TkA03G393340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G393340

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 97597965-97606823 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

624 bp · TkA03G393340|TK1151|cDNA

ATGGGGCGGAGGAAACTCGAAATTAAGCGGATTCAGAATAAGAGTAGCAGGCTAGTGGCGTTTTCAAAGCGTAGATCAGGATTATTTAAGAAAGCACGACACCTTTCTGTGCTCTGTGATGTTGATGTCGCCGCCGTCGTGATCTCCGATAGCGGGAAGGTTTATGAGTTCTCCAGCGGTGATACTAACAGTGTGGGGCTTATTCTTTCTAGACATCCGAACAGTTGGCTTCAACCAGAAGAGCAAACTACCCAAGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

624 bp · TkA03G393340|TK1151|CDS

ATGGGGCGGAGGAAACTCGAAATTAAGCGGATTCAGAATAAGAGTAGCAGGCTAGTGGCGTTTTCAAAGCGTAGATCAGGATTATTTAAGAAAGCACGACACCTTTCTGTGCTCTGTGATGTTGATGTCGCCGCCGTCGTGATCTCCGATAGCGGGAAGGTTTATGAGTTCTCCAGCGGTGATACTAACAGTGTGGGGCTTATTCTTTCTAGACATCCGAACAGTTGGCTTCAACCAGAAGAGCAAACTACCCAAGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

207 aa · TkA03G393340|TK1151|PROTEIN

MGRRKLEIKRIQNKSSRLVAFSKRRSGLFKKARHLSVLCDVDVAAVVISDSGKVYEFSSGDTNSVGLILSRHPNSWLQPEEQTTQEEACKNMGLFSNLCTRFRTCKQLLESVKRVDEEPDEVSLTDMADLEQELTHALMHTRSRKTQLMMERISSFREQERILTEKNEQLKHQKYEVHDGGGDFANNHNNYQSSNTNQLLTLPPFKE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G393340`
TK1151 ID	TkA03G393340
OH-1004 ID	LXL04_009018
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G393340

位置 Chr03:97597965-97606823 (-)

描述 Similar to AGL31: Agamous-like MADS-box protein AGL31

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77080`	可能的转录因子，参与在长日照和短日照下负向调控开花时间，可能通过光周期和春化途径。	暂无已核实直接文献
`At5g10140`	推定转录因子，通过与'FRIGIDA'、自主及春化开花途径相互作用，似乎在晚花表型开花时间的调控中起核心作用。	暂无已核实直接文献
`At5g65080`	转录因子，参与短日照条件下开花时间的负调控，可能通过光周期和春化途径实现。	Analysis of the Arabidopsis MADS AFFECTING FLOWERING gene family: MAF2 prevents vernalization by short periods of cold.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009506 The E2 ubiquitin-conjugating enzymes, AtUBC1 and AtUBC2, play redundant roles and are involved in activation of FLC expression and repression of flowering in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03684.x The Plant Homeo Domain finger protein, VIN3-LIKE 2, is necessary for photoperiod-mediated epigenetic regulation of the floral repressor, MAF5.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1010834107 Role of VIN3-LIKE 2 in facultative photoperiodic flowering response in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.12.14035 AGAMOUS-LIKE 6 is a floral promoter that negatively regulates the FLC/MAF clade genes and positively regulates FT in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04402.x HISTONE DEACETYLASE6 interacts with FLOWERING LOCUS D and regulates flowering in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.174417 Arabidopsis trithorax-related3/SET domain GROUP2 is required for the winter-annual habit of Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs021
`At5g65050`	可能的转录因子，通过短期低温防止春化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009018 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010022 meristem determinacy 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010094 specification of carpel identity 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77080

ath:AT2G45650

ath:AT5G65050

ath:AT5G65060

dosa:Os02g0682200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · TkA03G393340 · TK1151

细胞质0.126

排名 2 · TkA03G393340 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA03G393340 · TK1151

内质网0.014

排名 4 · TkA03G393340 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA03G393340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319SRF-TF10-57 aa

PF01486K-box117-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G393340	`PF00319`	SRF-TF	10	57	2.5e-22	78.8
TkA03G393340	`PF01486`	K-box	117	173	2.3e-11	44.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9AT76`	拟南芥	sp\|Q9AT76\|AGL27_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL27	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S7Q7`	拟南芥	sp\|Q9S7Q7\|FLC_ARATH MADS-box protein FLOWERING LOCUS C	39.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q683D7`	拟南芥	sp\|Q683D7\|MAF5_ARATH Protein MADS AFFECTING FLOWERING 5	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FPN7`	拟南芥	sp\|Q9FPN7\|AGL31_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL31	42.400%	Swiss-Prot	中等置信

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