LXL04_021986 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021986

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 141903311-141905317 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2007 bp · LXL04_021986|LXL04_021986|OH1004|cDNA

ATGAAAAAACTGATCGTTCTATTCTCCCAAAATCTAATTTTTATCAATGGAGGATTCATTTCTTCAGTTAGATCGCTCACACAAATCCCTATCTCTCTCCGTCTTCTCACAACCTCTACAGCAACCCAAGTTGCCTCAACCTCTGTTCCTTCATCATCATCGGAAGAAGAATTTGATATGGCTTCACACATAATCCAAGAAAAAGATCTTCTCAAAAAATCCCCAAATGGTGGACTACGTATCCTAGACCTTATCGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2007 bp · LXL04_021986|LXL04_021986|OH1004|CDS

ATGAAAAAACTGATCGTTCTATTCTCCCAAAATCTAATTTTTATCAATGGAGGATTCATTTCTTCAGTTAGATCGCTCACACAAATCCCTATCTCTCTCCGTCTTCTCACAACCTCTACAGCAACCCAAGTTGCCTCAACCTCTGTTCCTTCATCATCATCGGAAGAAGAATTTGATATGGCTTCACACATAATCCAAGAAAAAGATCTTCTCAAAAAATCCCCAAATGGTGGACTACGTATCCTAGACCTTATCGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

668 aa · LXL04_021986|LXL04_021986|OH1004|PROTEIN

MKKLIVLFSQNLIFINGGFISSVRSLTQIPISLRLLTTSTATQVASTSVPSSSSEEEFDMASHIIQEKDLLKKSPNGGLRILDLIDHGYLEPDAKLYNQLLNKCTQLGRIKEGKLVHTHFMNSKFSHYLVIQNTILNMYAKCDCLDNAREVFDKMPVKDMVTWTAIITGYSQNDKPEDAILLFPQMLRLNFKPNEFTFSSLLKAAGSRTNEREGEQIYGYCLKYGYDSNVFVGSALVDMYSRYEKMSEAHFLFNQLQDKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021986`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021986

位置 Chr04:141903311-141905317 (-)

描述 Similar to PCMP-H87: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24000`	含五螺旋重复的线粒体蛋白 At3g24000。	暂无已核实直接文献
`At2g03880`	含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。	暂无已核实直接文献
`At3g13770`	假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。	暂无已核实直接文献
`At3g23330`	推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。	暂无已核实直接文献
`At1g11290`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021986 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G03880

ath:AT3G13770

ath:AT3G23330

ath:AT3G24000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.692

排名 1 · LXL04_021986 · OH-1004

质体0.215

排名 2 · LXL04_021986 · OH-1004

细胞核0.043

排名 3 · LXL04_021986 · OH-1004

细胞质0.032

排名 4 · LXL04_021986 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_021986 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2159-204 aa

PF01535.27PPR161-190 aa

PF17177.11PPR_long234-353 aa

PF13041.13PPR_2260-307 aa

PF23276.3TPR_24260-356 aa

PF01535.27PPR262-292 aa

PF13812.13PPR_3262-306 aa

PF13812.13PPR_3357-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021986	`PF13041.13`	PPR_2	159	204	1.6e-58	195.3
LXL04_021986	`PF01535.27`	PPR	161	190	1.2e-56	185.8
LXL04_021986	`PF17177.11`	PPR_long	234	353	5.8e-14	52.7
LXL04_021986	`PF13041.13`	PPR_2	260	307	1.6e-58	195.3
LXL04_021986	`PF23276.3`	TPR_24	260	356	4.2e-11	43.6
LXL04_021986	`PF01535.27`	PPR	262	292	1.2e-56	185.8
LXL04_021986	`PF13812.13`	PPR_3	262	306	2e-26	92.6
LXL04_021986	`PF13812.13`	PPR_3	357	407	2e-26	92.6
LXL04_021986	`PF13041.13`	PPR_2	360	408	1.6e-58	195.3
LXL04_021986	`PF20431.5`	E_motif	478	540	1.1e-20	74.4
LXL04_021986	`PF14432.13`	DYW_deaminase	576	668	5.1e-38	129.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIQ7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial	57.829%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SI53`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial	40.609%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LIC3`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial	39.898%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LW63`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330	38.989%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E6Q1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic	41.105%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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