TkA04G307610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G307610

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 77610793-77617788 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

665 bp · TkA04G307610|TK1151|cDNA

TCTTGATGAGGATGGTGGTCCCTATGAGTCAAGTGATTAAAAATAAAAAGAAAATCGGCGAAGAAAACGTACGAAAAGCTGTTGAAACCGTCACTAAAGCAGCAGAAGTTGCTTTGTCTGAAGGAAAAGCTTTCTGCATTTCACACGTCTGTGTGGGTTCAGACACTGCTGCTATTCGTGAAGCAGTTGTGAAAACCATGGAGCAAAAGGGAATGGCGGTGATGGTATTCAGCACTGATGAACAATCAAAAAAGACTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3066 bp · TkA04G307610|TK1151|CDS

ATGAGGTTTCACCTCTCTCGTAATTTGAATCTAGCGTTTGATTACCGTCGTGTCGTCGCTTGTTCAGCTGCATCTACTTTATCACTCCGGGCGGCGGCGGCGGATTATTCTATTCGTAGGAAGGATTACATATCTGCTTTAGGCAGTTTTAATTTGTCGACTGTTGCTTCGGTGCGAGACTCTTCCTGTACGAAGACCATGGGCTCGCAATCGGCAGCGGAGGTGGAGTGGCCAGCCAACAAAGTTAGAGATACTTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1021 aa · TkA04G307610|TK1151|PROTEIN

MRFHLSRNLNLAFDYRRVVACSAASTLSLRAAAADYSIRRKDYISALGSFNLSTVASVRDSSCTKTMGSQSAAEVEWPANKVRDTFIKFFEERNHVYWKSSPVVPVNDPTLLFANAGMNQYKPIFLGTADPNTSLSKLTRACNTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDTYHHTFFEMLGNWSFGDYFKEEAIGWAWELLTTVFKLPTDRIYATYFGGDEKLGLPADTEAREIWLKYLPPARVLPFGCKDNFWEMGDTGPCGPCTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G307610`
TK1151 ID	TkA04G307610
OH-1004 ID	LXL04_037429
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.609 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G307610

位置 Chr04:77610793-77617788 (-)

描述 Similar to ALATS: Alanine--tRNA ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50200`	催化丙氨酸连接到 tRNA(Ala) 的两步反应：首先丙氨酸被 ATP 激活形成 Ala-AMP，然后转移到 tRNA(Ala) 的受体端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037429 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006400 tRNA modification 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006419 alanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0035332 positive regulation of hippo signaling 生物过程

GO:0070143 mitochondrial alanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0140018 regulation of cytoplasmic translational fidelity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50200

cal:CAALFM_C603720WA

ddi:DDB_G0277823

hsa:16

sce:YOR335C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.472

排名 1 · TkA04G307610 · TK1151

细胞质0.258

排名 2 · TkA04G307610 · TK1151

质体0.221

排名 3 · TkA04G307610 · TK1151

过氧化物酶体0.121

排名 4 · TkA04G307610 · TK1151

细胞核0.069

排名 5 · TkA04G307610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01411tRNA-synt_2c81-656 aa

PF21770MgtC_SapB_C436-449 aa

PF07973tRNA_SAD679-684 aa

PF07973tRNA_SAD754-812 aa

PF26023ALA1820-882 aa

PF21770MgtC_SapB_C915-970 aa

PF02272DHHA1920-1016 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G307610	`PF01411`	tRNA-synt_2c	81	656	1.4e-215	717.8
TkA04G307610	`PF21770`	MgtC_SapB_C	436	449	0.28	12.5
TkA04G307610	`PF07973`	tRNA_SAD	679	684	1.2e-13	51.5
TkA04G307610	`PF07973`	tRNA_SAD	754	812	1.2e-13	51.5
TkA04G307610	`PF26023`	ALA1	820	882	3.4e-06	28.1
TkA04G307610	`PF21770`	MgtC_SapB_C	915	970	0.28	12.5
TkA04G307610	`PF02272`	DHHA1	920	1016	1.3e-12	48.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P36428`	拟南芥	sp\|P36428\|SYA_ARATH Alanine--tRNA ligase	72.300%	Swiss-Prot	高置信

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