LXL04_030701 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030701

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 121032354-121035983 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1086 bp · LXL04_030701|LXL04_030701|OH1004|cDNA

ATGGTGCTAGAAATCGTGACATCTTTGGTGTTATTGTTTGTGGGTATTGCTGTTTTGGTGATAATTCATGTATGTTTAGCTGGAAGAAGATCATGGATGACTCAAGGAAGCAATGGGAGTAGTAATGAGGTGCGAAATAGTAGTACCATTTCAGAAGGTCATATAAAGAATCTTCCATGGTATGATTATCAAGAAGATAAAGTTGGAAAAGAAGTTGAGTGTGTTGTATGTTTGGAGGGTTTTAAGGGTGGTGATAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · LXL04_030701|LXL04_030701|OH1004|CDS

ATGGTGCTAGAAATCGTGACATCTTTGGTGTTATTGTTTGTGGGTATTGCTGTTTTGGTGATAATTCATGTATGTTTAGCTGGAAGAAGATCATGGATGACTCAAGGAAGCAATGGGAGTAGTAATGAGGTGCGAAATAGTAGTACCATTTCAGAAGGTCATATAAAGAATCTTCCATGGTATGATTATCAAGAAGATAAAGTTGGAAAAGAAGTTGAGTGTGTTGTATGTTTGGAGGGTTTTAAGGGTGGTGATAAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · LXL04_030701|LXL04_030701|OH1004|PROTEIN

MVLEIVTSLVLLFVGIAVLVIIHVCLAGRRSWMTQGSNGSSNEVRNSSTISEGHIKNLPWYDYQEDKVGKEVECVVCLEGFKGGDKCRLLPNCRHSFHVNCIDSWLMKTAVCPVCGNPDPGIQRGSDVRRILHRRLSPPSASAPFRLSPPSAPSFSSSDVRRFLLRGLPAFLNPRFLEFVNSPSVNEIDLHKISICEQRFVEVSNFKTFATPLSIAACIGQERFRAVTSAYYRGAVGALIVYDISRSTTFDSVSRWLEEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030701`
TK1151 ID	TkA07G424090
OH-1004 ID	LXL04_030701
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.742 / OH-1004 31.856 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030701

位置 Chr06:121032354-121035983 (-)

描述 Similar to RABA5C: Ras-related protein RABA5c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43130`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	In vitro mutation analysis of Arabidopsis thaliana small GTP-binding proteins and detection of GAP-like activities in plant cells.1994 · DOI: 10.1016/0014-5793(94)80696-9
`At1g05810`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At2g31680`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At3g07410`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g47520`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030701 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0048219 inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005795 Golgi stack 细胞组分

GO:0005798 Golgi-associated vesicle 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05810

ath:AT2G31680

ath:AT2G43130

ath:AT3G07410

ath:AT5G47520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.305

排名 1 · LXL04_030701 · OH-1004

细胞核0.265

排名 2 · LXL04_030701 · OH-1004

内质网0.230

排名 3 · LXL04_030701 · OH-1004

细胞膜0.149

排名 4 · LXL04_030701 · OH-1004

高尔基体0.135

排名 5 · LXL04_030701 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_273-115 aa

PF17123.12zf-RING_1173-102 aa

PF13923.13zf-C3HC4_273-115 aa

PF12678.14zf-rbx182-115 aa

PF00071.29Ras208-268 aa

PF08477.20Roc213-264 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030701	`PF13639.13`	zf-RING_2	73	115	2.4e-12	47.6
LXL04_030701	`PF17123.12`	zf-RING_11	73	102	4.8e-10	39.7
LXL04_030701	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	73	115	7.9e-06	26.3
LXL04_030701	`PF12678.14`	zf-rbx1	82	115	5.8e-09	36.8
LXL04_030701	`PF00071.29`	Ras	208	268	9.4e-13	48.8
LXL04_030701	`PF08477.20`	Roc	213	264	1.1e-07	32.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P28187`	拟南芥	Ras-related protein RABA5c	83.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P19892`	拟南芥	Ras-related protein RABA5e	85.366%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SIP0`	拟南芥	Ras-related protein RABA5d	85.366%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SRS5`	拟南芥	Ras-related protein RABA5b	67.925%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FGK5`	拟南芥	Ras-related protein RABA5a	66.038%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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