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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G424090
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 107277285-107277659 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

375 bp · TkA07G424090|TK1151|cDNA

ATGGTGCTAGAAATCGTGACTTCTTTGGTGTTATTGTTTGTGGGTATTGCTGTTTTGGTGATAATTCATGTATGTTTAGCTGGAAGAAGATCATGGATGACTCAAGGAAGCAATGGGAGTAGTAATGAGGTGCGAAATAGTAGTACCATTTCAGAAGGTCATATAAAGAATCTTCCATGGTATGATTATCAAGAAGATAAAGTTGGAAAAGAAGTTGAGTGTGTTGTATGTTTGGAGGGTTTTAAGGGTGGTGATAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

375 bp · TkA07G424090|TK1151|CDS

ATGGTGCTAGAAATCGTGACTTCTTTGGTGTTATTGTTTGTGGGTATTGCTGTTTTGGTGATAATTCATGTATGTTTAGCTGGAAGAAGATCATGGATGACTCAAGGAAGCAATGGGAGTAGTAATGAGGTGCGAAATAGTAGTACCATTTCAGAAGGTCATATAAAGAATCTTCCATGGTATGATTATCAAGAAGATAAAGTTGGAAAAGAAGTTGAGTGTGTTGTATGTTTGGAGGGTTTTAAGGGTGGTGATAAATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

124 aa · TkA07G424090|TK1151|PROTEIN

MVLEIVTSLVLLFVGIAVLVIIHVCLAGRRSWMTQGSNGSSNEVRNSSTISEGHIKNLPWYDYQEDKVGKEVECVVCLEGFKGGDKCRLLPRCRHSFHVNCIDSWLMKTAVCPVCRTCVDFGGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G424090
TK1151 IDTkA07G424090
OH-1004 IDLXL04_030701
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.742 / OH-1004 31.856
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G424090
位置Chr07:107277285-107277659 (-)
描述Similar to RABA5C: Ras-related protein RABA5c
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g72310 RING-H2锌指蛋白ATL3。 暂无已核实直接文献
At2g20030 推测的RING-H2指蛋白ATL12。 暂无已核实直接文献
At4g28890 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献
At1g53820 RING-H2指蛋白ATL60。 暂无已核实直接文献
At5g01880 RING-H2指蛋白ATL74。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0048219 inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0005795 Golgi stack 细胞组分
GO:0005798 Golgi-associated vesicle 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05810
ath:AT2G31680
ath:AT2G43130
ath:AT3G07410
ath:AT5G47520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.309
排名 1 · TkA07G424090 · TK1151
溶酶体／液泡0.253
排名 2 · TkA07G424090 · TK1151
细胞膜0.233
排名 3 · TkA07G424090 · TK1151
高尔基体0.214
排名 4 · TkA07G424090 · TK1151
细胞质0.213
排名 5 · TkA07G424090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03954Lectin_N7-58 aa
PF13445zf-RING_UBOX25-38 aa
PF17120zf-RING_1629-35 aa
PF13771zf-HC5HC2H59-104 aa
PF15227zf-C3HC4_464-77 aa
PF13920zf-C3HC4_371-119 aa
PF14446Prok-RING_171-102 aa
PF11793FANCL_C71-108 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G424090PF03954Lectin_N7580.0913.4
TkA07G424090PF13445zf-RING_UBOX25385.3e-0523.8
TkA07G424090PF17120zf-RING_1629350.5110.7
TkA07G424090PF13771zf-HC5HC2H591040.06514.1
TkA07G424090PF15227zf-C3HC4_464770.7910.6
TkA07G424090PF13920zf-C3HC4_3711190.002918.1
TkA07G424090PF14446Prok-RING_1711020.01416.2
TkA07G424090PF11793FANCL_C711082.99.0
TkA07G424090PF23413zf_RING_Vps8_fungal72770.3610.9
TkA07G424090PF13639zf-RING_2731161.8e-1351.3
TkA07G424090PF17123zf-RING_11731022.8e-1040.4
TkA07G424090PF13923zf-C3HC4_2731151.7e-0628.4
TkA07G424090PF14634zf-RING_5731172.7e-0524.8
TkA07G424090PF17120zf-RING_16731140.5110.7
TkA07G424090PF21202SLX1_C731181.410.0
TkA07G424090PF00097zf-C3HC4741159.1e-0729.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF63拟南芥sp|Q9XF63|ATL3_ARATH RING-H2 finger protein ATL344.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SL78拟南芥sp|Q9SL78|ATL12_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL1246.300%Swiss-Prot中等置信
Q5XF85拟南芥sp|Q5XF85|ATL42_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL4246.000%Swiss-Prot中等置信
P0C035拟南芥sp|P0C035|ATL60_ARATH RING-H2 finger protein ATL6054.200%Swiss-Prot低置信
Q9LZV8拟南芥sp|Q9LZV8|ATL74_ARATH RING-H2 finger protein ATL7435.800%Swiss-Prot中等置信

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