TkA04G019760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G019760

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4941061-4941984 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

924 bp · TkA04G019760|TK1151|cDNA

ATGCTTAGGCTCTTCTCCTTCGATCCGATATCTTCTAAATGGATTACTGTCGATCCTCCACCACTGCCACCCTTTATCCACCGTGTTTCCCTACGTCATCCATCGTTCATATCCAGATATTTACCAGTTCAATCGCTCTCAGTCTCCGGCAAGCTCGTCCTCATCGCCGGAACCTCCGGAGACCTTCTCCCAGCCCTCACACATCCTCTCGTATTCGATCCAGTATCCAACGCTTGGTCTGCCGGCCCTCCAATCTCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

924 bp · TkA04G019760|TK1151|CDS

ATGCTTAGGCTCTTCTCCTTCGATCCGATATCTTCTAAATGGATTACTGTCGATCCTCCACCACTGCCACCCTTTATCCACCGTGTTTCCCTACGTCATCCATCGTTCATATCCAGATATTTACCAGTTCAATCGCTCTCAGTCTCCGGCAAGCTCGTCCTCATCGCCGGAACCTCCGGAGACCTTCTCCCAGCCCTCACACATCCTCTCGTATTCGATCCAGTATCCAACGCTTGGTCTGCCGGCCCTCCAATCTCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

307 aa · TkA04G019760|TK1151|PROTEIN

MLRLFSFDPISSKWITVDPPPLPPFIHRVSLRHPSFISRYLPVQSLSVSGKLVLIAGTSGDLLPALTHPLVFDPVSNAWSAGPPISTPRRWCAVGASRGTVVVASGIGSHYTQTVARSVEKWVLKKTESLHKKRIETDEVWEKMRSLRYSKLCREAIDAVGWRGKLCMVNVKGDCAKEGFVYDVDSDEWAAMAEGMLGGWRGPATAMDEETIYMVDQSRGVLRKYNEDRDDWSDIVTDERLKGAEYIVAGGGKVCVVCEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G019760`
TK1151 ID	TkA04G019760
OH-1004 ID	LXL04_036870
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 77.136 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G019760

位置 Chr04:4941061-4941984 (-)

描述 Similar to SKIP25: F-box/kelch-repeat protein SKIP25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31350`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036870 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31350

ath:AT1G55270

ath:AT2G24540

ath:AT4G39590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.853

排名 1 · TkA04G019760 · TK1151

细胞质0.189

排名 2 · TkA04G019760 · TK1151

细胞膜0.034

排名 3 · TkA04G019760 · TK1151

内质网0.031

排名 4 · TkA04G019760 · TK1151

质体0.018

排名 5 · TkA04G019760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01344Kelch_15-19 aa

PF07646Kelch_27-21 aa

PF07893DUF166821-197 aa

PF07646Kelch_242-85 aa

PF13964Beta-prop_Calicin44-132 aa

PF01344Kelch_146-84 aa

PF25210Kelch_FKB9571-260 aa

PF01344Kelch_192-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G019760	`PF01344`	Kelch_1	5	19	4.4e-06	26.8
TkA04G019760	`PF07646`	Kelch_2	7	21	0.051	14.3
TkA04G019760	`PF07893`	DUF1668	21	197	0.036	14.2
TkA04G019760	`PF07646`	Kelch_2	42	85	0.051	14.3
TkA04G019760	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	44	132	1.2e-05	25.2
TkA04G019760	`PF01344`	Kelch_1	46	84	4.4e-06	26.8
TkA04G019760	`PF25210`	Kelch_FKB95	71	260	1.4e-05	25.6
TkA04G019760	`PF01344`	Kelch_1	92	123	4.4e-06	26.8
TkA04G019760	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	174	258	1.2e-05	25.2
TkA04G019760	`PF01344`	Kelch_1	177	193	4.4e-06	26.8
TkA04G019760	`PF07646`	Kelch_2	180	189	0.051	14.3
TkA04G019760	`PF01344`	Kelch_1	198	204	4.4e-06	26.8
TkA04G019760	`PF07646`	Kelch_2	217	234	0.051	14.3
TkA04G019760	`PF07646`	Kelch_2	248	257	0.051	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GX29`	拟南芥	sp\|Q8GX29\|SKI25_ARATH F-box/kelch-repeat protein SKIP25	50.700%	Swiss-Prot	高置信

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