LXL04_022224 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022224

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 146459509-146462208 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2091 bp · LXL04_022224|LXL04_022224|OH1004|cDNA

ATGCCCCAGCCACGGGTTTTGCAGCAGAGAGTGCAAATAATGAATGCTCTGCTTCTCCCTCCACCGTCCGCCACCACCGCTCGCTTCCTCCGCCACCGCAATTTCTGTCAACCATCACTCTCCACCACCTCTTATAAGCACTTGCCTCTCCGTTCATCCGTCACCTCACTCTCCTTATCGGAAGACGATGTAATTACAAATAATGACGACGTTTCACCTTTCTCCCACCGCCGGTACGACTTCTCCCCTTTGCTCCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2091 bp · LXL04_022224|LXL04_022224|OH1004|CDS

ATGCCCCAGCCACGGGTTTTGCAGCAGAGAGTGCAAATAATGAATGCTCTGCTTCTCCCTCCACCGTCCGCCACCACCGCTCGCTTCCTCCGCCACCGCAATTTCTGTCAACCATCACTCTCCACCACCTCTTATAAGCACTTGCCTCTCCGTTCATCCGTCACCTCACTCTCCTTATCGGAAGACGATGTAATTACAAATAATGACGACGTTTCACCTTTCTCCCACCGCCGGTACGACTTCTCCCCTTTGCTCCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

696 aa · LXL04_022224|LXL04_022224|OH1004|PROTEIN

MPQPRVLQQRVQIMNALLLPPPSATTARFLRHRNFCQPSLSTTSYKHLPLRSSVTSLSLSEDDVITNNDDVSPFSHRRYDFSPLLQFLSNYSSDDNDSASSDPTDSQLAELYRLVPASLWHYLLKSLASSPSSSTAYALVNWLHRHNLCFSYELLYSILIHSLGRSEMVYEAFLLSQKQTLTPLTYNVLIGACARNDDLEKAVILMNKMRGEGYQSDFANYSLIIQSLVRNNQIDSGLLEKLYDEMISDAIELDVQLLND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022224`
TK1151 ID	TkA05G451940
OH-1004 ID	LXL04_022224
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 45.965 / OH-1004 45.833 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022224

位置 Chr04:146459509-146462208 (+)

描述 Similar to CRP1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42310`	需要用于叶绿体蛋白合成以及类囊体蛋白复合体亚基的积累。	CRP1 Protein: (dis)similarities between Arabidopsis thaliana and Zea mays.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.00163
`At3g22470`	含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0548300`	对叶绿体mRNA的加工和翻译是必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022224 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G42310

dosa:Os07g0548300

zma:100302579

zma:732792

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.643

排名 1 · LXL04_022224 · OH-1004

线粒体0.222

排名 2 · LXL04_022224 · OH-1004

细胞核0.075

排名 3 · LXL04_022224 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_022224 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_022224 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24174-276 aa

PF13041.13PPR_2185-229 aa

PF01535.27PPR185-213 aa

PF17177.11PPR_long241-375 aa

PF23276.3TPR_24261-344 aa

PF29070.1MSC6_N290-384 aa

PF13812.13PPR_3304-338 aa

PF13812.13PPR_3312-372 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022224	`PF23276.3`	TPR_24	174	276	5.9e-42	143.4
LXL04_022224	`PF13041.13`	PPR_2	185	229	5.8e-100	328.0
LXL04_022224	`PF01535.27`	PPR	185	213	2.5e-89	288.2
LXL04_022224	`PF17177.11`	PPR_long	241	375	3.8e-35	121.9
LXL04_022224	`PF23276.3`	TPR_24	261	344	5.9e-42	143.4
LXL04_022224	`PF29070.1`	MSC6_N	290	384	5.1e-39	135.2
LXL04_022224	`PF13812.13`	PPR_3	304	338	8e-74	244.4
LXL04_022224	`PF13812.13`	PPR_3	312	372	8e-74	244.4
LXL04_022224	`PF13041.13`	PPR_2	325	371	5.8e-100	328.0
LXL04_022224	`PF01535.27`	PPR	327	356	2.5e-89	288.2
LXL04_022224	`PF17177.11`	PPR_long	348	431	3.8e-35	121.9
LXL04_022224	`PF12854.14`	PPR_1	354	387	3.3e-74	245.0
LXL04_022224	`PF01535.27`	PPR	362	391	2.5e-89	288.2
LXL04_022224	`PF13041.13`	PPR_2	366	399	5.8e-100	328.0
LXL04_022224	`PF13812.13`	PPR_3	382	442	8e-74	244.4
LXL04_022224	`PF29070.1`	MSC6_N	383	559	5.1e-39	135.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L844`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic	67.601%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NQ83`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial	28.600%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84ZD2`	水稻	Pentatricopeptide repeat-containing protein CRP1 homolog, chloroplastic	53.025%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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