LXL04_037008 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037008

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 51604418-51610715 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2667 bp · LXL04_037008|LXL04_037008|OH1004|cDNA

ATGAGAGGTATTGAGCTGCCATTGAATCAAACGCAGAAAATAAGGCTGCAAAGAGCACTCGAACTACTGGACTCACTGTCTTCGGGAACCAATTCTAATGCTTCCGTCACCGTCGCCGATTCTATTCCGGTTAATCAAGAAGATGGCGTTCTTAAGGGTCATGGCACGACAGAGCTCGAGGGTGAAGTTGTGGCAACCGTGTGTGGAGTAATCGAACGTGTAAATAAATTGGTCTATGTTCGCACTTTGAGAGCCAGGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2667 bp · LXL04_037008|LXL04_037008|OH1004|CDS

ATGAGAGGTATTGAGCTGCCATTGAATCAAACGCAGAAAATAAGGCTGCAAAGAGCACTCGAACTACTGGACTCACTGTCTTCGGGAACCAATTCTAATGCTTCCGTCACCGTCGCCGATTCTATTCCGGTTAATCAAGAAGATGGCGTTCTTAAGGGTCATGGCACGACAGAGCTCGAGGGTGAAGTTGTGGCAACCGTGTGTGGAGTAATCGAACGTGTAAATAAATTGGTCTATGTTCGCACTTTGAGAGCCAGGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

888 aa · LXL04_037008|LXL04_037008|OH1004|PROTEIN

MRGIELPLNQTQKIRLQRALELLDSLSSGTNSNASVTVADSIPVNQEDGVLKGHGTTELEGEVVATVCGVIERVNKLVYVRTLRARYKPEVGDIIVGRVLEVAPKRWRLEINFSQDAVLMLSSMNLPDGIQRRRTAVDELNMRTIFEENDVICAEVRDFMRDGSLQLQARSQKYGKLERGQMLTISPYLVKRRKQHFHHLEQYNIDLILGCNGFIWVGEHVETKDNNMVEDDPIKPIKPQIPIGLEEQEETYTPLETRQN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037008`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037008

位置 Chr08:51604418-51610715 (+)

描述 Similar to MTERF4: Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02990`	质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。	暂无已核实直接文献
`At1g03360`	RNA外切体复合物的非催化组分；该复合物具有3′→5′核糖核酸外切酶活性，参与多种细胞RNA的加工、成熟和降解。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0404000`	质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:0034475 U4 snRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0042794 plastid rRNA transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03360

ath:AT4G02990

dosa:Os05g0404000

spo:2541813

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.901

排名 1 · LXL04_037008 · OH-1004

线粒体0.080

排名 2 · LXL04_037008 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_037008 · OH-1004

细胞质0.032

排名 4 · LXL04_037008 · OH-1004

过氧化物酶体0.016

排名 5 · LXL04_037008 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21266.4S1_RRP486-157 aa

PF15985.12KH_6180-221 aa

PF02536.20mTERF535-843 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037008	`PF21266.4`	S1_RRP4	86	157	2.7e-34	117.9
LXL04_037008	`PF15985.12`	KH_6	180	221	1.6e-12	48.2
LXL04_037008	`PF02536.20`	mTERF	535	843	1e-110	370.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT96`	拟南芥	Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic	64.423%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZVT7`	拟南芥	Exosome complex component RRP4 homolog	67.823%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6AUK6`	水稻	Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic	65.783%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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