TkA01G428560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G428560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 106982147-106986145 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1062 bp · TkA01G428560|TK1151|cDNA

ATTAATTTCCCTCTTCTCTCTCCCTCAGATATATACATATAATATATATATATCTATATATGTTTCTTGATCTATAAATAGAAAGGACTTGAAAGAAGCAACACTGTAGTGATCACCCATCTTCAACACTCTCACACAAAGATTTGAATTTCTCTTCGATTAATTTAGCTCTCTCCCTTGAGCAGTTTCTCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGTCAAGCAGCAGCTGCATAGATGTAGCAGCAGCATCCGAACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · TkA01G428560|TK1151|CDS

ATGTCAAGCAGCAGCTGCATAGATGTAGCAGCAGCATCCGAACAACTTTGTTATATCCCTTGTAACTTTTGCAATATTGTTCTTGCGGTGAGTGTACCATGCAGCAGCTTGTTTGACATTGTGACAGTTAGATGTGGACACTGCACCAATCTGTGGTCTGTGAATATGGGCATGGCTGCTGCCTTTCACCAGTCTCTCTCAAATTCTAATTCCACCTCCCAAGATTGTACTTCTCATCAACATGGCCAGGCTCCCAACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · TkA01G428560|TK1151|PROTEIN

MSSSSCIDVAAASEQLCYIPCNFCNIVLAVSVPCSSLFDIVTVRCGHCTNLWSVNMGMAAAFHQSLSNSNSTSQDCTSHQHGQAPNHTPPNYRVDLGSASKYNRMPTRPSQASITNDQKINRPPEKRQRVPSAYNQFIKEEIQRIKANNPDISHREAFSTAAKNWAHFPHIHFGLMLEANNHQAKLDELSCVQGSEKRLRSRAALFKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G428560`
TK1151 ID	TkA01G428560
OH-1004 ID	LXL04_002690
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.385 / OH-1004 50.811 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G428560

位置 Chr01:106982147-106986145 (+)

描述 Similar to YAB5: Axial regulator YABBY 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26580`	促进背向细胞特性。	暂无已核实直接文献
`At1g08465`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献
`At2g45190`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0650000`	蛋白质YABBY 2。	暂无已核实直接文献
`Os12g0621100`	蛋白YABBY 6。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002690 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003002 regionalization 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0050793 regulation of developmental process 生物过程

GO:1902183 regulation of shoot apical meristem development 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08465

ath:AT2G26580

dosa:Os03g0650000

dosa:Os04g0536300

dosa:Os12g0621100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.742

排名 1 · TkA01G428560 · TK1151

细胞质0.296

排名 2 · TkA01G428560 · TK1151

细胞膜0.069

排名 3 · TkA01G428560 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA01G428560 · TK1151

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · TkA01G428560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24868YABBY_N12-61 aa

PF04690YABBY89-104 aa

PF04690YABBY114-174 aa

PF06244Ccdc124116-169 aa

PF09011HMG_box_2124-167 aa

PF00505HMG_box129-167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G428560	`PF24868`	YABBY_N	12	61	2.4e-28	98.2
TkA01G428560	`PF04690`	YABBY	89	104	2.8e-37	127.6
TkA01G428560	`PF04690`	YABBY	114	174	2.8e-37	127.6
TkA01G428560	`PF06244`	Ccdc124	116	169	6.5e-05	23.9
TkA01G428560	`PF09011`	HMG_box_2	124	167	0.00011	23.5
TkA01G428560	`PF00505`	HMG_box	129	167	0.002	19.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GW46`	拟南芥	sp\|Q8GW46\|YAB5_ARATH Axial regulator YABBY 5	69.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XFB0`	拟南芥	sp\|Q9XFB0\|YAB2_ARATH Putative axial regulator YABBY 2	52.400%	Swiss-Prot	高置信
`O22152`	拟南芥	sp\|O22152\|YAB1_ARATH Axial regulator YABBY 1	52.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q10FZ7`	水稻	sp\|Q10FZ7\|YAB2_ORYSJ Protein YABBY 2	53.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QM17`	水稻	sp\|Q2QM17\|YAB6_ORYSJ Protein YABBY 6	53.300%	Swiss-Prot	高置信

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