TkA01G485230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G485230

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 121455932-121458783 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2137 bp · TkA01G485230|TK1151|cDNA

AATAAAAAACACTTGCACCAGATTACGTGGGCACGTGGATTGCACGTTTTAGCAGCCGTCAGCCATATCAACCAAAGGGCAATACCGTCAAACCATACACAGTCTCCTCCATCGTTCAAAAGTCGCCGCCGTCTCCTCTGCTCCGAGCAGCCTCCTCCAGTAGCCTATCTTTTTTGCCGACTGAATCTGTTGCAACAAACCCTAGGACTGAGTTGTCGTGGTGGTGTTGCGATTTATCACTCATGGCAGGCACATCGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

792 bp · TkA01G485230|TK1151|CDS

ATGCCTGATTATTTCCAGGGAATCAGGAGACCATGGAAAGGCGTTCTTATGTTTGGTCCACCTGGCACCGGGAAAACACTGCTGGCTAAGGCGGTTGCAACCGAATGTGGGACCACTTTTTTCAATGTTTCTTCCGCCACCTTGGCGTCCAAATGGCGGGGAGAGAGTGAACGGATGGTTAGATGTTTGTTTGATCTTGCAAGATCTTATGCACCAAGTACTATCTTCATTGATGAAATCGACTCTCTTTGTACTTCTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

263 aa · TkA01G485230|TK1151|PROTEIN

MPDYFQGIRRPWKGVLMFGPPGTGKTLLAKAVATECGTTFFNVSSATLASKWRGESERMVRCLFDLARSYAPSTIFIDEIDSLCTSRGASGEHESSRRVKSEVLVQVDGVNNTGTNEDGSRKIVMVLAATNFPWDIDEALRRRLEKRIYIPLPNLESRKELIKINLRTVEVAGDVDIDEVARRTEGYSGDDLTNVCRDASLNGMRRKIAGKTREEIKNMSKDDISNDPIAMCDFEEAITKVQPSVSAADIERHEKWFAEF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G485230`
TK1151 ID	TkA01G485230
OH-1004 ID	LXL04_032111
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 50.191 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G485230

位置 Chr01:121455932-121458783 (+)

描述 Similar to AAA1: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80350`	以 ATP 依赖性方式在体外切断微管。	BOTERO1 is required for normal orientation of cortical microtubules and anisotropic cell expansion in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.00946.x Cell specification in the Arabidopsis root epidermis requires the activity of ECTOPIC ROOT HAIR 3--a katanin-p60 protein.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.1.123 The Arabidopsis lue1 mutant defines a katanin p60 ortholog involved in hormonal control of microtubule orientation during cell growth.2003 · DOI: 10.1242/jcs.00274 KTN80 confers precision to microtubule severing by specific targeting of katanin complexes in plant cells.2017 · DOI: 10.15252/embj.201796823

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032111 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80350

dre:492790

gga:421626

mcf:101864950

ocu:100328900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.690

排名 1 · TkA01G485230 · TK1151

细胞核0.324

排名 2 · TkA01G485230 · TK1151

细胞膜0.070

排名 3 · TkA01G485230 · TK1151

过氧化物酶体0.065

排名 4 · TkA01G485230 · TK1151

溶酶体／液泡0.054

排名 5 · TkA01G485230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13191AAA_169-45 aa

PF06068TIP4913-50 aa

PF12775AAA_713-48 aa

PF02367TsaE13-47 aa

PF05496RuvB_N14-83 aa

PF07728AAA_514-83 aa

PF06745ATPase14-30 aa

PF00158Sigma54_activat14-35 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G485230	`PF13191`	AAA_16	9	45	0.0037	18.5
TkA01G485230	`PF06068`	TIP49	13	50	0.00075	19.5
TkA01G485230	`PF12775`	AAA_7	13	48	0.029	14.6
TkA01G485230	`PF02367`	TsaE	13	47	0.036	14.8
TkA01G485230	`PF05496`	RuvB_N	14	83	2.3e-05	24.9
TkA01G485230	`PF07728`	AAA_5	14	83	0.00046	20.9
TkA01G485230	`PF06745`	ATPase	14	30	0.067	13.3
TkA01G485230	`PF00158`	Sigma54_activat	14	35	0.12	12.8
TkA01G485230	`PF00004`	AAA	15	152	1.1e-38	133.3
TkA01G485230	`PF13671`	AAA_33	15	55	0.0014	19.6
TkA01G485230	`PF13173`	AAA_14	15	82	0.0043	17.8
TkA01G485230	`PF01078`	Mg_chelatase	15	33	0.0044	17.2
TkA01G485230	`PF13521`	AAA_28	15	41	0.0058	17.6
TkA01G485230	`PF01695`	IstB_IS21	15	80	0.011	16.0
TkA01G485230	`PF00910`	RNA_helicase	15	67	0.013	16.7
TkA01G485230	`PF02562`	PhoH	15	35	0.032	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEX2`	拟南芥	sp\|Q9SEX2\|KTNA1_ARATH Katanin p60 ATPase-containing subunit A1	89.400%	Swiss-Prot	高置信

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