TkA07G372490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G372490

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 93421892-93427449 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4112 bp · TkA07G372490|TK1151|cDNA

TTATAGGGCGAGAGGAAAATATCATAGCCACGTAAGCAAGCATTAGATTTTTTAAGTCCACACACGTTCCAGCTAAAGATCTCTTCTCTCTAAAACGACTATTCTCGCTCTACAAAACTAAACCCCCATCTCTCTCTCTCTTCACCCAAAATTCTCCCCAATTTCGATCCCTTAATCTCTTCTCGTTCCACTAAAATTTTCGAATCATCTTCCTAAATCTCCACGGCGGCTCCAATTCTGTGAAAGATCTACGGAGGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3336 bp · TkA07G372490|TK1151|CDS

ATGGCTGCCACATCATCTGCAAGGTGGACCGATGGTCTCCGATTCTCATCGTTGTTTTGGCCTCCCCCTCTAGATACACATCAGCGCAAGGCACAAATTACCGCATATGTCGACTACTTTGGTAAATTTACATCAGAGCAATTTCCTGAAGATATAGCCGAGCTGGTTCGCCACCGCTACCCCTCACAGGAAAAACGCTTGTTCGATGATGTCTTAGCAACATTTGTCCTCCATCATCCAGAACACGGGCACAATGTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1111 aa · TkA07G372490|TK1151|PROTEIN

MAATSSARWTDGLRFSSLFWPPPLDTHQRKAQITAYVDYFGKFTSEQFPEDIAELVRHRYPSQEKRLFDDVLATFVLHHPEHGHNVILPIISCIIDGTIEYNKSTPPFASFISLVCPTNDNEYSEQWALACGEILRILTHYNRPIFKAEHDRKRSGSQASTSNSDTGKTETGTGTERTTQNEVKPLRPLSPWITDILLAAPLGIRSDYFRWCGGVMGKYAGGELKPPSVMAATSRGSGKHPQLIPSTPRWAVANGAGVIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G372490`
TK1151 ID	TkA07G372490
OH-1004 ID	LXL04_030037
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G372490

位置 Chr07:93421892-93427449 (+)

描述 Similar to GI: Protein GIGANTEA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22770`	参与生物钟节律和光周期开花的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0182600`	参与昼夜节律的调节，以及控制光周期开花。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030037 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010378 temperature compensation of the circadian clock 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22770

dosa:Os01g0182600

osa:4325329

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.456

排名 1 · TkA07G372490 · TK1151

细胞质0.431

排名 2 · TkA07G372490 · TK1151

细胞膜0.082

排名 3 · TkA07G372490 · TK1151

高尔基体0.080

排名 4 · TkA07G372490 · TK1151

内质网0.072

排名 5 · TkA07G372490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30924GIGANTEA_N5-408 aa

PF30921GIGANTEA_M465-774 aa

PF20972MASE9526-592 aa

PF28518GIGANTEA_C713-746 aa

PF20972MASE9744-760 aa

PF28518GIGANTEA_C824-1108 aa

PF20497SWI-SNF_Ssr4_C909-940 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G372490	`PF30924`	GIGANTEA_N	5	408	5.2e-237	787.0
TkA07G372490	`PF30921`	GIGANTEA_M	465	774	6.8e-159	529.4
TkA07G372490	`PF20972`	MASE9	526	592	0.046	14.4
TkA07G372490	`PF28518`	GIGANTEA_C	713	746	7.5e-148	492.1
TkA07G372490	`PF20972`	MASE9	744	760	0.046	14.4
TkA07G372490	`PF28518`	GIGANTEA_C	824	1108	7.5e-148	492.1
TkA07G372490	`PF20497`	SWI-SNF_Ssr4_C	909	940	0.38	10.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SQI2`	拟南芥	sp\|Q9SQI2\|GIGAN_ARATH Protein GIGANTEA	69.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9AWL7`	水稻	sp\|Q9AWL7\|GIGAN_ORYSJ Protein GIGANTEA	67.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情