LXL04_009047 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009047

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 116922495-116927694 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4386 bp · LXL04_009047|LXL04_009047|OH1004|cDNA

ATGGCTGAATCCTCCTTCGAGATGGAGTTATCCGCCACTGACCACCGCCGGCGGCCTCGCCACACAACTCCACCACTGCTGCACCAATCACCAGCCTTCTCATTTTCCAGCTCCCACGCCTCTCCACACCCTCTGACTCGTAGAACCCGAGGTACACGTGTCCCACCCACCACCCCTTTTGCCTCCGACACCGACAGGTCATGGCAAGCTGAACTCTCGTGGCAGTATGAGCCCACCGGCTTCCAAGACAACAGCGCCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

4386 bp · LXL04_009047|LXL04_009047|OH1004|CDS

ATGGCTGAATCCTCCTTCGAGATGGAGTTATCCGCCACTGACCACCGCCGGCGGCCTCGCCACACAACTCCACCACTGCTGCACCAATCACCAGCCTTCTCATTTTCCAGCTCCCACGCCTCTCCACACCCTCTGACTCGTAGAACCCGAGGTACACGTGTCCCACCCACCACCCCTTTTGCCTCCGACACCGACAGGTCATGGCAAGCTGAACTCTCGTGGCAGTATGAGCCCACCGGCTTCCAAGACAACAGCGCCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1461 aa · LXL04_009047|LXL04_009047|OH1004|PROTEIN

MAESSFEMELSATDHRRRPRHTTPPLLHQSPAFSFSSSHASPHPLTRRTRGTRVPPTTPFASDTDRSWQAELSWQYEPTGFQDNSASNLGAALTPWAEPTHSVVSTPGSRVFRRSANDYFLSRNSAAGGGGGGGGGNFRSFTNPSYDRSGNSHFPDRIELQSYVANRNNPQSTLTKTATFADMVTNTERKKGYLDIEFSPTDSHKMSTPSKSYIQEVDFDDEDDDDDDDEDEPVPPKPIGVFGLFKYSTKLDIFLVIIGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009047`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009047

位置 Chr02:116922495-116927694 (-)

描述 Similar to ABCB19: ABC transporter B family member 19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28860`	可能参与油菜素甾醇的输出及相关信号转导。	TWISTED DWARF1, a unique plasma membrane-anchored immunophilin-like protein, interacts with Arabidopsis multidrug resistance-like transporters AtPGP1 and AtPGP19.2003 · DOI: 10.1091/mbc.e02-10-0698 Connective auxin transport contributes to strigolactone-mediated shoot branching control independent of the transcription factor BRC1.2019 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1008023 An ATP-Binding Cassette Transporter, ABCB19, Regulates Leaf Position and Morphology during Phototropin1-Mediated Blue Light Responses.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00223 Arabidopsis TWISTED DWARF1 regulates stamen elongation by differential activation of ABCB1,19-mediated auxin transport.2022 · DOI: 10.1093/jxb/erac185 Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260 Structure and function of the <i>Arabidopsis</i> ABC transporter ABCB19 in brassinosteroid export.2024 · DOI: 10.1126/science.adj4591 ABCB19 transporter: fostering brassinosteroid transport through membrane flexibility.2024 · DOI: 10.1016/j.tplants.2024.06.005 Structural insights into brassinosteroid export mediated by the Arabidopsis ABC transporter ABCB1.2025 · DOI: 10.1016/j.xplc.2024.101181 Quantitative analysis of the root posture of Arabidopsis thaliana mutants with wavy roots.2024 · DOI: 10.1017/qpb.2024.12
`At2g36910`	可能参与油菜素甾醇的输出及相关信号转导。	Arabidopsis TWISTED DWARF1 regulates stamen elongation by differential activation of ABCB1,19-mediated auxin transport.2022 · DOI: 10.1093/jxb/erac185 Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260 Structure and function of the <i>Arabidopsis</i> ABC transporter ABCB19 in brassinosteroid export.2024 · DOI: 10.1126/science.adj4591 Structural insights into brassinosteroid export mediated by the Arabidopsis ABC transporter ABCB1.2025 · DOI: 10.1016/j.xplc.2024.101181
`At4g25960`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 2。	暂无已核实直接文献
`At1g02520`	参与雌蕊伸长所需的生长素运输的调节。	Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260
`At1g10680`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 10。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009047 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36910

ath:AT3G28860

ath:AT4G25960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.547

排名 1 · LXL04_009047 · OH-1004

溶酶体／液泡0.201

排名 2 · LXL04_009047 · OH-1004

内质网0.121

排名 3 · LXL04_009047 · OH-1004

细胞质0.099

排名 4 · LXL04_009047 · OH-1004

高尔基体0.065

排名 5 · LXL04_009047 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane257-526 aa

PF00005.34ABC_tran597-746 aa

PF02463.26SMC_N637-789 aa

PF00664.29ABC_membrane895-1166 aa

PF00005.34ABC_tran1233-1381 aa

PF02463.26SMC_N1322-1425 aa

PF09818.16ABC_ATPase1328-1423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009047	`PF00664.29`	ABC_membrane	257	526	1.6e-106	356.7
LXL04_009047	`PF00005.34`	ABC_tran	597	746	2.2e-64	216.9
LXL04_009047	`PF02463.26`	SMC_N	637	789	5.7e-17	62.6
LXL04_009047	`PF00664.29`	ABC_membrane	895	1166	1.6e-106	356.7
LXL04_009047	`PF00005.34`	ABC_tran	1233	1381	2.2e-64	216.9
LXL04_009047	`PF02463.26`	SMC_N	1322	1425	5.7e-17	62.6
LXL04_009047	`PF09818.16`	ABC_ATPase	1328	1423	6.1e-11	42.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJX0`	拟南芥	ABC transporter B family member 19	42.949%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZR72`	拟南芥	ABC transporter B family member 1	40.613%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LPK2`	拟南芥	ABC transporter B family member 2	40.825%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FWX7`	拟南芥	ABC transporter B family member 11	41.195%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SGY1`	拟南芥	ABC transporter B family member 10	40.620%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情