TkA04G169900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G169900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 43869603-43872602 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2915 bp · TkA04G169900|TK1151|cDNA

TTTACTGCCAACTAAACAGCATATGGAATTGGATTCCTTTTCCTGATAGATTCATTTTCCAATTTCAATTTATTTTCCTTCCGCAACAATTGCCAACCAAACAGGCCTTATTCATCACATCAAACTAGAATAATTAGAGAATTGCAACACGTGAGAATTAAAGGAACGAGTAAAACGTAAATAAACCGCGTCACGCGTGCGACCCCCCACTCGCCTGGAATCTGTAATCAGTCATCCAATTTAGTTATTGTATAATATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1944 bp · TkA04G169900|TK1151|CDS

ATGTGTAAGGTTACACAGGGTAAACTTCACTCTGTCATGGATGGAGAGAAGTTTCAAGAGAAATACCACGGATTGTTCCTGAAATGCTCGAATTTGCTGGAATTAGCAGCTTCGGATGATGTTTCTGGGTTTATTTACATGGTAGAAGAGAAGGGTGAGAGCTTAGATGAGATCAGCTTTTGGTACGGACGAAGAAATGGGTGCAAAGGCAAGATGGGGCTAGAAGAACGAACCCCTCTCATGATTGCTTCCATGTATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

647 aa · TkA04G169900|TK1151|PROTEIN

MCKVTQGKLHSVMDGEKFQEKYHGLFLKCSNLLELAASDDVSGFIYMVEEKGESLDEISFWYGRRNGCKGKMGLEERTPLMIASMYGSIHVVKYIIDAKKVDVNRVSDSDGATALHCAAAGGSPLSVEVVKLLLEASADVNLTDGDGNKAGDLMARGIKSSKPRVLEMLLNGFGIKDGCDEEQIEENEVVSSKKEYPVDVSMPDINNGVYGSDEFRMYTFKVKPCSRAYTHDWTECPFVHPGENARRRDLRKFNYSCVPC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G169900`
TK1151 ID	TkA04G169900
OH-1004 ID	LXL04_035093
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 87.788 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G169900

位置 Chr04:43869603-43872602 (+)

描述 Similar to At2g40140: Zinc finger CCCH domain-containing protein 29

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g40140`	参与盐胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At3g55980`	参与盐胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At5g58620`	含锌指CCCH结构域的蛋白66。	暂无已核实直接文献
`At2g41900`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 30。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0698800`	含锌指CCCH结构域的蛋白质24。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035093 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程

GO:1902074 response to salt 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40140

ath:AT2G41900

ath:AT3G55980

ath:AT5G58620

dosa:Os05g0128200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · TkA04G169900 · TK1151

细胞核0.363

排名 2 · TkA04G169900 · TK1151

细胞膜0.087

排名 3 · TkA04G169900 · TK1151

线粒体0.053

排名 4 · TkA04G169900 · TK1151

高尔基体0.052

排名 5 · TkA04G169900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796Ank_268-144 aa

PF13857Ank_576-116 aa

PF00023Ank77-106 aa

PF13606Ank_377-104 aa

PF13637Ank_481-134 aa

PF13857Ank_5107-150 aa

PF00023Ank110-144 aa

PF13606Ank_3110-141 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G169900	`PF12796`	Ank_2	68	144	6.9e-14	52.9
TkA04G169900	`PF13857`	Ank_5	76	116	4.4e-06	27.7
TkA04G169900	`PF00023`	Ank	77	106	1e-14	54.5
TkA04G169900	`PF13606`	Ank_3	77	104	6.6e-11	42.0
TkA04G169900	`PF13637`	Ank_4	81	134	4.4e-12	46.6
TkA04G169900	`PF13857`	Ank_5	107	150	4.4e-06	27.7
TkA04G169900	`PF00023`	Ank	110	144	1e-14	54.5
TkA04G169900	`PF13606`	Ank_3	110	141	6.6e-11	42.0
TkA04G169900	`PF13637`	Ank_4	127	150	4.4e-12	46.6
TkA04G169900	`PF13606`	Ank_3	160	175	6.6e-11	42.0
TkA04G169900	`PF25512`	zf-CCCH_AtC3H23	214	247	8.6e-21	74.1
TkA04G169900	`PF23261`	zf-CCCH_11	232	243	1.2	9.4
TkA04G169900	`PF25542`	zf-CCCH_12	233	240	1.7	9.1
TkA04G169900	`PF18345`	zf_CCCH_4	235	240	0.0018	19.0
TkA04G169900	`PF00642`	zf-CCCH	235	241	0.76	10.5
TkA04G169900	`PF14608`	zf-CCCH_2	235	241	3.1	9.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XEE6`	拟南芥	sp\|Q9XEE6\|C3H29_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 29	50.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q93ZS9`	拟南芥	sp\|Q93ZS9\|C3H47_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 47	50.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LUZ4`	拟南芥	sp\|Q9LUZ4\|C3H66_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 66	48.000%	Swiss-Prot	中等置信
`P93755`	拟南芥	sp\|P93755\|C3H30_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 30	37.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10EL1`	水稻	sp\|Q10EL1\|C3H24_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 24	42.600%	Swiss-Prot	中等置信

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