TkA04G102120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G102120

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 26535313-26537007 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1695 bp · TkA04G102120|TK1151|cDNA

ATGAAATCGGACCCCCGCCGGATACACGCTCAAGTAATAAAAACCAACACCGCCGGCACCTCCGAGTACCGTTTCCAGCTCAACAATCTCATACCACTCTACTTCAAATCCCACTTCCTCCCCTACGCCGTTCGTCTCTTCCAACAAATCCCCTCCCCCAATGTCGTCTCATGGACAACCCTCATCTCCGGCCACTCCGACACTCCCGCCGCCCTCGACCACTTCGTCTCCATGCTCCGTCACCCCACCCTCCCCAACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1695 bp · TkA04G102120|TK1151|CDS

ATGAAATCGGACCCCCGCCGGATACACGCTCAAGTAATAAAAACCAACACCGCCGGCACCTCCGAGTACCGTTTCCAGCTCAACAATCTCATACCACTCTACTTCAAATCCCACTTCCTCCCCTACGCCGTTCGTCTCTTCCAACAAATCCCCTCCCCCAATGTCGTCTCATGGACAACCCTCATCTCCGGCCACTCCGACACTCCCGCCGCCCTCGACCACTTCGTCTCCATGCTCCGTCACCCCACCCTCCCCAACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

564 aa · TkA04G102120|TK1151|PROTEIN

MKSDPRRIHAQVIKTNTAGTSEYRFQLNNLIPLYFKSHFLPYAVRLFQQIPSPNVVSWTTLISGHSDTPAALDHFVSMLRHPTLPNQRTLATILKTCVSLSSLSFGLQLHALSIKLSLATEPFSASALINFYSKAHLPNNAQNVFDEIPQRDAVCFSSIIVGLAQNSKPIDALSYFSEMRACGFDSTDYSVSAALRASAELAALEQSRMIHAHSVINGLDSNVIVGTALVDTYGKCGMVDDARFIFNELKPILNLIGWNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G102120`
TK1151 ID	TkA04G102120
OH-1004 ID	LXL04_021986
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.454 / OH-1004 81.287 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G102120

位置 Chr04:26535313-26537007 (+)

描述 Similar to PCMP-H87: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33170`	含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。	暂无已核实直接文献
`At5g52630`	假定含五聚肽重复序列蛋白 At5g52630。	暂无已核实直接文献
`At2g03880`	含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。	暂无已核实直接文献
`At3g13770`	假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。	暂无已核实直接文献
`At1g68930`	推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021986 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G03880

ath:AT3G13770

ath:AT3G23330

ath:AT3G24000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.657

排名 1 · TkA04G102120 · TK1151

质体0.191

排名 2 · TkA04G102120 · TK1151

细胞核0.066

排名 3 · TkA04G102120 · TK1151

细胞质0.039

排名 4 · TkA04G102120 · TK1151

细胞膜0.006

排名 5 · TkA04G102120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_228-49 aa

PF01535PPR33-50 aa

PF29070MSC6_N33-93 aa

PF12854PPR_152-64 aa

PF13041PPR_253-98 aa

PF13812PPR_353-98 aa

PF01535PPR56-66 aa

PF23276TPR_2466-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G102120	`PF13041`	PPR_2	28	49	2.5e-29	101.9
TkA04G102120	`PF01535`	PPR	33	50	2.1e-30	103.5
TkA04G102120	`PF29070`	MSC6_N	33	93	1.7e-07	31.4
TkA04G102120	`PF12854`	PPR_1	52	64	3e-17	62.8
TkA04G102120	`PF13041`	PPR_2	53	98	2.5e-29	101.9
TkA04G102120	`PF13812`	PPR_3	53	98	9.6e-09	35.9
TkA04G102120	`PF01535`	PPR	56	66	2.1e-30	103.5
TkA04G102120	`PF23276`	TPR_24	66	96	1.5e-06	28.8
TkA04G102120	`PF17177`	PPR_long	90	142	0.005	17.0
TkA04G102120	`PF01535`	PPR	126	150	2.1e-30	103.5
TkA04G102120	`PF13041`	PPR_2	127	151	2.5e-29	101.9
TkA04G102120	`PF12854`	PPR_1	127	147	3e-17	62.8
TkA04G102120	`PF14559`	TPR_19	127	153	0.00072	20.5
TkA04G102120	`PF12854`	PPR_1	151	180	3e-17	62.8
TkA04G102120	`PF13041`	PPR_2	152	197	2.5e-29	101.9
TkA04G102120	`PF13812`	PPR_3	152	180	9.6e-09	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMZ2`	拟南芥	sp\|Q9SMZ2\|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33170	36.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LTF4`	拟南芥	sp\|Q9LTF4\|PP429_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g52630	37.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SI53`	拟南芥	sp\|Q9SI53\|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial	37.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LIC3`	拟南芥	sp\|Q9LIC3\|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial	34.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAA8`	拟南芥	sp\|Q9CAA8\|PP108_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g68930	38.200%	Swiss-Prot	中等置信

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