TkA03G555810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G555810

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140709001-140715291 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5052 bp · TkA03G555810|TK1151|cDNA

AAATGTTAACCCAAATCTAAACACGCTAGGATTCGAGCCTCACCACCGCCTTCTCAACGCCCCACTGCACTACTACTATCAGGGGTTGAGTAGGGTTTCACATTTGTATTTCAGAAATTCTTTCCGAAAGAACTCCATTCAAACCCTCCTTCAAAATCATCCAATTTGAAGTTCATGCCCTAATAGGAATTCTTGCACATTTTGTAGGCAGAATTAGCAGCAATATCTCAAATTGTCGATCCAGTAAAGCCGACCAATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4551 bp · TkA03G555810|TK1151|CDS

ATGACGAAAGTATACGGAACTGGAGTGTTCGACTTCAGGCGCCACCGTGTTGCGGAGTATCCCGTTACCGACGGTGGTCCCGACCAACCTGTTCCAGAAAGGCCGCCGGAATCAAAACCAGGTACCAATCTGCCAAGCTCGATGACCCTTGTTGAAATACAGCGGGACCGGCTCACTAAGATTGCGGATGCGAACTGGTCAAAAGCGGCATCAGACAACGAGAAACCTCCGTTTAGTGCGGAGCTGGTAAAGGAGATTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1516 aa · TkA03G555810|TK1151|PROTEIN

MTKVYGTGVFDFRRHRVAEYPVTDGGPDQPVPERPPESKPGTNLPSSMTLVEIQRDRLTKIADANWSKAASDNEKPPFSAELVKEIYETELLVKEDKTGRMRRTVPLQRVMILEVSQYLENYLWPNFDPEKSSFEHVMSMILMINEKFRENVAAWICFYDRKDTFKAFLERVLCLKEGRTLSIAEKTNYLLFMINAFQSLEDDIVSKKVMRLASLHCWHSLSFGRFQMELCLNPDLIKKWKRIAKKAKEAKKRGESFDMS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G555810`
TK1151 ID	TkA03G555810
OH-1004 ID	LXL04_010929
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G555810`
位置	Chr03:140709001-140715291 (-)
描述	Similar to AQR: RNA helicase aquarius
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010929` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0002218 activation of innate immune response 生物过程 GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0045071 negative regulation of viral genome replication 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0051607 defense response to virus 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:57169 hsa:9716 mmu:11834 mmu:98999 spo:2541124 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.647

排名 1 · TkA03G555810 · TK1151

细胞质0.343

排名 2 · TkA03G555810 · TK1151

线粒体0.058

排名 3 · TkA03G555810 · TK1151

细胞膜0.039

排名 4 · TkA03G555810 · TK1151

内质网0.030

排名 5 · TkA03G555810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16399Aquarius_N_1st58-473 aa

PF21144Aquarius_N_3rd66-103 aa

PF21143Aquarius_N_2nd278-295 aa

PF00580UvrD-helicase423-455 aa

PF21143Aquarius_N_2nd556-724 aa

PF13087AAA_12599-610 aa

PF21144Aquarius_N_3rd774-870 aa

PF13245AAA_19884-945 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G555810	`PF16399`	Aquarius_N_1st	58	473	3.9e-133	445.0
TkA03G555810	`PF21144`	Aquarius_N_3rd	66	103	6.9e-21	75.5
TkA03G555810	`PF21143`	Aquarius_N_2nd	278	295	3.1e-54	183.9
TkA03G555810	`PF00580`	UvrD-helicase	423	455	0.0064	16.9
TkA03G555810	`PF21143`	Aquarius_N_2nd	556	724	3.1e-54	183.9
TkA03G555810	`PF13087`	AAA_12	599	610	6.2e-25	88.6
TkA03G555810	`PF21144`	Aquarius_N_3rd	774	870	6.9e-21	75.5
TkA03G555810	`PF13245`	AAA_19	884	945	5.3e-08	33.8
TkA03G555810	`PF13086`	AAA_11	891	1182	3.7e-28	99.7
TkA03G555810	`PF13191`	AAA_16	891	949	0.068	14.4
TkA03G555810	`PF13401`	AAA_22	892	943	0.015	16.3
TkA03G555810	`PF13604`	AAA_30	893	941	0.00033	21.2
TkA03G555810	`PF00580`	UvrD-helicase	893	944	0.0064	16.9
TkA03G555810	`PF04851`	ResIII	895	942	0.0079	16.8
TkA03G555810	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	895	947	0.018	15.1
TkA03G555810	`PF00004`	AAA	896	943	0.048	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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