LXL04_029705 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029705

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 97760737-97764963 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2433 bp · LXL04_029705|LXL04_029705|OH1004|cDNA

ATGCATTTCCTGGCCAATATACAGACAGTAAATATACAATATCTTTCGGTCTTACTTGAAGCTTTAGCTCCCGGTTgtattaataaaattaatattatcgaaaattcacaactttttagCAAATTTCTTAATGAAATGAGTAATCAACATCCAATGAATGAAGTGTTCATCACCGTCAACTCTTGTCCACTTTCAGTCACCAGTATATGTAGTCTTCCTCTCCATCATCCTGTGTgcgcacacacacacacacttcCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2433 bp · LXL04_029705|LXL04_029705|OH1004|CDS

ATGCATTTCCTGGCCAATATACAGACAGTAAATATACAATATCTTTCGGTCTTACTTGAAGCTTTAGCTCCCGGTTGTATTAATAAAATTAATATTATCGAAAATTCACAACTTTTTAGCAAATTTCTTAATGAAATGAGTAATCAACATCCAATGAATGAAGTGTTCATCACCGTCAACTCTTGTCCACTTTCAGTCACCAGTATATGTAGTCTTCCTCTCCATCATCCTGTGTGCGCACACACACACACACTTCCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

810 aa · LXL04_029705|LXL04_029705|OH1004|PROTEIN

MHFLANIQTVNIQYLSVLLEALAPGCINKINIIENSQLFSKFLNEMSNQHPMNEVFITVNSCPLSVTSICSLPLHHPVCAHTHTLPVSHNDGGKKSHPIFLSHSNHRPPPPPLFHQHSLYPATHQQGGGVTRLLHRLTVSNIKQPPKPTTRLHTADVPHHPLDPLTLNELNKVRSILLSNALFLNSNTHAFHSVVLEEPDKSVVLTWTHGQPLPPRKASVIARVNGQAHVFSVDLGSGEATIVDVGEHSGYPTMTIEDMT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029705`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029705

位置 Chr06:97760737-97764963 (+)

描述 Similar to At1g62810: Primary amine oxidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62810`	铜胺氧化酶，可以丁二胺和亚精胺为底物。	暂无已核实直接文献
`At3g43670`	铜胺氧化酶，可以丁二胺和亚精胺为底物。	暂无已核实直接文献
`At1g31690`	铜胺氧化酶，可以使用腐胺和亚精胺作为底物。	Copper amine oxidase 8 regulates arginine-dependent nitric oxide production in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx105
`At1g31710`	铜胺氧化酶，可以使用腐胺和亚精胺作为底物。	Copper-containing amine oxidases contribute to terminal polyamine oxidation in peroxisomes and apoplast of Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-109
`At1g31672`	初级胺氧化酶2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029705 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006809 nitric oxide biosynthetic process 生物过程

GO:0009308 amine metabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009447 putrescine catabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31690

ath:AT1G31710

ath:AT1G62810

ath:AT3G43670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.270

排名 1 · LXL04_029705 · OH-1004

溶酶体／液泡0.191

排名 2 · LXL04_029705 · OH-1004

细胞质0.156

排名 3 · LXL04_029705 · OH-1004

高尔基体0.150

排名 4 · LXL04_029705 · OH-1004

细胞外0.124

排名 5 · LXL04_029705 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02727.22Cu_amine_oxidN2160-238 aa

PF02728.23Cu_amine_oxidN3258-360 aa

PF01179.28Cu_amine_oxid387-798 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029705	`PF02727.22`	Cu_amine_oxidN2	160	238	1.7e-20	73.8
LXL04_029705	`PF02728.23`	Cu_amine_oxidN3	258	360	2.2e-27	96.0
LXL04_029705	`PF01179.28`	Cu_amine_oxid	387	798	9.6e-133	443.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1H9`	拟南芥	Amine oxidase [copper-containing] gamma 1	61.876%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2B9`	拟南芥	Amine oxidase [copper-containing] gamma 2	60.763%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IAX0`	拟南芥	Amine oxidase [copper-containing] alpha 2, peroxisomal	46.330%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IAX1`	拟南芥	Amine oxidase [copper-containing] alpha 3, peroxisomal	45.046%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0DO00`	拟南芥	Primary amine oxidase 2	44.749%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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