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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G408450
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 101555858-101571735 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5466 bp · TkA05G408450|TK1151|cDNA

TGCTGAGGAAGGAATGGATTGCAAAACGACGGCGCATAGGAAGCAGGAGGAGGCACAACGACGTAGCATCGAAATGCACTGGTACTAAGCCCACCCTATTTAATATAGAGAATAATATCAAAAGAGGCAAGGCTGCAATGATCACACCCGGCTTACTGTAGCGCCACCGGCGTAAATTAGTCGTCTTCACTCTGCTATCTCTGTAGTACGGTCATTTCCGATTCTCCTGCAAAACCCTTCTCAGTTCTCCCCCATTTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

4935 bp · TkA05G408450|TK1151|CDS

ATGAATAGTCAGCGACTATCCCTAACACCACAAAAGAGATCAAATGAAAGCTCCGAAGTTGGGGGTTTCAAGCGTAGGACTCCGGATTCGTTGGTAGTAAGTAGTCCAGATGTTTCAGGCTCAGGAAGAGTTTACAAGCTGAAGATTCTCTTACCGAACGGGATGACTGTATTGTTGAAGATTCCTGAAGGAACTGAATGGATTACTGTCAAAGAGTTGGCTAACAGAGCAAAAAATAGTTACGATAGAGCTGTGAAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1644 aa · TkA05G408450|TK1151|PROTEIN

MNSQRLSLTPQKRSNESSEVGGFKRRTPDSLVVSSPDVSGSGRVYKLKILLPNGMTVLLKIPEGTEWITVKELANRAKNSYDRAVKKTSNPEKHVNWNADLYFLDDTDKRFSNSLKLTNLELNRVYNLRLRDGSAPAKIYENMWDLTPDTEILKELPEEYTFETALADIIDNSLQAVWSNDQQERRLISVEVSDDMISIVDTGPGMDNMSLEKWGKMGASLHRASKGQAIGGKPPYLKPAFGMFGYGGFVASMHLGRITE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G408450
TK1151 IDTkA05G408450
OH-1004 IDLXL04_021588
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.263 / OH-1004 72.182
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G408450
位置Chr05:101555858-101571735 (+)
描述Similar to GMI1: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein GMI1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g24280 通过体细胞同源重组促进 DNA 双链断裂 (DSB) 修复。
GMI1, a structural-maintenance-of-chromosomes-hinge domain-containing protein, is involved in somatic homologous recombination in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04604.x
At3g49250 RNA 引导的 DNA 甲基化 机制的组成部分，可能通过促进涉及次级 siRNA 的 RNAi 介导的表观遗传修饰和 DNA 甲基化的扩散，从而导致基因沉默。
A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119
RNA polymerase V transcription guides ARGONAUTE4 to chromatin.2009 · DOI: 10.1038/ng.365
IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690
RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021588 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G49250
ath:AT5G24280
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.532
排名 1 · TkA05G408450 · TK1151
细胞质0.409
排名 2 · TkA05G408450 · TK1151
细胞膜0.095
排名 3 · TkA05G408450 · TK1151
内质网0.065
排名 4 · TkA05G408450 · TK1151
线粒体0.063
排名 5 · TkA05G408450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28659GMI1_N45-132 aa
PF13589HATPase_c_3160-277 aa
PF02518HATPase_c163-222 aa
PF04778LMP399-446 aa
PF22899SMCHD1_S5425-574 aa
PF28657GMI1_middle580-717 aa
PF28626GMI1_Ig_1722-861 aa
PF28628GMI1_Ig_2866-983 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G408450PF28659GMI1_N451328.2e-2071.7
TkA05G408450PF13589HATPase_c_31602771.2e-1248.7
TkA05G408450PF02518HATPase_c1632220.02215.9
TkA05G408450PF04778LMP3994460.0314.9
TkA05G408450PF22899SMCHD1_S54255740.00318.1
TkA05G408450PF28657GMI1_middle5807172.1e-61206.4
TkA05G408450PF28626GMI1_Ig_17228615.4e-53179.1
TkA05G408450PF28628GMI1_Ig_28669839.9e-32110.1
TkA05G408450PF22899SMCHD1_S58689040.00318.1
TkA05G408450PF28627GMI1_Ig_38769131.4e-37128.4
TkA05G408450PF26199Ig_SMCHD1_8th8869480.113.5
TkA05G408450PF28627GMI1_Ig_398710871.4e-37128.4
TkA05G408450PF28628GMI1_Ig_2100310469.9e-32110.1
TkA05G408450PF26199Ig_SMCHD1_8th100510330.113.5
TkA05G408450PF28658GMI1_Ig_4th109111921.3e-37128.6
TkA05G408450PF02518HATPase_c124212710.02215.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4KFS5拟南芥sp|F4KFS5|GMI1_ARATH Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein GMI141.300%Swiss-Prot中等置信
Q94A79拟南芥sp|Q94A79|DMS3_ARATH Protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 337.500%Swiss-Prot低置信

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