LXL04_030888 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030888

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 124601361-124603487 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1371 bp · LXL04_030888|LXL04_030888|OH1004|cDNA

ATGGCAATTCAACATGGGGTTATAGTAAAAATGGAAACCGATTTCGGTAAACTGTTCATCGGTGGGATTTCATGGGACACCGATGAAGCTCGATTGAAAGAGTATTTCAGTAGTTACGGTGAAGTTATCGAAGCCGTGATCATGAGAGATCGAATCACCGGTCGTGCTCGTGGATTTGGATTCATCGTCTTCGCTGATCCCGCTGTTGCAGAAAGAGTCGTAATGGAGAAACACATGATCGATGGTCGAACCGTGGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1371 bp · LXL04_030888|LXL04_030888|OH1004|CDS

ATGGCAATTCAACATGGGGTTATAGTAAAAATGGAAACCGATTTCGGTAAACTGTTCATCGGTGGGATTTCATGGGACACCGATGAAGCTCGATTGAAAGAGTATTTCAGTAGTTACGGTGAAGTTATCGAAGCCGTGATCATGAGAGATCGAATCACCGGTCGTGCTCGTGGATTTGGATTCATCGTCTTCGCTGATCCCGCTGTTGCAGAAAGAGTCGTAATGGAGAAACACATGATCGATGGTCGAACCGTGGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

456 aa · LXL04_030888|LXL04_030888|OH1004|PROTEIN

MAIQHGVIVKMETDFGKLFIGGISWDTDEARLKEYFSSYGEVIEAVIMRDRITGRARGFGFIVFADPAVAERVVMEKHMIDGRTVEAKKAVPREDHHGLNRINNNNNNNNGNSIQGSPGPGGRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITFDSEESVDRVLHKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPSRSPLVGYNYGFTRPNTFLTSSYPQGYNMGSIYGGRTDTRFSPIAATGRTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030888`
TK1151 ID	TkA07G438670
OH-1004 ID	LXL04_030888
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.374 / OH-1004 79.605 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030888

位置 Chr06:124601361-124603487 (+)

描述 Similar to RNP1: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14300`	参与前 mRNA 加工。	暂无已核实直接文献
`At1g58470`	RNA结合蛋白。	An RNA-binding protein, AtRBP1, is expressed in actively proliferative regions in Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1093/pcp/41.3.282

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030888 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0048864 stem cell development 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58470

ath:AT4G14300

dme:Dmel_CG32169

mmu:76626

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534

排名 1 · LXL04_030888 · OH-1004

细胞核0.528

排名 2 · LXL04_030888 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 3 · LXL04_030888 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_030888 · OH-1004

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · LXL04_030888 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367.12RRM_717-72 aa

PF00076.29RRM_118-84 aa

PF23085.2RRM_PARP14_3124-198 aa

PF16367.12RRM_7125-196 aa

PF00076.29RRM_1127-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030888	`PF16367.12`	RRM_7	17	72	4.4e-15	56.1
LXL04_030888	`PF00076.29`	RRM_1	18	84	7.6e-34	116.1
LXL04_030888	`PF23085.2`	RRM_PARP14_3	124	198	1.1e-08	35.7
LXL04_030888	`PF16367.12`	RRM_7	125	196	4.4e-15	56.1
LXL04_030888	`PF00076.29`	RRM_1	127	185	7.6e-34	116.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W034`	拟南芥	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1	54.271%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C652`	拟南芥	RNA-binding protein 1	47.739%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情