TkA04G011070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G011070

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2668193-2670749 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

813 bp · TkA04G011070|TK1151|cDNA

GTAAAGGTTGCTCCAAAGAGGTGGAGATTGGAGATTAATTTTAGCCAAGATGCGGTGTTGATGCTTTCTTCAATGAATCTGCCTGATGGCATCCAGAGGCGAAGAACCGCAGTTGATGAGCTTAATATGCGTACCATTTTTGAAGAGAATGATGTCATCTGTGCCGAAGTTCGTGATTTTATGCGTGATGGGAGTCTACAACTGCAAGCAAGGAGCCAAAACTAGAACGTGGACAAATGCTAACAATATCTCCATACCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

978 bp · TkA04G011070|TK1151|CDS

ATGAGAGGTATTGAGCTGCCATTGAATCAAACGCAGAAAATAAGGCTGCAAAGAGCACTCGAACTACTGGACTCACTGTCTTCGGGAACCAATTCTAATGCTTCCGTCACCGTCGCCGATTCTATTCCGGTTAATCAAGAAGATGGCGTTCTTAAGGGTCATGGCACGACAGAGCTCGAGGGTGAAGTTGTGGCAACCGTGTGTGGAGTAATCGAACGTGTAAATAAATTGGTCTATGTTCGCACTTTGAGAGCCAGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

325 aa · TkA04G011070|TK1151|PROTEIN

MRGIELPLNQTQKIRLQRALELLDSLSSGTNSNASVTVADSIPVNQEDGVLKGHGTTELEGEVVATVCGVIERVNKLVYVRTLRARYKPEVGDIIVGRVLEVAPKRWRLEINFSQDAVLMLSSMNLPDGIQRRRTAVDELNMRTIFEENDVICAEVRDFMRDGSLQLQARSQKYGKLERGQMLTISPYLVKRRKQHFHHLEQYNIDLILGCNGFIWVGEHVETKDNNMVEDDPIKPIKPQIPIGLEEQEETYTPLETRQN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G011070`
TK1151 ID	TkA04G011070
OH-1004 ID	LXL04_037008
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.077 / OH-1004 36.261 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G011070

位置 Chr04:2668193-2670749 (-)

描述 Similar to MTERF4: Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03360`	RNA外切体复合物的非催化组分；该复合物具有3′→5′核糖核酸外切酶活性，参与多种细胞RNA的加工、成熟和降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:0034475 U4 snRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0042794 plastid rRNA transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03360

ath:AT4G02990

dosa:Os05g0404000

spo:2541813

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.630

排名 1 · TkA04G011070 · TK1151

细胞质0.434

排名 2 · TkA04G011070 · TK1151

线粒体0.032

排名 3 · TkA04G011070 · TK1151

细胞膜0.024

排名 4 · TkA04G011070 · TK1151

溶酶体／液泡0.021

排名 5 · TkA04G011070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14382ECR1_N48-74 aa

PF21266S1_RRP486-157 aa

PF21262RRP40_S187-137 aa

PF15985KH_6180-221 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G011070	`PF14382`	ECR1_N	48	74	8.3e-05	23.0
TkA04G011070	`PF21266`	S1_RRP4	86	157	5.7e-35	120.1
TkA04G011070	`PF21262`	RRP40_S1	87	137	0.028	15.0
TkA04G011070	`PF15985`	KH_6	180	221	6.5e-13	49.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVT7`	拟南芥	sp\|Q9ZVT7\|RRP4_ARATH Exosome complex component RRP4 homolog	67.700%	Swiss-Prot	高置信

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