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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G438670
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 111074295-111082880 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1981 bp · TkA07G438670|TK1151|cDNA

AGCAGACCACTCGCTCAATAACTCTCATAGAATCAATAGTTACTTCGTTCCACGGTTTTCATTCAAGCTTCAGAGCATCATACCCGCTTCTAAATCAATATCAAAACCATAGAAATCGAAGCCAAAAACAGAATTCGGCTGCAGTTTCTCGATGAAAAGTCAACTCCCGAAGTAGCTGCTACCCAATTTCTAGAACTTGAAATCACGATGCAGAACTATTACCAGACTCCTACCGACAACATGAATCAGAATCTATACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · TkA07G438670|TK1151|CDS

ATGGCAATTCAACATGGGGTTATAGTAAAAATGGAAACCGATTTCGGTAAACTGTTCATCGGTGGGATTTCATGGGACACCGATGAAGCTCGATTGAAAGAGTATTTCAGTAGTTACGGTGAAGTTATCGAAGCCGTGATCATGAGAGATCGAATCACCGGTCGTGCTCGTGGATTTGGATTCATCGTCTTCGCTGATCCCGCTGTTGCAGAAAGAGTCGTAATGGAGAAACACATGATCGATGGTCGAACCGTGGAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

369 aa · TkA07G438670|TK1151|PROTEIN

MAIQHGVIVKMETDFGKLFIGGISWDTDEARLKEYFSSYGEVIEAVIMRDRITGRARGFGFIVFADPAVAERVVMEKHMIDGRTVEAKKAVPREDHHGLNRINNNNNNNNGNSIQGSPGPGGRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITFDSEESVDRVLHKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPSRSPLVGYNYGLTRPNTFLTSSYPQGYNMGSIYGGRTDTRFSPIAATGRTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G438670
TK1151 IDTkA07G438670
OH-1004 IDLXL04_030888
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.374 / OH-1004 79.605
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G438670
位置Chr07:111074295-111082880 (+)
描述Similar to RNP1: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g48150 可能参与光敏色素A（phyA）信号转导的转录因子。 暂无已核实直接文献
At1g50600 可能参与植物发育的转录因子。 暂无已核实直接文献
At4g17230 可能的转录因子，作为光敏色素 B 下游连续红光信号的正调节因子。
The GRAS protein SCL13 is a positive regulator of phytochrome-dependent red light signaling, but can also modulate phytochrome A responses.2006 · DOI: 10.1007/s00438-006-0123-y
At2g04890 可能参与植物发育的转录因子。 暂无已核实直接文献
At4g14300 参与前 mRNA 加工。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0583600 可能在膜相关高亲和力几丁质结合蛋白下游的寡糖引发剂反应的早期阶段发挥调节作用。
Identification and characterization of two new members of the GRAS gene family in rice responsive to N-acetylchitooligosaccharide elicitor.2003 · DOI: 10.1016/s0167-4781(02)00626-7
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030888 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0048864 stem cell development 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程
GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G58470
ath:AT4G14300
dme:Dmel_CG32169
mmu:76626
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.646
排名 1 · TkA07G438670 · TK1151
细胞核0.460
排名 2 · TkA07G438670 · TK1151
细胞膜0.066
排名 3 · TkA07G438670 · TK1151
内质网0.043
排名 4 · TkA07G438670 · TK1151
线粒体0.037
排名 5 · TkA07G438670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367RRM_717-72 aa
PF00076RRM_118-84 aa
PF28441RRM_1122-92 aa
PF29093MRX12_C23-45 aa
PF23085RRM_PARP14_324-86 aa
PF21569SET1_RBD28-42 aa
PF14605Nup35_RRM_234-45 aa
PF23222RRM_PARP14_153-80 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G438670PF16367RRM_717722.2e-1557.1
TkA07G438670PF00076RRM_118843.9e-34117.1
TkA07G438670PF28441RRM_1122926.5e-0627.1
TkA07G438670PF29093MRX12_C23450.212.5
TkA07G438670PF23085RRM_PARP14_324865.7e-0936.7
TkA07G438670PF21569SET1_RBD28420.1213.3
TkA07G438670PF14605Nup35_RRM_234450.1612.6
TkA07G438670PF23222RRM_PARP14_153800.05914.0
TkA07G438670PF14703PHM7_cyt881840.1513.0
TkA07G438670PF23085RRM_PARP14_31241985.7e-0936.7
TkA07G438670PF16367RRM_71251962.2e-1557.1
TkA07G438670PF00076RRM_11271853.9e-34117.1
TkA07G438670PF28441RRM_111312056.5e-0627.1
TkA07G438670PF21569SET1_RBD1341760.1213.3
TkA07G438670PF29093MRX12_C1361530.212.5
TkA07G438670PF14605Nup35_RRM_21381770.1612.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LDL7拟南芥sp|Q9LDL7|PAT1_ARATH Scarecrow-like transcription factor PAT168.100%Swiss-Prot高置信
Q8H125拟南芥sp|Q8H125|SCL5_ARATH Scarecrow-like protein 561.900%Swiss-Prot高置信
Q9M0M5拟南芥sp|Q9M0M5|SCL13_ARATH Scarecrow-like protein 1360.200%Swiss-Prot高置信
Q9S7H5拟南芥sp|Q9S7H5|SCL21_ARATH Scarecrow-like protein 2159.100%Swiss-Prot高置信
Q8W034拟南芥sp|Q8W034|RNP1_ARATH Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 145.500%Swiss-Prot中等置信
Q8GVE1水稻sp|Q8GVE1|CIGR2_ORYSJ Chitin-inducible gibberellin-responsive protein 265.800%Swiss-Prot高置信

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