LXL04_032111 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032111

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 16974328-16976852 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1575 bp · LXL04_032111|LXL04_032111|OH1004|cDNA

ATGGCAGGGACGTCGCTTGCAGGATTACAAGATCATTTGAAATTAGCGAGAGAATATGCACTCGAAGGCCTCTATGATACTTCCGTTATCTTCTTCGATGGCGCCATCGCTCAGATCAACAAGCACTTGAGCTCCCTTGATGATCCTCTGGCCCGATCAAAGTGGATGAACGTTAAAAAAGCTCTCACAGAGGAAACTGAAGTTGTAAAGCAATTGGATACCGAAAAGAGATCTTTCAAGGAAACTTCCATGGGTAGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1575 bp · LXL04_032111|LXL04_032111|OH1004|CDS

ATGGCAGGGACGTCGCTTGCAGGATTACAAGATCATTTGAAATTAGCGAGAGAATATGCACTCGAAGGCCTCTATGATACTTCCGTTATCTTCTTCGATGGCGCCATCGCTCAGATCAACAAGCACTTGAGCTCCCTTGATGATCCTCTGGCCCGATCAAAGTGGATGAACGTTAAAAAAGCTCTCACAGAGGAAACTGAAGTTGTAAAGCAATTGGATACCGAAAAGAGATCTTTCAAGGAAACTTCCATGGGTAGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

524 aa · LXL04_032111|LXL04_032111|OH1004|PROTEIN

MAGTSLAGLQDHLKLAREYALEGLYDTSVIFFDGAIAQINKHLSSLDDPLARSKWMNVKKALTEETEVVKQLDTEKRSFKETSMGRRPSSPPIPTNKSSFVFEPLDEYPTSSGAPMDDPDVWRPPSRDTSNKRSGRGGATARKGPQDGAWARGSSTRGGTTARGGKAGASSRVNSGVRSSTTAKKGSGGSGKPNSTKDDPGNGDGEVHTSKHGQYEGPDHDLAAMLERDVLENTPGVRFEDVAGLSEAKRLLEEAVVLPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032111`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032111

位置 Chr07:16974328-16976852 (-)

描述 Similar to AAA1: Katanin p60 ATPase-containing subunit A1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80350`	以 ATP 依赖性方式在体外切断微管。	BOTERO1 is required for normal orientation of cortical microtubules and anisotropic cell expansion in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.00946.x Cell specification in the Arabidopsis root epidermis requires the activity of ECTOPIC ROOT HAIR 3--a katanin-p60 protein.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.1.123 The Arabidopsis lue1 mutant defines a katanin p60 ortholog involved in hormonal control of microtubule orientation during cell growth.2003 · DOI: 10.1242/jcs.00274 KTN80 confers precision to microtubule severing by specific targeting of katanin complexes in plant cells.2017 · DOI: 10.15252/embj.201796823

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032111 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80350

dre:492790

gga:421626

mcf:101864950

ocu:100328900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.689

排名 1 · LXL04_032111 · OH-1004

细胞核0.293

排名 2 · LXL04_032111 · OH-1004

细胞膜0.104

排名 3 · LXL04_032111 · OH-1004

内质网0.055

排名 4 · LXL04_032111 · OH-1004

高尔基体0.054

排名 5 · LXL04_032111 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21126.4KATNA1_MIT11-71 aa

PF00004.36AAA276-413 aa

PF17862.8AAA_lid_3435-478 aa

PF09336.17Vps4_C477-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032111	`PF21126.4`	KATNA1_MIT	11	71	7e-18	64.8
LXL04_032111	`PF00004.36`	AAA	276	413	2.6e-39	135.4
LXL04_032111	`PF17862.8`	AAA_lid_3	435	478	6e-14	52.0
LXL04_032111	`PF09336.17`	Vps4_C	477	522	3.1e-11	43.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEX2`	拟南芥	Katanin p60 ATPase-containing subunit A1	80.843%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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