基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_030121
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 108592175-108596699
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2214 bp · LXL04_030121|LXL04_030121|OH1004|cDNA
ATGACTATTATATTGTGTACATATTTGCCGGTAATCCCGGCGGCGGGTCGACATAGTGACGATGGCGGACGGTGGTTCGAGgaatttttgtttgttttcaaTTGTAGAAAAATGTCTCGGCCACTCCATCGAGGTGTTTCAGGGGGTGGAAGATTATCAGGAAACATTCAAGATTTCTTagaacaagaagaaaaagacTCTCAGATGAAAGTCAAAACAGAGAATGGAGATTCACATAAAAACCATTTATCCCCTTCACG...
CDS
下载 CDS FASTA2214 bp · LXL04_030121|LXL04_030121|OH1004|CDS
ATGACTATTATATTGTGTACATATTTGCCGGTAATCCCGGCGGCGGGTCGACATAGTGACGATGGCGGACGGTGGTTCGAGGAATTTTTGTTTGTTTTCAATTGTAGAAAAATGTCTCGGCCACTCCATCGAGGTGTTTCAGGGGGTGGAAGATTATCAGGAAACATTCAAGATTTCTTAGAACAAGAAGAAAAAGACTCTCAGATGAAAGTCAAAACAGAGAATGGAGATTCACATAAAAACCATTTATCCCCTTCACG...
737 aa · LXL04_030121|LXL04_030121|OH1004|PROTEIN
MTIILCTYLPVIPAAGRHSDDGGRWFEEFLFVFNCRKMSRPLHRGVSGGGRLSGNIQDFLEQEEKDSQMKVKTENGDSHKNHLSPSRNPFNFFNSINSSSKQTPPTNGFIVPDPFSPVTSRNRYKLTLFLLKFSLFLIIILALTGSFWWTISLTTSSRNHTFRGYRRLQEQLVSDLWDIGELSLGPSKDKESEFCLQESENYIPCFNITENLDLGLTMGYENDRHCGPTSKQNCLVLAPHSYKIPHRWPTGRDVIWIDNV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_030121 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_030121 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:108592175-108596699 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to QUA2: Probable pectin methyltransferase QUA2 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0007155 cell adhesion 生物过程 GO:0009735 response to cytokinin 生物过程 GO:0010289 homogalacturonan biosynthetic process 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0048367 shoot system development 生物过程 GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G04430 ath:AT1G13860 ath:AT1G78240 ath:AT2G03480 ath:AT3G23300 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
高尔基体0.734
细胞膜0.071
内质网0.070
细胞外0.057
细胞核0.052
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF03141.23Methyltransf_29201-727 aaPF13649.13Methyltransf_25325-417 aaPF08241.19Methyltransf_11326-420 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_030121 | PF03141.23 | Methyltransf_29 | 201 | 727 | 4e-138 | 461.9 |
| LXL04_030121 | PF13649.13 | Methyltransf_25 | 325 | 417 | 1.7e-06 | 29.3 |
| LXL04_030121 | PF08241.19 | Methyltransf_11 | 326 | 420 | 3.4e-08 | 34.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9C9Q8 | 拟南芥 | Probable pectin methyltransferase QUA2 | 63.037% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q8GYW9 | 拟南芥 | Probable methyltransferase PMT4 | 50.809% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q3EC77 | 拟南芥 | Probable methyltransferase PMT5 | 52.529% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q8H118 | 拟南芥 | Probable methyltransferase PMT1 | 36.447% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q940J9 | 拟南芥 | Probable methyltransferase PMT8 | 34.578% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |