基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_017961
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 4321998-4325046
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA726 bp · LXL04_017961|LXL04_017961|OH1004|cDNA
ATGGAAAACAATGGCGACCACAGAAGCTATTGGGAATCCTTACTGCGAACCGAAGATTTCAACAGTTGGGGCGGATTCGAAGAAACGCTTTCCAGCTACTACGACTCCAGCTCGCCGGACGGTTCTCAGTCGGTGACCACCTCCAAGAACATCATGTCGGAGAGGAACCGGAGGAAGAAGCTCAATGATAGGCTCTTCGCACTCAGAGCGGTGGTCCCTAAGATTAGTAAGATGGATAAGGCGTCAATAATTAAAGATGC...
CDS
下载 CDS FASTA726 bp · LXL04_017961|LXL04_017961|OH1004|CDS
ATGGAAAACAATGGCGACCACAGAAGCTATTGGGAATCCTTACTGCGAACCGAAGATTTCAACAGTTGGGGCGGATTCGAAGAAACGCTTTCCAGCTACTACGACTCCAGCTCGCCGGACGGTTCTCAGTCGGTGACCACCTCCAAGAACATCATGTCGGAGAGGAACCGGAGGAAGAAGCTCAATGATAGGCTCTTCGCACTCAGAGCGGTGGTCCCTAAGATTAGTAAGATGGATAAGGCGTCAATAATTAAAGATGC...
241 aa · LXL04_017961|LXL04_017961|OH1004|PROTEIN
MENNGDHRSYWESLLRTEDFNSWGGFEETLSSYYDSSSPDGSQSVTTSKNIMSERNRRKKLNDRLFALRAVVPKISKMDKASIIKDAIEYIQILHDQERTIQAELTELEARKLESGMLDISQETGFMSPESLKKKRLDQAFDPSGSNSYPIEVLELNVSYVGEKTVLVSLKCIKRRDTIVKLCEVFESLKLKIVTANISVLSERLFNTLFIQADEGEMEFLKIQIETAISALSNSQSPMSM
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_017961 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_017961 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:4321998-4325046 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to BHLH35: Transcription factor bHLH35 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0010039 response to iron ion 生物过程 GO:0034756 regulation of iron ion transport 生物过程 GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程 GO:0048831 regulation of shoot system development 生物过程 GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程 GO:0080040 positive regulation of cellular response to phosphate starvation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G16910 ath:AT2G28160 ath:AT4G29930 ath:AT5G57150 dosa:Os04g0301500 osa:4335417 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.953
细胞质0.134
细胞膜0.029
内质网0.015
质体0.010
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00010.32HLH50-94 aaPF23177.2bHLH_IRO350-109 aaPF22754.5bHLH-TF_ACT-like_plant155-230 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_017961 | PF00010.32 | HLH | 50 | 94 | 1.9e-11 | 44.3 |
| LXL04_017961 | PF23177.2 | bHLH_IRO3 | 50 | 109 | 2.2e-07 | 31.9 |
| LXL04_017961 | PF22754.5 | bHLH-TF_ACT-like_plant | 155 | 230 | 3e-22 | 79.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q2HIV9 | 拟南芥 | Transcription factor bHLH35 | 53.814% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q700E3 | 拟南芥 | Transcription factor bHLH27 | 46.188% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9ZVX2 | 拟南芥 | Transcription factor ABORTED MICROSPORES | 33.333% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q0V7X4 | 拟南芥 | Transcription factor FER-LIKE IRON DEFICIENCY-INDUCED TRANSCRIPTION FACTOR | 31.720% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q0JEB7 | 水稻 | Transcription factor BHLH6 | 38.605% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |