LXL04_008687 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008687

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106189537-106194821 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3084 bp · LXL04_008687|LXL04_008687|OH1004|cDNA

ATGGGGAGCGACTTAAAGACTTGGGTTTCAGACAGATTGATGTCCCTCTTGGGATATTCACAACCCACACTGGTTCAGTACCTAATTAGTTTATCCAAGAAAGCTTCATCACCTTCCGATATATTTGGTAACCTTAAAGATATGGGGGTCCCATCTTCAAGTGAAACTCGTGCATTTGCTGAAGAAATTTTTCAGAGAGTCGAGCATAAGAGTTCTGGATCAAATCTTTATCGACAACAAGAAGAGGAGGCTGCCATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3084 bp · LXL04_008687|LXL04_008687|OH1004|CDS

ATGGGGAGCGACTTAAAGACTTGGGTTTCAGACAGATTGATGTCCCTCTTGGGATATTCACAACCCACACTGGTTCAGTACCTAATTAGTTTATCCAAGAAAGCTTCATCACCTTCCGATATATTTGGTAACCTTAAAGATATGGGGGTCCCATCTTCAAGTGAAACTCGTGCATTTGCTGAAGAAATTTTTCAGAGAGTCGAGCATAAGAGTTCTGGATCAAATCTTTATCGACAACAAGAAGAGGAGGCTGCCATGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1027 aa · LXL04_008687|LXL04_008687|OH1004|PROTEIN

MGSDLKTWVSDRLMSLLGYSQPTLVQYLISLSKKASSPSDIFGNLKDMGVPSSSETRAFAEEIFQRVEHKSSGSNLYRQQEEEAAMLARKQRTYKLLEADDDDHNNVSVASESKKADKHGAGVLKQERRVKQKPSDDKSDDSESEEERLRDQIEREELERHLREKDAAKTTKLTEQKLSKREEEEAIRRANALEDDDIGALRKVSRQEYLKKRELKKLEEIRDDIEDEQYLFDGVKLTEAEQREMRYKKQIYELVKKRSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008687`
TK1151 ID	TkA03G344710
OH-1004 ID	LXL04_008687
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.375 / OH-1004 88.413 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008687

位置 Chr02:106189537-106194821 (-)

描述 Similar to ESP3: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32490`	参与前 mRNA 剪接。	暂无已核实直接文献
`At2g35340`	可能参与前mRNA剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008687 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32490

ath:AT2G35340

hsa:8449

ptr:462546

ssc:100144456

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.740

排名 1 · LXL04_008687 · OH-1004

细胞质0.285

排名 2 · LXL04_008687 · OH-1004

内质网0.035

排名 3 · LXL04_008687 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 4 · LXL04_008687 · OH-1004

线粒体0.028

排名 5 · LXL04_008687 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD393-542 aa

PF13401.13AAA_22399-523 aa

PF00271.38Helicase_C594-716 aa

PF04408.30WHD_HA2778-806 aa

PF21010.3HA2_C807-868 aa

PF07717.23OB_NTP_bind926-1003 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008687	`PF00270.36`	DEAD	393	542	3.7e-06	27.5
LXL04_008687	`PF13401.13`	AAA_22	399	523	1.3e-06	29.4
LXL04_008687	`PF00271.38`	Helicase_C	594	716	8.1e-12	46.1
LXL04_008687	`PF04408.30`	WHD_HA2	778	806	1.2e-10	41.9
LXL04_008687	`PF21010.3`	HA2_C	807	868	2.9e-11	44.4
LXL04_008687	`PF07717.23`	OB_NTP_bind	926	1003	1.2e-23	83.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY00`	拟南芥	Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1	75.816%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IJV4`	拟南芥	Probable pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH6	72.180%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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