TkA02G174600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G174600

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 44869140-44871356 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1555 bp · TkA02G174600|TK1151|cDNA

TTTTAACAAGATATGTAGGTTCGCAACTTCGCACCAAGTTGGAACCCAAAACCGTAAAGTATTTCGAGTAAGCAACTCCAACATCGATCAAAACCCCTCTCGTCCTCTTCCCATCGCGAGCACGTAAAAATGGGGAGCGAGAACGAACCAGCGAAGCTACTGTTACCTTACCTTCAACGAGCCGATGAATTGCAAAAGCACGAGCCTCTCGTCGCCTACTACTGTCGGTTATATGCGATGGAACGTGGTTTGAGGATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · TkA02G174600|TK1151|CDS

ATGGGGAGCGAGAACGAACCAGCGAAGCTACTGTTACCTTACCTTCAACGAGCCGATGAATTGCAAAAGCACGAGCCTCTCGTCGCCTACTACTGTCGGTTATATGCGATGGAACGTGGTTTGAGGATTCCTCAGAGTGAACGAACCAAAACCACAAATTCCCTACTCATTTCCCTCATGAACCAACTTGAAAAGGATAAGAAGACAGTGCAGTTGCAACCTGATGACAATCTCCACGTAGAAGGTTTTGCTTCAAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · TkA02G174600|TK1151|PROTEIN

MGSENEPAKLLLPYLQRADELQKHEPLVAYYCRLYAMERGLRIPQSERTKTTNSLLISLMNQLEKDKKTVQLQPDDNLHVEGFASNVFAKADKQDRAGRADLNTAKTFYAASIFFEILNQFGVLQPDLEQKQKYAAWKAADIRKAIKEGRKPVPGPPGGDLDKDPSDTSTTGYEDIEPSQPTTRHEPESHPSSHSFDRNDSQKFTNTFSSPSPPRDTPPPPPPPPPHSTMPPPPPPSTTQPPPPSNFPPPSSSDDYPSNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G174600`
TK1151 ID	TkA02G174600
OH-1004 ID	LXL04_016211
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G174600

位置 Chr02:44869140-44871356 (+)

描述 Similar to LIP5: Protein HOMOLOG OF MAMMALIAN LYST-INTERACTING PROTEIN 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26750`	参与内体多泡体 (MVB) 途径。	The Arabidopsis AAA ATPase SKD1 is involved in multivesicular endosome function and interacts with its positive regulator LYST-INTERACTING PROTEIN5.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049346 Arabidopsis LIP5, a positive regulator of multivesicular body biogenesis, is a critical target of pathogen-responsive MAPK cascade in plant basal defense.2014 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1004243

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016211 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0032511 late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0036258 multivesicular body assembly 生物过程

GO:0071985 multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1903335 regulation of vacuolar transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26750

ddi:DDB_G0271488

hsa:51534

pon:100173666

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.672

排名 1 · TkA02G174600 · TK1151

细胞核0.328

排名 2 · TkA02G174600 · TK1151

高尔基体0.171

排名 3 · TkA02G174600 · TK1151

内质网0.101

排名 4 · TkA02G174600 · TK1151

溶酶体／液泡0.069

排名 5 · TkA02G174600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04652Vta112-148 aa

PF27614VPS35L_N25-67 aa

PF18097Vta1_C379-415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G174600	`PF04652`	Vta1	12	148	6.3e-47	159.9
TkA02G174600	`PF27614`	VPS35L_N	25	67	0.078	12.8
TkA02G174600	`PF18097`	Vta1_C	379	415	8.5e-10	38.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ15`	拟南芥	sp\|Q9SZ15\|LIP5_ARATH Protein HOMOLOG OF MAMMALIAN LYST-INTERACTING PROTEIN 5	50.800%	Swiss-Prot	高置信

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