1 · LXL04_017915 · OH-1004

细胞质0.317

排名 2 · LXL04_017915 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 3 · LXL04_017915 · OH-1004

线粒体0.035

排名 4 · LXL04_017915 · OH-1004

内质网0.028

排名 5 · LXL04_017915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII45-218 aa

PF00270.36DEAD48-218 aa

PF00271.38Helicase_C408-523 aa

PF03368.20Dicer_dimer596-677 aa

PF02170.29PAZ876-994 aa

PF14622.12Ribonucleas_3_31058-1116 aa

PF00636.32Ribonuclease_31059-1193 aa

PF14622.12Ribonucleas_3_31250-1378 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017915	`PF04851.22`	ResIII	45	218	1.1e-18	68.4
LXL04_017915	`PF00270.36`	DEAD	48	218	1.3e-20	74.5
LXL04_017915	`PF00271.38`	Helicase_C	408	523	4.7e-18	66.2
LXL04_017915	`PF03368.20`	Dicer_dimer	596	677	9.3e-27	93.6
LXL04_017915	`PF02170.29`	PAZ	876	994	4.8e-13	49.8
LXL04_017915	`PF14622.12`	Ribonucleas_3_3	1058	1116	2.8e-28	99.4
LXL04_017915	`PF00636.32`	Ribonuclease_3	1059	1193	2.9e-43	147.5
LXL04_017915	`PF14622.12`	Ribonucleas_3_3	1250	1378	2.8e-28	99.4
LXL04_017915	`PF00636.32`	Ribonuclease_3	1271	1379	2.9e-43	147.5
LXL04_017915	`PF00035.33`	dsrm	1409	1470	3.7e-07	31.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXW7`	拟南芥	Endoribonuclease Dicer homolog 3	45.091%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P84634`	拟南芥	Dicer-like protein 4	31.781%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5N870`	水稻	Endoribonuclease Dicer homolog 3a	47.914%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XD96`	水稻	Endoribonuclease Dicer homolog 3b	46.687%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A7LFZ6`	水稻	Endoribonuclease Dicer homolog 4	34.375%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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