TkA04G473390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G473390

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 119541680-119547791 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3840 bp · TkA04G473390|TK1151|cDNA

TACGCTGATAATCAGACTTGCTTATAAATCTGATAAGATAGCAGAAAAAGGTAGACTCTTCTGCCAAAATACGCATCGAAAATCGCGAGACTAAGTCCCCTACCCCCCACCTTTCTCTCTTTCTATCTTCTTCGCAGCCTTCGGAATTAATACATTGAACTTTTGCTGAAAACCCTAGAAACACACTTGATTTATTGGTTTTTGGAGCTTTGATCTCGATTTTTGGGACTTTGTTGATGATAATTTGTTTTCAATGTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3342 bp · TkA04G473390|TK1151|CDS

ATGTCGTCACTGAGTAGAGAATTGGTTTTTCTCATACTTCAATTTCTCGAAGAGGAAAAATTTAAGGAGGCTGTGCACAGGCTTGAGCAAGAGTCTGGATTCTACTTTAACGTTAAGTATTTTGAGGAGAAAGTCCATGCTGGTGAATGGGATGAAGTTGAGAAATACCTGTCTGGATACACCAAGGTTGATGATAACAGATACTCAATGAAGATCTTCTTTGAAATCAGAAAACAAAAGTATCTTGAAGCCCTTGATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1113 aa · TkA04G473390|TK1151|PROTEIN

MSSLSRELVFLILQFLEEEKFKEAVHRLEQESGFYFNVKYFEEKVHAGEWDEVEKYLSGYTKVDDNRYSMKIFFEIRKQKYLEALDRQDKPKAVEILVNDLKVFSTFNEDLYKEITQLLTLSNFRENEQLSKYGDTKTARSIMLVELKKLIEANPLFREKLVFPTLKSSRLRTLINQSLNWQHQLCKSPRPNPDIKTLFIDHSCSTPNGNIMPTPVNLSPAAITKPTAYPSLGAHGPFVPTTSNPNANALAGWMANPANA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G473390`
TK1151 ID	TkA04G473390
OH-1004 ID	LXL04_002707
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.730 / OH-1004 62.746 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G473390

位置 Chr04:119541680-119547791 (-)

描述 Similar to TPR4: Topless-related protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27030`	转录共抑制因子。	暂无已核实直接文献
`At3g16830`	转录共抑制因子。	暂无已核实直接文献
`At1g80490`	转录共抑制因子。	Arabidopsis resistance protein SNC1 activates immune responses through association with a transcriptional corepressor.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1002828107

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0254100`	可能是独脚金内酯信号通路的下游调控因子。	暂无已核实直接文献
`Os08g0162100`	转录核心抑制因子，参与分支形成调控，推测通过抑制主分支形成并促进次分支形成。	OsLIS-L1 encoding a lissencephaly type-1-like protein with WD40 repeats is required for plant height and male gametophyte formation in rice.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1532-7

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15750

ath:AT1G80490

ath:AT3G15880

dosa:Os03g0254700

dosa:Os08g0162100

osa:4332285

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.620

排名 1 · TkA04G473390 · TK1151

细胞质0.315

排名 2 · TkA04G473390 · TK1151

溶酶体／液泡0.066

排名 3 · TkA04G473390 · TK1151

细胞膜0.060

排名 4 · TkA04G473390 · TK1151

高尔基体0.042

排名 5 · TkA04G473390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25437BRWD1_N3-31 aa

PF17814LisH_TPL5-34 aa

PF23627LisH_WDR267-34 aa

PF21889TPR1-like_2nd37-161 aa

PF10607CTLH70-134 aa

PF25009DUF7785109-176 aa

PF21359zf_topless164-204 aa

PF09286Pro-kuma_activ276-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G473390	`PF25437`	BRWD1_N	3	31	0.059	14.4
TkA04G473390	`PF17814`	LisH_TPL	5	34	2.2e-11	43.9
TkA04G473390	`PF23627`	LisH_WDR26	7	34	0.19	11.9
TkA04G473390	`PF21889`	TPR1-like_2nd	37	161	9e-62	207.6
TkA04G473390	`PF10607`	CTLH	70	134	0.037	14.8
TkA04G473390	`PF25009`	DUF7785	109	176	0.63	11.3
TkA04G473390	`PF21359`	zf_topless	164	204	6.8e-25	87.1
TkA04G473390	`PF09286`	Pro-kuma_activ	276	345	0.11	13.5
TkA04G473390	`PF25009`	DUF7785	299	337	0.63	11.3
TkA04G473390	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	319	460	7.5e-39	134.4
TkA04G473390	`PF23341`	PEP5_VPS11_N	328	471	2.8e-08	34.0
TkA04G473390	`PF30506`	Beta-prop_MIP2	328	426	0.19	11.2
TkA04G473390	`PF25391`	WD40_Gbeta	329	383	2e-13	50.8
TkA04G473390	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	330	381	2.3e-17	63.8
TkA04G473390	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	331	383	2.3e-45	155.3
TkA04G473390	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	331	396	5.2e-42	144.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JM4`	拟南芥	sp\|Q84JM4\|TPR3_ARATH Topless-related protein 3	70.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LRZ0`	拟南芥	sp\|Q9LRZ0\|TPR2_ARATH Topless-related protein 2	71.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WV90`	拟南芥	sp\|Q0WV90\|TPR1_ARATH Topless-related protein 1	61.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q5NBT9`	水稻	sp\|Q5NBT9\|TPR1_ORYSJ Protein TPR1	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q0J7U6`	水稻	sp\|Q0J7U6\|TPR2_ORYSJ Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2	62.400%	Swiss-Prot	高置信

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