LXL04_010929 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010929

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 155261365-155267195 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4597 bp · LXL04_010929|LXL04_010929|OH1004|cDNA

ATGACGAAAGTATACGGAACTGGAGTGTTCGACTTCAGGCGCCACCGTGTTGCGGAGTATCCCGTTACCGACGGTGGTCCCGACCAACCTGTTCCAGAAAGGCCGCCGGAATCAAAACCAGGTACCAATCTGCCAAGCTCGATGACCCTTGTTGAAATACAGCGGGACCGGCTCACTAAGATTGCGGATGCGAACTGGTCAAAAGCGGCATCAGACAACGAGAAACCTCCGTTTAGTGCGGAGCTGGTAAAGGAGATTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

4560 bp · LXL04_010929|LXL04_010929|OH1004|CDS

ATGACGAAAGTATACGGAACTGGAGTGTTCGACTTCAGGCGCCACCGTGTTGCGGAGTATCCCGTTACCGACGGTGGTCCCGACCAACCTGTTCCAGAAAGGCCGCCGGAATCAAAACCAGGTACCAATCTGCCAAGCTCGATGACCCTTGTTGAAATACAGCGGGACCGGCTCACTAAGATTGCGGATGCGAACTGGTCAAAAGCGGCATCAGACAACGAGAAACCTCCGTTTAGTGCGGAGCTGGTAAAGGAGATTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1519 aa · LXL04_010929|LXL04_010929|OH1004|PROTEIN

MTKVYGTGVFDFRRHRVAEYPVTDGGPDQPVPERPPESKPGTNLPSSMTLVEIQRDRLTKIADANWSKAASDNEKPPFSAELVKEIYETELLVKEDKTGRMRRTVPLQRVMILEVSQYLENYLWPNFDPEKSSFEHVMSMILMINEKFRENVAAWICFYDRKDTFKAFLERVLCLKEGRTLSIAEKTNYLLFMINAFQSLEDDIVSKKVMRLASLHCWHSLSFGRFQMELCLNPDLIKKWKRIAKKAKEAKKRGESFDMS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010929`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_010929`
位置	Chr02:155261365-155267195 (-)
描述	Similar to AQR: RNA helicase aquarius
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010929` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0002218 activation of innate immune response 生物过程 GO:0031048 regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0045071 negative regulation of viral genome replication 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0051607 defense response to virus 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:57169 hsa:9716 mmu:11834 mmu:98999 spo:2541124 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.641

排名 1 · LXL04_010929 · OH-1004

细胞质0.349

排名 2 · LXL04_010929 · OH-1004

线粒体0.059

排名 3 · LXL04_010929 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 4 · LXL04_010929 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_010929 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16399.12Aquarius_N_1st58-473 aa

PF21143.4Aquarius_N_2nd556-724 aa

PF21144.3Aquarius_N_3rd774-870 aa

PF13245.13AAA_19884-945 aa

PF13086.13AAA_11891-1182 aa

PF13087.13AAA_121191-1382 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010929	`PF16399.12`	Aquarius_N_1st	58	473	4.6e-133	444.8
LXL04_010929	`PF21143.4`	Aquarius_N_2nd	556	724	3.1e-54	183.9
LXL04_010929	`PF21144.3`	Aquarius_N_3rd	774	870	8e-21	75.3
LXL04_010929	`PF13245.13`	AAA_19	884	945	5.3e-08	33.8
LXL04_010929	`PF13086.13`	AAA_11	891	1182	3.7e-28	99.7
LXL04_010929	`PF13087.13`	AAA_12	1191	1382	7e-25	88.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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