LXL04_002707 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002707

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 55489002-55502657 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5334 bp · LXL04_002707|LXL04_002707|OH1004|cDNA

ATGCTAGGTCCAGATCAGAAAATTAGTAATTGTGGAAATTCGGATTCCTTATGGATCATATCTGTCTCTGTAATCTTTCGTCGTCTAATTCGAAGCTTTTGGGCAAAAAGGAAAGCTATGTCGTCCCTTAGTAGGGAGCTTGTGTTTTTAATACTTCAATTTTTAGACGAAGAGAAGTTCAAGGAGACTGTTCACAGGTTGGAGCAAGAATCAGGCTTTTTCTTCAACATTCgttactttgaagaaatggTGACAAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5334 bp · LXL04_002707|LXL04_002707|OH1004|CDS

ATGCTAGGTCCAGATCAGAAAATTAGTAATTGTGGAAATTCGGATTCCTTATGGATCATATCTGTCTCTGTAATCTTTCGTCGTCTAATTCGAAGCTTTTGGGCAAAAAGGAAAGCTATGTCGTCCCTTAGTAGGGAGCTTGTGTTTTTAATACTTCAATTTTTAGACGAAGAGAAGTTCAAGGAGACTGTTCACAGGTTGGAGCAAGAATCAGGCTTTTTCTTCAACATTCGTTACTTTGAAGAAATGGTGACAAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1777 aa · LXL04_002707|LXL04_002707|OH1004|PROTEIN

MLGPDQKISNCGNSDSLWIISVSVIFRRLIRSFWAKRKAMSSLSRELVFLILQFLDEEKFKETVHRLEQESGFFFNIRYFEEMVTNGEWDEVEKYLSGFTKVDDNRYSMKIFFEIRKQKYLEALDKKDRAKAVEILVKDLKVFSAFNEDLFKEITQLLTLENFRDNEQLSKYGDTKSARGIMLGELKKLIEANPLFRDKLNFPTLKNSRLRTLINQSLNWQHQLCKNPKPNPDIKTLFVDHSCGQSQPNGARAPSPVNNP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002707`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002707

位置 Chr01:55489002-55502657 (-)

描述 Similar to TPR4: Topless-related protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15880`	锌指转录因子GAF1/IDD2和ENY/IDD1的转录抑制因子，在调节赤霉素稳态和信号传导中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g15750`	转录共抑制因子。	暂无已核实直接文献
`At1g80490`	转录共抑制因子。	Arabidopsis resistance protein SNC1 activates immune responses through association with a transcriptional corepressor.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1002828107

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0254700`	可能是独脚金内酯信号通路的下游调控因子（基于相似性推测）。	MODD Mediates Deactivation and Degradation of OsbZIP46 to Negatively Regulate ABA Signaling and Drought Resistance in Rice.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00171
`Os08g0162100`	转录核心抑制因子，参与分支形成调控，推测通过抑制主分支形成并促进次分支形成。	OsLIS-L1 encoding a lissencephaly type-1-like protein with WD40 repeats is required for plant height and male gametophyte formation in rice.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1532-7

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15750

ath:AT1G80490

ath:AT3G15880

dosa:Os03g0254700

dosa:Os08g0162100

osa:4332285

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.546

排名 1 · LXL04_002707 · OH-1004

细胞核0.262

排名 2 · LXL04_002707 · OH-1004

细胞膜0.214

排名 3 · LXL04_002707 · OH-1004

溶酶体／液泡0.114

排名 4 · LXL04_002707 · OH-1004

高尔基体0.103

排名 5 · LXL04_002707 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17814.8LisH_TPL44-73 aa

PF21889.2TPR1-like_2nd76-200 aa

PF21359.3zf_topless203-243 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2387-513 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd397-613 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd403-552 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st434-614 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd435-553 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002707	`PF17814.8`	LisH_TPL	44	73	2e-12	47.2
LXL04_002707	`PF21889.2`	TPR1-like_2nd	76	200	5e-63	211.7
LXL04_002707	`PF21359.3`	zf_topless	203	243	2.3e-24	85.4
LXL04_002707	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	387	513	2.5e-35	122.9
LXL04_002707	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	397	613	2.2e-30	106.6
LXL04_002707	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	403	552	1.1e-20	74.9
LXL04_002707	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	434	614	1.6e-43	149.2
LXL04_002707	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	435	553	8.6e-23	81.8
LXL04_002707	`PF24814.2`	WD40_Prp19	437	512	3.8e-40	138.4
LXL04_002707	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	448	533	9.4e-46	157.1
LXL04_002707	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	455	612	2.6e-31	109.7
LXL04_002707	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	458	672	2.8e-41	142.4
LXL04_002707	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	459	717	1.2e-39	136.7
LXL04_002707	`PF24796.2`	WDR55	459	576	1e-21	78.0
LXL04_002707	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	461	720	9.4e-46	157.1
LXL04_002707	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	463	669	8.2e-11	42.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q27GK7`	拟南芥	Topless-related protein 4	74.560%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94AI7`	拟南芥	Protein TOPLESS	72.664%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WV90`	拟南芥	Topless-related protein 1	71.853%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10NY2`	水稻	Protein TPR3	72.940%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0J7U6`	水稻	Protein TOPLESS-RELATED PROTEIN 2	65.559%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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