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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G109430
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28433938-28438690 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3468 bp · TkA04G109430|TK1151|cDNA

CTAAAAGGGCTAAAACCCTGTATAAAGGGTTTTCAAAGATTCTATGCTTTCAATCATAGTACCAATTTTCAGAAGCTTAAAGTTTTGGATTTTACCCTGAGCTGATTTGAAATTTCTAGGGTTTATCTGATATGGTGGAGCCTGCTCGGTGTTCATAATTTCATTCCGGTGTAAAGTGTGAAACCGGAAATACTTTCTCTCTCTACATATAAATTAACCGACATTTCCGGCGGCAGATCTAAACACTGACGGTGGTGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · TkA04G109430|TK1151|CDS

ATGTCCAGGCCACTTCACAGAGGCGTATTAGGTGGAGGAAGACTCTCAGGAAACATTCAAGACTACTTACAAGACTCTCAAATGAAAGTTAAAACCGATAAAGAAGATCTAGACAAAATTACAAAAACACCCCCCAATGATCCTCATCACGTATCCCTATCTTTAAGAAACCCATTCCAATTCCTCTTCTCAGATACCCCTGCATCCAAACAAGACTCCATGGAAAACGGAGCTCTTGTATCCGATCCAATCACCCCCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

704 aa · TkA04G109430|TK1151|PROTEIN

MSRPLHRGVLGGGRLSGNIQDYLQDSQMKVKTDKEDLDKITKTPPNDPHHVSLSLRNPFQFLFSDTPASKQDSMENGALVSDPITPSSLRNRHMLTLLFLKFTLIIIVILGLTMSFLWTISLTTVSKGQMIRGYRRLQEQLVSDLWDIGELSLGTSKFKEADFCPLDSENSVPCYNITQNLELGFTEGKEYDRHCGPMSKQNCLIPAPIKYKIPHRWPTGRDVIWIDNVKITAQEVLSSGSLTKRMMMLDEDQISFSFAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G109430
TK1151 IDTkA04G109430
OH-1004 IDLXL04_030121
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)75.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.716 / OH-1004 94.708
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G109430
位置Chr04:28433938-28438690 (-)
描述Similar to QUA2: Probable pectin methyltransferase QUA2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g78240 可能参与高半乳糖醛酸的合成。
Homogalacturonan synthesis in Arabidopsis thaliana requires a Golgi-localized protein with a putative methyltransferase domain.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03086.x
The TUMOROUS SHOOT DEVELOPMENT2 gene of Arabidopsis encoding a putative methyltransferase is required for cell adhesion and co-ordinated plant development.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03123.x
The OSU1/QUA2/TSD2-encoded putative methyltransferase is a critical modulator of carbon and nitrogen nutrient balance response in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pone.0001387
At1g13860 可能的甲基转移酶 PMT4。 暂无已核实直接文献
At2g03480 可能的甲基转移酶 PMT5。 暂无已核实直接文献
At5g14430 可能的甲基转移酶 PMT9。 暂无已核实直接文献
At1g04430 可能的甲基转移酶 PMT8。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030121 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007155 cell adhesion 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0010289 homogalacturonan biosynthetic process 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048367 shoot system development 生物过程
GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04430
ath:AT1G13860
ath:AT1G78240
ath:AT2G03480
ath:AT3G23300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.721
排名 1 · TkA04G109430 · TK1151
内质网0.080
排名 2 · TkA04G109430 · TK1151
细胞膜0.074
排名 3 · TkA04G109430 · TK1151
细胞外0.066
排名 4 · TkA04G109430 · TK1151
细胞核0.047
排名 5 · TkA04G109430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141Methyltransf_29172-694 aa
PF07021MetW286-358 aa
PF13489Methyltransf_23290-412 aa
PF05175MTS291-311 aa
PF13847Methyltransf_31293-407 aa
PF13649Methyltransf_25294-386 aa
PF08241Methyltransf_11295-389 aa
PF08242Methyltransf_12295-387 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G109430PF03141Methyltransf_291726948.4e-139464.1
TkA04G109430PF07021MetW2863580.02415.0
TkA04G109430PF13489Methyltransf_232904120.0004620.7
TkA04G109430PF05175MTS2913110.03114.6
TkA04G109430PF13847Methyltransf_312934073.3e-0627.7
TkA04G109430PF13649Methyltransf_252943868.3e-0730.3
TkA04G109430PF08241Methyltransf_112953894.5e-0834.3
TkA04G109430PF08242Methyltransf_122953870.114.1
TkA04G109430PF17166DUF51265465840.07813.7
TkA04G109430PF13649Methyltransf_256026518.3e-0730.3
TkA04G109430PF13847Methyltransf_316086713.3e-0627.7
TkA04G109430PF08242Methyltransf_126146250.114.1
TkA04G109430PF13489Methyltransf_236376600.0004620.7
TkA04G109430PF08241Methyltransf_116386554.5e-0834.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C9Q8拟南芥sp|Q9C9Q8|PMTT_ARATH Probable pectin methyltransferase QUA259.600%Swiss-Prot高置信
Q8GYW9拟南芥sp|Q8GYW9|PMT4_ARATH Probable methyltransferase PMT453.700%Swiss-Prot高置信
Q3EC77拟南芥sp|Q3EC77|PMT5_ARATH Probable methyltransferase PMT556.000%Swiss-Prot高置信
Q8VZV7拟南芥sp|Q8VZV7|PMT9_ARATH Probable methyltransferase PMT935.900%Swiss-Prot中等置信
Q940J9拟南芥sp|Q940J9|PMT8_ARATH Probable methyltransferase PMT837.000%Swiss-Prot中等置信

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