TkA05G451940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G451940

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 113109498-113112712 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2352 bp · TkA05G451940|TK1151|cDNA

CAACGGATAAACTGCCACCATGCCCCAGCCACGGGTTTTGCAGCAGAGAGTGCAAATAATGAATGCTCTGCTTCTCCCTCCACCGTCCGCCACCACCGCTCGCTTCCTCCGCCACCGCAATTTCTGTCAACAATCACTCTCCACCACCTCTTATAAGCACTTGCCTCTCCGTTCATCCGTCACCTCACTCTCCTTATCGGAAGACGATGTAATTACAGATAATGACGACGTTTCACCTTTCTCCCACCGCCGGTACGACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2085 bp · TkA05G451940|TK1151|CDS

ATGCCCCAGCCACGGGTTTTGCAGCAGAGAGTGCAAATAATGAATGCTCTGCTTCTCCCTCCACCGTCCGCCACCACCGCTCGCTTCCTCCGCCACCGCAATTTCTGTCAACAATCACTCTCCACCACCTCTTATAAGCACTTGCCTCTCCGTTCATCCGTCACCTCACTCTCCTTATCGGAAGACGATGTAATTACAGATAATGACGACGTTTCACCTTTCTCCCACCGCCGGTACGACTTCTCCCCTTTGCTCCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

694 aa · TkA05G451940|TK1151|PROTEIN

MPQPRVLQQRVQIMNALLLPPPSATTARFLRHRNFCQQSLSTTSYKHLPLRSSVTSLSLSEDDVITDNDDVSPFSHRRYDFSPLLQFLSNYSSDDNDSASSDPTDSQLAELYRLVPASLWHYLLKSLASSPSSSTAYALVNWLHKHNLCFSYELLYSILIHSLGRSEMVYEAFLLSQKQTLTPLTYNVLIGACARNDDLEKAVILMNKMRGEGYQSDFANYSLIIQSLVRNNQIDSGLLEKLYDEMISDAIELDVQLLND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G451940`
TK1151 ID	TkA05G451940
OH-1004 ID	LXL04_022224
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 45.965 / OH-1004 45.833 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G451940

位置 Chr05:113109498-113112712 (+)

描述 Similar to CRP1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42310`	需要用于叶绿体蛋白合成以及类囊体蛋白复合体亚基的积累。	CRP1 Protein: (dis)similarities between Arabidopsis thaliana and Zea mays.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.00163

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0548300`	对叶绿体mRNA的加工和翻译是必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022224 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G42310

dosa:Os07g0548300

zma:100302579

zma:732792

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.624

排名 1 · TkA05G451940 · TK1151

线粒体0.237

排名 2 · TkA05G451940 · TK1151

细胞核0.075

排名 3 · TkA05G451940 · TK1151

细胞质0.026

排名 4 · TkA05G451940 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA05G451940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20946Ctf4_C96-146 aa

PF29070MSC6_N118-208 aa

PF13762MNE1118-162 aa

PF25245TPR_At1g68980121-174 aa

PF13041PPR_2156-173 aa

PF01535PPR156-174 aa

PF12854PPR_1156-173 aa

PF23276TPR_24174-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G451940	`PF20946`	Ctf4_C	96	146	0.6	11.1
TkA05G451940	`PF29070`	MSC6_N	118	208	1.8e-39	136.7
TkA05G451940	`PF13762`	MNE1	118	162	0.0021	18.8
TkA05G451940	`PF25245`	TPR_At1g68980	121	174	0.11	13.3
TkA05G451940	`PF13041`	PPR_2	156	173	5.3e-100	328.1
TkA05G451940	`PF01535`	PPR	156	174	1.7e-89	288.7
TkA05G451940	`PF12854`	PPR_1	156	173	6.8e-76	250.4
TkA05G451940	`PF23276`	TPR_24	174	277	4.3e-42	143.9
TkA05G451940	`PF29070`	MSC6_N	177	277	1.8e-39	136.7
TkA05G451940	`PF26719`	TPR_Atp25_C	178	245	0.002	18.1
TkA05G451940	`PF13041`	PPR_2	185	229	5.3e-100	328.1
TkA05G451940	`PF01535`	PPR	185	213	1.7e-89	288.7
TkA05G451940	`PF12854`	PPR_1	185	210	6.8e-76	250.4
TkA05G451940	`PF13812`	PPR_3	185	228	5.9e-74	244.8
TkA05G451940	`PF17177`	PPR_long	185	290	4.8e-42	144.4
TkA05G451940	`PF24760`	TPR_IF140_C	186	210	1.7e-05	25.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L844`	拟南芥	sp\|Q8L844\|PP413_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic	63.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q84ZD2`	水稻	sp\|Q84ZD2\|CRP1_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein CRP1 homolog, chloroplastic	34.400%	Swiss-Prot	低置信

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