LXL04_037429 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037429

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 10896330-10903677 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3069 bp · LXL04_037429|LXL04_037429|OH1004|cDNA

ATGAGGTTTCACCTCTCTCGTAATTTGAATCTAGCGTTGGATTACCGTCGTGTCGTCGCTTGTTCAGCTGCATCTAATTTATCACTCCGGGCGGCGGCGGCGGATTATTCTCCTCGTAGGAAGGATTACATATCTGCTTTAGGAAGTTTTAATTTGTCAACTGTTGCTTCGGTGCGAGACTCTTCCTTTACGAAGACCATGGGCTCGCAATCGGCAGCGGAGGTGGAGTGGCCAGCCAACAAAGTTAGAGATACTTTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3069 bp · LXL04_037429|LXL04_037429|OH1004|CDS

ATGAGGTTTCACCTCTCTCGTAATTTGAATCTAGCGTTGGATTACCGTCGTGTCGTCGCTTGTTCAGCTGCATCTAATTTATCACTCCGGGCGGCGGCGGCGGATTATTCTCCTCGTAGGAAGGATTACATATCTGCTTTAGGAAGTTTTAATTTGTCAACTGTTGCTTCGGTGCGAGACTCTTCCTTTACGAAGACCATGGGCTCGCAATCGGCAGCGGAGGTGGAGTGGCCAGCCAACAAAGTTAGAGATACTTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1022 aa · LXL04_037429|LXL04_037429|OH1004|PROTEIN

MRFHLSRNLNLALDYRRVVACSAASNLSLRAAAADYSPRRKDYISALGSFNLSTVASVRDSSFTKTMGSQSAAEVEWPANKVRDTFIKFFEERNHVYWKSSPVVPVNDPTLLFANAGMNQYKPIFLGTADPNTSLSKLTRACNTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDTYHHTFFEMLGNWSFGDYFKEEAIGWAWELLTTLPTDRIYATYFGGDEKLGLPADNEAREIWLKYLPPARVLPFGCKDNFWEMGDTGPCGPCTEIHF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037429`
TK1151 ID	TkA04G307610
OH-1004 ID	LXL04_037429
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.609 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037429

位置 Chr09:10896330-10903677 (-)

描述 Similar to ALATS: Alanine--tRNA ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50200`	催化丙氨酸连接到 tRNA(Ala) 的两步反应：首先丙氨酸被 ATP 激活形成 Ala-AMP，然后转移到 tRNA(Ala) 的受体端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037429 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006400 tRNA modification 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006419 alanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0035332 positive regulation of hippo signaling 生物过程

GO:0070143 mitochondrial alanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0140018 regulation of cytoplasmic translational fidelity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50200

cal:CAALFM_C603720WA

ddi:DDB_G0277823

hsa:16

sce:YOR335C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.475

排名 1 · LXL04_037429 · OH-1004

细胞质0.243

排名 2 · LXL04_037429 · OH-1004

质体0.227

排名 3 · LXL04_037429 · OH-1004

过氧化物酶体0.124

排名 4 · LXL04_037429 · OH-1004

细胞核0.066

排名 5 · LXL04_037429 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01411.25tRNA-synt_2c81-653 aa

PF07973.20tRNA_SAD751-809 aa

PF26023.1ALA1817-879 aa

PF02272.25DHHA1917-1013 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037429	`PF01411.25`	tRNA-synt_2c	81	653	3.9e-213	709.7
LXL04_037429	`PF07973.20`	tRNA_SAD	751	809	2.3e-13	50.6
LXL04_037429	`PF26023.1`	ALA1	817	879	6.4e-06	27.2
LXL04_037429	`PF02272.25`	DHHA1	917	1013	1.3e-12	48.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P36428`	拟南芥	Alanine--tRNA ligase	72.432%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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