TkA04G464000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G464000

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 117137841-117140902 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2105 bp · TkA04G464000|TK1151|cDNA

AAGAACTTGAAATAAACCCATTGAAACTATACAAACATCTTATTCTCCAGATGGCTATCCTCATACTAATTTTAGTGGCCACATTCAACATTTTATCCACCAATAGCCAACATCACCCTTTGGATCCTCTCAATCCAAATGAAATATCCCAAATTCAAAAAATCATCAAAAACTCTCACCTTTCTTCAATTCCCAATCTCACATTCCATTTCGTTGATCTAAACGAACCCGACAAAAACCACGTCCTCCAATGGCTGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1947 bp · TkA04G464000|TK1151|CDS

ATGGCTATCCTCATACTAATTTTAGTGGCCACATTCAACATTTTATCCACCAATAGCCAACATCACCCTTTGGATCCTCTCAATCCAAATGAAATATCCCAAATTCAAAAAATCATCAAAAACTCTCACCTTTCTTCAATTCCCAATCTCACATTCCATTTCGTTGATCTAAACGAACCCGACAAAAACCACGTCCTCCAATGGCTGTCATCATCATCTCCCCACAAACAAAACCAATCTTTCCCTTACCGCCAAGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

648 aa · TkA04G464000|TK1151|PROTEIN

MAILILILVATFNILSTNSQHHPLDPLNPNEISQIQKIIKNSHLSSIPNLTFHFVDLNEPDKNHVLQWLSSSSPHKQNQSFPYRQAKIVTRGGGQTHEIVIDLTTDSITSHNIYTGDGYPPNTLTELLQAARLPFKSSRFKSLVSKRGLNFSEITCFPFTIGWFGESVTKRAVRLSCFYRQNTTNVFSRPIEGLAILVDIDLMKIQKLVDRGRSPIPGSEGTDFQTSGTTPDPIINCKKSKKGFTINRHEINWKNWRFHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G464000`
TK1151 ID	TkA04G464000
OH-1004 ID	LXL04_029705
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	44.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.914 / OH-1004 78.395 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G464000

位置 Chr04:117137841-117140902 (-)

描述 Similar to At1g62810: Primary amine oxidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14940`	优先氧化脂肪族二胺腐胺并产生相应的醛、氨和过氧化氢。	The Apoplastic Copper AMINE OXIDASE1 Mediates Jasmonic Acid-Induced Protoxylem Differentiation in Arabidopsis Roots.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00121
`At1g31690`	铜胺氧化酶，可以使用腐胺和亚精胺作为底物。	Copper amine oxidase 8 regulates arginine-dependent nitric oxide production in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx105
`At1g31710`	铜胺氧化酶，可以使用腐胺和亚精胺作为底物。	Copper-containing amine oxidases contribute to terminal polyamine oxidation in peroxisomes and apoplast of Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-109

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029705 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006809 nitric oxide biosynthetic process 生物过程

GO:0009308 amine metabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009447 putrescine catabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31690

ath:AT1G31710

ath:AT1G62810

ath:AT3G43670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.339

排名 1 · TkA04G464000 · TK1151

溶酶体／液泡0.198

排名 2 · TkA04G464000 · TK1151

内质网0.117

排名 3 · TkA04G464000 · TK1151

细胞质0.071

排名 4 · TkA04G464000 · TK1151

细胞膜0.048

排名 5 · TkA04G464000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02727Cu_amine_oxidN222-113 aa

PF17793AHD28-58 aa

PF01175Urocanase53-126 aa

PF02728Cu_amine_oxidN3126-226 aa

PF01179Cu_amine_oxid246-647 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G464000	`PF02727`	Cu_amine_oxidN2	22	113	1.1e-22	80.8
TkA04G464000	`PF17793`	AHD	28	58	0.23	12.1
TkA04G464000	`PF01175`	Urocanase	53	126	0.29	11.5
TkA04G464000	`PF02728`	Cu_amine_oxidN3	126	226	9.2e-23	81.1
TkA04G464000	`PF01179`	Cu_amine_oxid	246	647	2.1e-132	442.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23349`	拟南芥	sp\|O23349\|AO1_ARATH Primary amine oxidase 1	58.500%	Swiss-Prot	高置信
`F4IAX0`	拟南芥	sp\|F4IAX0\|CAOA2_ARATH Amine oxidase [copper-containing] alpha 2, peroxisomal	51.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4IAX1`	拟南芥	sp\|F4IAX1\|CAOA3_ARATH Amine oxidase [copper-containing] alpha 3, peroxisomal	50.500%	Swiss-Prot	高置信

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