LXL04_035093 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035093

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 13992261-13994661 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2214 bp · LXL04_035093|LXL04_035093|OH1004|cDNA

ATGCGCGTGGGATTCGGAAACATTTCCAGCCGGTTCAGGCTCATACTTCACTGGGACACACCCGTTGAAAGCCAGTCAGATATCAGTAGATTTCAGAAACATAAAAGAAAAGTCTCACCTTCCTCTCCTCCTTCCATAGCGTGTGTATCTTCATTTCCAACATCATATAAACCCTTCCTCCCAACTCCCAACTCCCAACTCACTCTCTTCATCGATCCACTCCACAAATACATCATTAATCTCATCAAATCATCAGTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2214 bp · LXL04_035093|LXL04_035093|OH1004|CDS

ATGCGCGTGGGATTCGGAAACATTTCCAGCCGGTTCAGGCTCATACTTCACTGGGACACACCCGTTGAAAGCCAGTCAGATATCAGTAGATTTCAGAAACATAAAAGAAAAGTCTCACCTTCCTCTCCTCCTTCCATAGCGTGTGTATCTTCATTTCCAACATCATATAAACCCTTCCTCCCAACTCCCAACTCCCAACTCACTCTCTTCATCGATCCACTCCACAAATACATCATTAATCTCATCAAATCATCAGTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

737 aa · LXL04_035093|LXL04_035093|OH1004|PROTEIN

MRVGFGNISSRFRLILHWDTPVESQSDISRFQKHKRKVSPSSPPSIACVSSFPTSYKPFLPTPNSQLTLFIDPLHKYIINLIKSSVLKVFMCKVTQGKLHSVMDGEKFQEKYHGLFLKCSNLLELAASDDVSGFIYMVEEKGESLDEISFWYGRRNGCKGKMGLEERTPLMIASMYGSIHVVKYIIDAKKVDVNRVSDSDGATALHCAVAGGSPLSVEVVKLLLEASADVNLTDGDGNKPGDLMARGVKSSKPRVLEMLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035093`
TK1151 ID	TkA04G169900
OH-1004 ID	LXL04_035093
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 87.788 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035093

位置 Chr08:13992261-13994661 (+)

描述 Similar to At2g40140: Zinc finger CCCH domain-containing protein 29

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g40140`	参与盐胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At5g58620`	含锌指CCCH结构域的蛋白66。	暂无已核实直接文献
`At3g55980`	参与盐胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At2g41900`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 30。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0128200`	含锌指CCCH结构域蛋白33。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035093 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程

GO:1902074 response to salt 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40140

ath:AT2G41900

ath:AT3G55980

ath:AT5G58620

dosa:Os05g0128200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.494

排名 1 · LXL04_035093 · OH-1004

细胞核0.399

排名 2 · LXL04_035093 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_035093 · OH-1004

线粒体0.054

排名 4 · LXL04_035093 · OH-1004

内质网0.054

排名 5 · LXL04_035093 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_2158-234 aa

PF00023.37Ank167-196 aa

PF13606.13Ank_3167-194 aa

PF13637.13Ank_4171-224 aa

PF00023.37Ank200-234 aa

PF25512.2zf-CCCH_AtC3H23304-337 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035093	`PF12796.14`	Ank_2	158	234	1e-13	52.4
LXL04_035093	`PF00023.37`	Ank	167	196	2.6e-14	53.2
LXL04_035093	`PF13606.13`	Ank_3	167	194	1.4e-10	41.0
LXL04_035093	`PF13637.13`	Ank_4	171	224	6.1e-12	46.2
LXL04_035093	`PF00023.37`	Ank	200	234	2.6e-14	53.2
LXL04_035093	`PF25512.2`	zf-CCCH_AtC3H23	304	337	1.1e-20	73.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XEE6`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 29	51.008%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUZ4`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 66	48.182%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93ZS9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 47	50.702%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93755`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 30	38.307%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q688R3`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 33	42.584%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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