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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G061780
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 16679865-16685524 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4101 bp · TkA06G061780|TK1151|cDNA

ATAAAACCATGTTATATCGTGCTTATTTATTCATTCCACCGGTTTTATTTTGGCTTAAAAAATACCAATGTTATGCGAAGTAGTCTCTCCTACCCTGTATCATCTCACTCTCTCTCACACACAGATACACACACTACCCCATTGATATCGCCTTCTCTCTATATTTCCATTTTTCACACTCCTCTCACTTTGTAGAGCTTCGTAACATCCGACACATGTCTACTCGTAGGGAGAGGTAAAATTAGGGTTAGGGTTTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2460 bp · TkA06G061780|TK1151|CDS

ATGGAGGTTGAAGATGTAAACGCCTCAAATCATCTTCAAGAATCGACAACAGCCGTATCAAATGAAAGCTTGTCAGAAAATAAAAGCATGAATGATATAGAATTAAAAGTAGAGGTACCGGAATCGAACACACAAGAAGAACAAGGAGAAAAATCGTCTGTTTTATCCCCTAAATTGGACGATCCAAATCATTTTGACCCGGGTGCAGAGGGGGGAACAGCTGAGGAGAAGGAGGTCATTGTCGAATGCCGGAACTCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

819 aa · TkA06G061780|TK1151|PROTEIN

MEVEDVNASNHLQESTTAVSNESLSENKSMNDIELKVEVPESNTQEEQGEKSSVLSPKLDDPNHFDPGAEGGTAEEKEVIVECRNSEQTGGCWNSLVVEPTSLLKDEKDRAEDVISTSDVAATERGGSELPNSIKADVGECSAAVSVPDNGLDVVEETVNNREEETNTNVSFVNEDDKDGGAAVPLLPVAEIDEIEEVKEDVKSDGVEFVAGAELITEGEADVQVLAAEVVADEEEKAAGVTENDDEEPTVADEEKSVDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G061780
TK1151 IDTkA06G061780
OH-1004 IDLXL04_025397
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.168 / OH-1004 67.280
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G061780
位置Chr06:16679865-16685524 (-)
描述Similar to NERD: Zinc finger CCCH domain-containing protein 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q9SIV5 在整合 RNA 沉默和染色质信号方面发挥核心作用，通过 21 nt siRNA 依赖的胞嘧啶 DNA 甲基化途径导致特定序列的转录基因沉默。 暂无已核实直接文献
At3g51120 含锌指CCCH结构域蛋白44。 暂无已核实直接文献
At5g08430 未表征蛋白 At5g08430。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025397 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0016593 Cdc73/Paf1 complex 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G16485
ath:AT5G08430
hsa:54904
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961
排名 1 · TkA06G061780 · TK1151
细胞质0.104
排名 2 · TkA06G061780 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA06G061780 · TK1151
内质网0.012
排名 4 · TkA06G061780 · TK1151
线粒体0.009
排名 5 · TkA06G061780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13771zf-HC5HC2H320-362 aa
PF23011PHD-1st_NSD323-352 aa
PF22908PHD_NSD324-370 aa
PF21255DNMT3_ADD_GATA1-like326-353 aa
PF17982C5HCH369-399 aa
PF22586ANCHR-like_BBOX371-396 aa
PF00643zf-B_box371-396 aa
PF21255DNMT3_ADD_GATA1-like394-419 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G061780PF13771zf-HC5HC2H3203620.0001822.3
TkA06G061780PF23011PHD-1st_NSD3233520.04614.6
TkA06G061780PF22908PHD_NSD3243700.0001223.0
TkA06G061780PF21255DNMT3_ADD_GATA1-like3263537.07.6
TkA06G061780PF17982C5HCH3693990.312.0
TkA06G061780PF22586ANCHR-like_BBOX3713960.01815.8
TkA06G061780PF00643zf-B_box3713960.7710.7
TkA06G061780PF21255DNMT3_ADD_GATA1-like3944197.07.6
TkA06G061780PF00643zf-B_box4054170.7710.7
TkA06G061780PF22586ANCHR-like_BBOX4074160.01815.8
TkA06G061780PF02201SWIB5245976e-1452.3
TkA06G061780PF26291SWIB_eIF2D5415760.003317.8
TkA06G061780PF03126Plus-36577541.4e-1971.3
TkA06G061780PF26291SWIB_eIF2D6656800.003317.8
TkA06G061780PF23011PHD-1st_NSD7307480.04614.6
TkA06G061780PF25980NERD_plant7778032.4e-0627.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIV5拟南芥sp|Q9SIV5|C3H19_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 1952.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SD34拟南芥sp|Q9SD34|C3H44_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4447.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FT92拟南芥sp|Q9FT92|Y5843_ARATH Uncharacterized protein At5g0843033.000%Swiss-Prot低置信

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