TkA08G036690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G036690

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 9358316-9361371 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1039 bp · TkA08G036690|TK1151|cDNA

ATAACCTGCTTGTCGCTGAACATCTTTGTCCCCAAAACTCGCACAATCTCCCACTCTTCGCTTTTCGAATTCTTCCATGGAAAACAATGGCGACCACAGAAGCTATTGGGAATCCTTACTGCGAACCGAAGATTTCAACAGTTGGGGCGGATTCGAAGAAACGCTTTCCAGCTACTACGACTCCAGCTCGCCGGACGGTTCTCAGTCGGTGACCACCTCCAAGAACATCATGTCGGAGAGGAACCGGAGGAAGAAGCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · TkA08G036690|TK1151|CDS

ATGGAAAACAATGGCGACCACAGAAGCTATTGGGAATCCTTACTGCGAACCGAAGATTTCAACAGTTGGGGCGGATTCGAAGAAACGCTTTCCAGCTACTACGACTCCAGCTCGCCGGACGGTTCTCAGTCGGTGACCACCTCCAAGAACATCATGTCGGAGAGGAACCGGAGGAAGAAGCTCAATGATAGGCTCTTCGCACTCAGAGCGGTGGTCCCTAAGATTAGTAAGATGGATAAGGCGTCAATAATTAAAGATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · TkA08G036690|TK1151|PROTEIN

MENNGDHRSYWESLLRTEDFNSWGGFEETLSSYYDSSSPDGSQSVTTSKNIMSERNRRKKLNDRLFALRAVVPKISKMDKASIIKDAIEYIQILHDQERTIQAELTELEARKLESGMLDISQETGFMSPESLKKKRLDQAFDPSGSNSYPIEVLELNVSYVGEKTVLVSLKCIKRRDTIVKLCEVFESLKLKIVTANISVLSERLFNTLFIQADEGEMEFLKIQIETAISALSNSQSPMSM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G036690`
TK1151 ID	TkA08G036690
OH-1004 ID	LXL04_017961
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G036690

位置 Chr08:9358316-9361371 (+)

描述 Similar to BHLH35: Transcription factor bHLH35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57150`	转录因子 bHLH35。	暂无已核实直接文献
`At4g29930`	转录因子bHLH27。	暂无已核实直接文献
`At2g16910`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g17880`	参与茉莉酸基因调控的转录因子。	Characterization of JAZ-interacting bHLH transcription factors that regulate jasmonate responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq408 The Arabidopsis bHLH transcription factors MYC3 and MYC4 are targets of JAZ repressors and act additively with MYC2 in the activation of jasmonate responses.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.080788 Arabidopsis basic helix-loop-helix transcription factors MYC2, MYC3, and MYC4 regulate glucosinolate biosynthesis, insect performance, and feeding behavior.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.115139

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0301500`	参与磷酸盐饥饿反应的转录因子。	RERJ1, a jasmonic acid-responsive gene from rice, encodes a basic helix-loop-helix protein.2004 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.10.126 Stress-induced expression of the transcription factor RERJ1 is tightly regulated in response to jasmonic acid accumulation in rice.2013 · DOI: 10.1007/s00709-012-0400-z OsbHLH6 interacts with OsSPX4 and regulates the phosphate starvation response in rice.2021 · DOI: 10.1111/tpj.15061

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0034756 regulation of iron ion transport 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0048831 regulation of shoot system development 生物过程

GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程

GO:0080040 positive regulation of cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16910

ath:AT2G28160

ath:AT4G29930

ath:AT5G57150

dosa:Os04g0301500

osa:4335417

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · TkA08G036690 · TK1151

细胞质0.134

排名 2 · TkA08G036690 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA08G036690 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkA08G036690 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA08G036690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010HLH50-94 aa

PF23177bHLH_IRO350-109 aa

PF17908APAF1_C52-108 aa

PF23173bHLH_SAC5153-95 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant155-230 aa

PF17908APAF1_C165-187 aa

PF23177bHLH_IRO3178-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G036690	`PF00010`	HLH	50	94	1.9e-11	44.3
TkA08G036690	`PF23177`	bHLH_IRO3	50	109	2.2e-07	31.9
TkA08G036690	`PF17908`	APAF1_C	52	108	0.22	12.1
TkA08G036690	`PF23173`	bHLH_SAC51	53	95	0.00021	21.9
TkA08G036690	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	155	230	3e-22	79.2
TkA08G036690	`PF17908`	APAF1_C	165	187	0.22	12.1
TkA08G036690	`PF23177`	bHLH_IRO3	178	191	2.2e-07	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q2HIV9`	拟南芥	sp\|Q2HIV9\|BH035_ARATH Transcription factor bHLH35	53.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q700E3`	拟南芥	sp\|Q700E3\|BH027_ARATH Transcription factor bHLH27	47.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZVX2`	拟南芥	sp\|Q9ZVX2\|AMS_ARATH Transcription factor ABORTED MICROSPORES	32.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O49687`	拟南芥	sp\|O49687\|MYC4_ARATH Transcription factor MYC4	30.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JEB7`	水稻	sp\|Q0JEB7\|BH006_ORYSJ Transcription factor BHLH6	38.800%	Swiss-Prot	中等置信

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