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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G344710
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 84807070-84813819 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3757 bp · TkA03G344710|TK1151|cDNA

CTATTTTGCACAAATTTGTTTAAGAAAAGGGTTATTTTTGTCAAAGTTTTTTAAAGGGTAAGGGTCTCATTAAGCAGCATAACCAAAGAGGAAGTTAAGAAGAGATCGCGCAGGATCGAGTCGGGTTGTTCTACACAAGAAAACCAAAATTCCTCCGACGAGCGCCTTCCCATAAATTTCAAATTTAAGAACCCTAGATTAACTTATTTTGCGGTTATACTCTATTAAAGTGCTCCAAGAAGCTTGAAAATCGCAAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2772 bp · TkA03G344710|TK1151|CDS

ATGGTGCTTGTACTCTTATTGATATATTTTGATTTATTTCTTATGGGAGCTGGAGTTTTAAAACAAGAAAGAAGGGTTAAACAGAAACCTTCTGATGACAAATCAGATGATTCTGAGTCTGAAGAAGAAAGATTGCGTGACCAAATAGAAAGAGAGGAATTGGAGCGTCATTTAAGGGAAAAAGATGCAGCAAAAACAACAAAGCTGACTGAACAGAAGTTGTCCAAGAGGGAGGAAGAAGAGGCAATTAGGAGAGCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

923 aa · TkA03G344710|TK1151|PROTEIN

MVLVLLLIYFDLFLMGAGVLKQERRVKQKPSDDKSDDSESEEERLRDQIEREELERHLREKDAAKTTKLTEQKLSKREEEEAIRRANALEDDDIGALRKVSRQEYLKKRELKKLEEIRDDIEDEQYLFDGVKLTEAEQREMRYKKQIYELVKKRSQEDDNVNEYRMPDAYDDDAGVNQEKRFAVAMERYRDSKDGDKMNPFAEQEAWEDHQIGKATLKYGSKNKQQAEDYNYVFEDQIEFIQGQVMGGVNVDDDEEMQEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G344710
TK1151 IDTkA03G344710
OH-1004 IDLXL04_008687
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.375 / OH-1004 88.413
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G344710
位置Chr03:84807070-84813819 (+)
描述Similar to ESP3: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g32490 参与前 mRNA 剪接。 暂无已核实直接文献
At2g35340 可能参与前mRNA剪接。 暂无已核实直接文献
At4g16680 可能参与前mRNA剪接。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008687 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32490
ath:AT2G35340
hsa:8449
ptr:462546
ssc:100144456
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.751
排名 1 · TkA03G344710 · TK1151
细胞质0.267
排名 2 · TkA03G344710 · TK1151
内质网0.032
排名 3 · TkA03G344710 · TK1151
线粒体0.031
排名 4 · TkA03G344710 · TK1151
细胞膜0.031
排名 5 · TkA03G344710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13604AAA_3049-106 aa
PF00271Helicase_C52-87 aa
PF20720nSTAND3101-144 aa
PF00005ABC_tran128-135 aa
PF00437T2SSE288-325 aa
PF13191AAA_16288-323 aa
PF00270DEAD289-438 aa
PF20720nSTAND3289-313 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G344710PF13604AAA_30491060.003417.9
TkA03G344710PF00271Helicase_C52873.7e-1247.2
TkA03G344710PF20720nSTAND31011440.003417.8
TkA03G344710PF00005ABC_tran1281350.3612.2
TkA03G344710PF00437T2SSE2883250.003616.7
TkA03G344710PF13191AAA_162883230.2512.6
TkA03G344710PF00270DEAD2894383.3e-0627.7
TkA03G344710PF20720nSTAND32893130.003417.8
TkA03G344710PF12775AAA_72913270.1612.2
TkA03G344710PF00005ABC_tran2933120.3612.2
TkA03G344710PF13245AAA_192944060.0001322.9
TkA03G344710PF13604AAA_302944030.003417.9
TkA03G344710PF13401AAA_222954197.6e-0627.0
TkA03G344710PF00448SRP542974370.01415.8
TkA03G344710PF13401AAA_224685047.6e-0627.0
TkA03G344710PF00271Helicase_C4866123.7e-1247.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VY00拟南芥sp|Q8VY00|ESP3_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH181.200%Swiss-Prot高置信
F4IJV4拟南芥sp|F4IJV4|DEAH6_ARATH Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH676.900%Swiss-Prot高置信
F4JMJ3拟南芥sp|F4JMJ3|DEAH8_ARATH Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH863.800%Swiss-Prot高置信

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