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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA03G395080
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 98125692-98129013 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

2654 bp · TkA03G395080|TK1151|cDNA

TTATTACAAACCACAATTTATTGTCAAATTACAGGTGTTGTGAAGTTGGATGGCCACGATATAAGGACATTGCAAGTGAAATGGCTAAGAAGTCAAATGAGCATGGTGGGTCAAGAACCTGTTCTATTTGCAAACACAATTCTAGAAAACATTATGATGGGAAAAGAGAATGCCACCAAGAAAGAGGCTATCACAGCTTGTATTGCATCAAATGCCCACAAATTCATAACTAATTTACCAGAAGGTTATGACACACAAGT...

1968 bp · TkA03G395080|TK1151|CDS

GAAGAGTCTATTCCCGTTGGAAAAAAACTAGGTTTTGCAAAAGGTATCGGGATTGGTGTTATATATTTGGTTACATATTCCACATGGGCATTGGCTTTTTGGTACGGATCAATCTTGGTTTCAAAACATGAGTTGTCTGGTGGGTCCGCCATTGCGTGCTTCTTTGGTGTCAATGTTGGTGGCAGGGGTTTGGCTTTATCACTATCTTATTATGCTCAATTTGCTCAAGGGACTGTGGCTGCTAGTAGAGTGTTTGAAGT...

655 aa · TkA03G395080|TK1151|PROTEIN

EESIPVGKKLGFAKGIGIGVIYLVTYSTWALAFWYGSILVSKHELSGGSAIACFFGVNVGGRGLALSLSYYAQFAQGTVAASRVFEVIDRIPAIDPYSSMGRKLSGGHGKIEFKNVSFSYPSRPTIPILNSLNLVIPSQKTLALVGASGAGKSTVFALLERFYDPNDGVVKLDGHDIRTLQVKWLRSQMSMVGQEPVLFANTILENIMMGKENATKKEAITACIASNAHKFITNLPEGYDTQVGDRGTQLSGGQKQRIAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G395080
TK1151 IDTkA03G395080
OH-1004 IDLXL04_009047
关系 / 置信度序列支持,注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.389 / OH-1004 44.559
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G395080
位置Chr03:98125692-98129013 (-)
描述Similar to ABCB19: ABC transporter B family member 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g28860 可能参与油菜素甾醇的输出及相关信号转导。
At2g36910 可能参与油菜素甾醇的输出及相关信号转导。
At1g28010 ABC 转运蛋白 B 家族成员 14。 暂无已核实直接文献
At1g27940 ABC 转运蛋白 B 家族成员 13。 暂无已核实直接文献
At3g62150 ABC 转运蛋白 B 家族成员 21。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0190300 推测的多药耐药蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_009047 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0008361 regulation of cell size 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009926 auxin polar transport 生物过程
GO:0009958 positive gravitropism 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G36910
ath:AT3G28860
ath:AT4G25960
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞膜0.492
排名 1 · TkA03G395080 · TK1151
溶酶体/液泡0.238
排名 2 · TkA03G395080 · TK1151
内质网0.136
排名 3 · TkA03G395080 · TK1151
细胞质0.117
排名 4 · TkA03G395080 · TK1151
高尔基体0.075
排名 5 · TkA03G395080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane7-58 aa
PF13858DUF41999-36 aa
PF00005ABC_tran129-278 aa
PF03193RsgA_GTPase136-159 aa
PF02463SMC_N139-157 aa
PF13401AAA_22139-176 aa
PF13555AAA_29139-156 aa
PF09818ABC_ATPase140-161 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G395080PF00664ABC_membrane7583.3e-47162.2
TkA03G395080PF13858DUF41999362.19.4
TkA03G395080PF00005ABC_tran1292784.9e-33115.4
TkA03G395080PF03193RsgA_GTPase1361590.1113.0
TkA03G395080PF02463SMC_N1391572.2e-0834.5
TkA03G395080PF13401AAA_221391760.01216.6
TkA03G395080PF13555AAA_291391560.05514.0
TkA03G395080PF09818ABC_ATPase1401610.0005919.7
TkA03G395080PF13175AAA_151411800.02315.0
TkA03G395080PF01583APS_kinase1411790.07213.8
TkA03G395080PF13304AAA_211431671.2e-0629.5
TkA03G395080PF06414Zeta_toxin1431800.0001222.3
TkA03G395080PF13858DUF41991882102.19.4
TkA03G395080PF02463SMC_N1943212.2e-0834.5
TkA03G395080PF09818ABC_ATPase2252810.0005919.7
TkA03G395080PF13304AAA_212492971.2e-0629.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LJX0拟南芥sp|Q9LJX0|AB19B_ARATH ABC transporter B family member 1941.700%Swiss-Prot中等置信
Q9ZR72拟南芥sp|Q9ZR72|AB1B_ARATH ABC transporter B family member 140.700%Swiss-Prot中等置信
Q9C7F2拟南芥sp|Q9C7F2|AB14B_ARATH ABC transporter B family member 1440.500%Swiss-Prot中等置信
Q9C7F8拟南芥sp|Q9C7F8|AB13B_ARATH ABC transporter B family member 1340.100%Swiss-Prot中等置信
Q9M1Q9拟南芥sp|Q9M1Q9|AB21B_ARATH ABC transporter B family member 2137.600%Swiss-Prot中等置信
Q6YUU5水稻sp|Q6YUU5|MDR_ORYSJ Putative multidrug resistance protein43.100%Swiss-Prot中等置信

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