TkA01G561380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G561380

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 141170942-141181640 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2291 bp · TkA01G561380|TK1151|cDNA

CTTCTCTCTCCCTTTCTTATCACATACCCACATACGTACCAGATTCATATACGAAACTCGAACGAATAATCTGCCGGAAATCGCTAATTCCTCATTAATTTGAAGTGGTTGCTGGTATGGGTGCATGCGATTGGTTCTAGAATCTTCTTTGATTTTGATACATTATCTGGTGTAAAATAGATATCGGAAAGGAGTTTGATCATGGCCGTTGCTCAAGGGCGCCTAAAAGAGATGCTGCAATCTGCGGTACAATCTGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1956 bp · TkA01G561380|TK1151|CDS

ATGGCCGTTGCTCAAGGGCGCCTAAAAGAGATGCTGCAATCTGCGGTACAATCTGTTCAGTGGACGTACATTATTTACTGGCAACTTTGTCCTGAGGAACGGGTTTTAGTATGGGGAGATGGATACTACAATGGCGCAATTAAGACGAGGAAGACGGTGCAGTCAGTGGAAGTTAGCACGGAGGAGGCCGCCTTATGTAGAAGCGAGCAGCTCAGAGAGCTCTACGATTCATTGGCTGCCGGTGATCAGCAGGCGACGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

651 aa · TkA01G561380|TK1151|PROTEIN

MAVAQGRLKEMLQSAVQSVQWTYIIYWQLCPEERVLVWGDGYYNGAIKTRKTVQSVEVSTEEAALCRSEQLRELYDSLAAGDQQATENQQPTVRRPAVALSPEDLTESEWFYLICVSFSFPPGVGLVGEAYAKQQHLWLTGANEAESTIFTRAILAKSADIQTVVCIPLLNGVVEVGTTAKVEEGVDFIQHVKHFFMVGNGISTVLPPRPALSAHSSNTTLSPHQIPPKIKLLDNLYSMNDDEIENEYGDEEDDDEEDEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G561380`
TK1151 ID	TkA01G561380
OH-1004 ID	LXL04_026444
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	29.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.931 / OH-1004 97.239 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G561380

位置 Chr01:141170942-141181640 (-)

描述 Similar to BHLH2: Transcription factor EGL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g09820`	转录激活因子，当与MYB75/PAP1或MYB90/PAP2结合时发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g63650`	转录激活剂，当与 MYB75/PAP1、MYB90/PAP2 或 TT2 结合时。	A network of redundant bHLH proteins functions in all TTG1-dependent pathways of Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00681 The bHLH genes GLABRA3 (GL3) and ENHANCER OF GLABRA3 (EGL3) specify epidermal cell fate in the Arabidopsis root.2003 · DOI: 10.1242/dev.00880 The bHLH genes GL3 and EGL3 participate in an intercellular regulatory circuit that controls cell patterning in the Arabidopsis root epidermis.2005 · DOI: 10.1242/dev.01565

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026444 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009962 regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0031542 positive regulation of anthocyanin biosynthetic process 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048629 trichome patterning 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63650

ath:AT4G00480

ath:AT4G09820

ath:AT5G41315

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · TkA01G561380 · TK1151

细胞质0.135

排名 2 · TkA01G561380 · TK1151

细胞膜0.046

排名 3 · TkA01G561380 · TK1151

内质网0.030

排名 4 · TkA01G561380 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA01G561380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23133DUF70505-48 aa

PF14215bHLH-MYC_N8-196 aa

PF24914ACR10_N19-31 aa

PF23133DUF7050157-196 aa

PF14812PBP1_TM240-265 aa

PF14215bHLH-MYC_N263-271 aa

PF14215bHLH-MYC_N396-404 aa

PF00010HLH471-518 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G561380	`PF23133`	DUF7050	5	48	0.0027	18.1
TkA01G561380	`PF14215`	bHLH-MYC_N	8	196	5.6e-49	167.6
TkA01G561380	`PF24914`	ACR10_N	19	31	0.18	11.9
TkA01G561380	`PF23133`	DUF7050	157	196	0.0027	18.1
TkA01G561380	`PF14812`	PBP1_TM	240	265	4.3	8.4
TkA01G561380	`PF14215`	bHLH-MYC_N	263	271	5.6e-49	167.6
TkA01G561380	`PF14215`	bHLH-MYC_N	396	404	5.6e-49	167.6
TkA01G561380	`PF00010`	HLH	471	518	9.8e-14	51.6
TkA01G561380	`PF23177`	bHLH_IRO3	475	527	9.1e-09	36.3
TkA01G561380	`PF23173`	bHLH_SAC51	477	520	0.00056	20.5
TkA01G561380	`PF13291`	ACT_4	500	531	0.0029	18.9
TkA01G561380	`PF24931`	ACT_ACR9_3rd	562	640	0.0001	23.0
TkA01G561380	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	564	644	5.5e-17	62.3
TkA01G561380	`PF24914`	ACR10_N	574	639	0.18	11.9
TkA01G561380	`PF13291`	ACT_4	576	625	0.0029	18.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FT81`	拟南芥	sp\|Q9FT81\|TT8_ARATH Transcription factor TT8	39.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAD0`	拟南芥	sp\|Q9CAD0\|EGL1_ARATH Transcription factor EGL1	32.400%	Swiss-Prot	中等置信

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