TkA03G449900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G449900

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 112249525-112259082 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1674 bp · TkA03G449900|TK1151|cDNA

ATGTTGGTCACGGTTGGCACCTCTTTTCGGTCCAAGCCACCACTCCGAGACTTGTTGGTCACGGCTACGTTGGTCACGGTTGACACCCCTCTTTTCGGGTCCAAGCCACCACTCCAAGTGTTGGAACCTCGAAAGGTGGGGATTACTCTAATACCAATTGATACGAACTCATCCCATACTAGTGGTTCCGTCGGTCCTGGTGATCTCGTGACTTCGGATGGTGTGAACTTGCTGGCTAGCGGGTTGAGATGTCAGCCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1674 bp · TkA03G449900|TK1151|CDS

ATGTTGGTCACGGTTGGCACCTCTTTTCGGTCCAAGCCACCACTCCGAGACTTGTTGGTCACGGCTACGTTGGTCACGGTTGACACCCCTCTTTTCGGGTCCAAGCCACCACTCCAAGTGTTGGAACCTCGAAAGGTGGGGATTACTCTAATACCAATTGATACGAACTCATCCCATACTAGTGGTTCCGTCGGTCCTGGTGATCTCGTGACTTCGGATGGTGTGAACTTGCTGGCTAGCGGGTTGAGATGTCAGCCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

557 aa · TkA03G449900|TK1151|PROTEIN

MLVTVGTSFRSKPPLRDLLVTATLVTVDTPLFGSKPPLQVLEPRKVGITLIPIDTNSSHTSGSVGPGDLVTSDGVNLLASGLRCQPAEPDEDGVVILANSPPAKPRFAISFLTFDLSRAHEPTPQIVFFFLRTRSGHLSWSAGHVLPPPILHFAMRSQPKMRKLEGRKRKPAELKCSPAKLLKNGTVTSLTVNDPYPNHPRPTSEECRAVRDDLLAFHGFPKQFLKYREQRLKLLPNADECGSTTSPQPEPAVSSKESVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G449900`
TK1151 ID	TkA03G449900
OH-1004 ID	LXL04_009589
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.102 / OH-1004 97.653 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G449900

位置 Chr03:112249525-112259082 (-)

描述 Similar to At3g47830: Putative DNA glycosylase At3g47830

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47830`	推定 DNA 糖苷酶 At3g47830。	暂无已核实直接文献
`At1g10480`	可能的转录因子，赤霉素（GA）诱导的花序表皮毛起始形成所必需。	Zinc finger protein5 is required for the control of trichome initiation by acting upstream of zinc finger protein8 in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180281 ZFP5 encodes a functionally equivalent GIS protein to control trichome initiation.2012 · DOI: 10.4161/psb.7.1.18404 A zinc finger protein gene ZFP5 integrates phytohormone signaling to control root hair development in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05094.x
`At1g67030`	花序毛状体响应赤霉素和细胞分裂素启动所需的可能转录因子。	Zinc Finger Protein 6 (ZFP6) regulates trichome initiation by integrating gibberellin and cytokinin signaling in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/nph.12211 The Arabidopsis ZINC FINGER PROTEIN3 Interferes with Abscisic Acid and Light Signaling in Seed Germination and Plant Development.2014 · DOI: 10.1104/pp.113.234294
`At1g68360`	花序毛状体响应赤霉素和细胞分裂素启动所需的可能转录因子。	GLABROUS INFLORESCENCE STEMS3 (GIS3) regulates trichome initiation and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/nph.13218
`At5g06650`	花序毛状体响应赤霉素和细胞分裂素启动所需的可能转录因子。	Integration of cytokinin and gibberellin signalling by Arabidopsis transcription factors GIS, ZFP8 and GIS2 in the regulation of epidermal cell fate.2007 · DOI: 10.1242/dev.005017

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006285 base-excision repair, AP site formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0141166 chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation pathway 生物过程

GO:0141169 chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, direct 5-methylcytosine excision pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36490

ath:AT3G47830

dosa:Os01g0217900

dosa:Os05g0445900

osa:9271145

sai:Saci_1497

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.692

排名 1 · TkA03G449900 · TK1151

细胞质0.229

排名 2 · TkA03G449900 · TK1151

线粒体0.081

排名 3 · TkA03G449900 · TK1151

质体0.050

排名 4 · TkA03G449900 · TK1151

细胞膜0.034

排名 5 · TkA03G449900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00730HhH-GPD264-407 aa

PF13912zf-C2H2_6279-286 aa

PF24921RING_XB3-XBAT31424-459 aa

PF13465zf-H2C2_2425-429 aa

PF13894zf-C2H2_4425-431 aa

PF13465zf-H2C2_2443-461 aa

PF13894zf-C2H2_4451-473 aa

PF13912zf-C2H2_6451-476 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G449900	`PF00730`	HhH-GPD	264	407	1.1e-11	45.7
TkA03G449900	`PF13912`	zf-C2H2_6	279	286	3.8	8.3
TkA03G449900	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	424	459	0.21	12.4
TkA03G449900	`PF13465`	zf-H2C2_2	425	429	0.0023	18.9
TkA03G449900	`PF13894`	zf-C2H2_4	425	431	0.0057	18.0
TkA03G449900	`PF13465`	zf-H2C2_2	443	461	0.0023	18.9
TkA03G449900	`PF13894`	zf-C2H2_4	451	473	0.0057	18.0
TkA03G449900	`PF13912`	zf-C2H2_6	451	476	3.8	8.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JCQ3`	拟南芥	sp\|F4JCQ3\|DG783_ARATH Putative DNA glycosylase At3g47830	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q39264`	拟南芥	sp\|Q39264\|ZFP5_ARATH Zinc finger protein 5	34.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q39265`	拟南芥	sp\|Q39265\|ZFP6_ARATH Zinc finger protein 6	48.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C9H1`	拟南芥	sp\|Q9C9H1\|GIS3_ARATH Zinc finger protein GIS3	63.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FG05`	拟南芥	sp\|Q9FG05\|GIS2_ARATH Zinc finger protein GIS2	39.500%	Swiss-Prot	中等置信

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