LXL04_002690 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002690

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 55174443-55185520 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1113 bp · LXL04_002690|LXL04_002690|OH1004|cDNA

atgtcAAGCAGCAGCTGCATAGATGTAGCAGCAGCATCCGAACAACTTTGTTATATCCCTTGTAACTTTTGCAATATTGTTCTTGCGGTGAGTGTACCATGCAGCAGCTTGTTTGACATTGTGACAGTTAGATGTGGACACTGCACCAATCTGTGGTCTGTGAATATGGGCATGGCTGCTGCCTTTCACCAGTCTCTCTCAAATTCTAATTCCACCTCCCAAGATTGTACTTCTCATCAACATGGCCAGGCTCCCAACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · LXL04_002690|LXL04_002690|OH1004|CDS

ATGTCAAGCAGCAGCTGCATAGATGTAGCAGCAGCATCCGAACAACTTTGTTATATCCCTTGTAACTTTTGCAATATTGTTCTTGCGGTGAGTGTACCATGCAGCAGCTTGTTTGACATTGTGACAGTTAGATGTGGACACTGCACCAATCTGTGGTCTGTGAATATGGGCATGGCTGCTGCCTTTCACCAGTCTCTCTCAAATTCTAATTCCACCTCCCAAGATTGTACTTCTCATCAACATGGCCAGGCTCCCAACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

370 aa · LXL04_002690|LXL04_002690|OH1004|PROTEIN

MSSSSCIDVAAASEQLCYIPCNFCNIVLAVSVPCSSLFDIVTVRCGHCTNLWSVNMGMAAAFHQSLSNSNSTSQDCTSHQHGQAPNHTPPNYRVDLGSASKYNRMPTRPSQASITNDQKINRPPEKRQRVPSAYNQFIKEEIQRIKANNPDISHREAFSTAAKNWAHFPHIHFGLMLEANNHQAKLDEDLLKTHIGPRTPKPLTFPKKRLWGLKNAQIQEQSRSFENSYWFEKSQIVNFFEKTISGAKKRSNTSSLGSFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002690`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002690

位置 Chr01:55174443-55185520 (-)

描述 Similar to YAB5: Axial regulator YABBY 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26580`	促进背向细胞特性。	暂无已核实直接文献
`At1g08465`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0650000`	蛋白质YABBY 2。	暂无已核实直接文献
`Os12g0621100`	蛋白YABBY 6。	暂无已核实直接文献
`Os04g0536300`	可能参与叶片细胞的生长和分化，而不是参与背向细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002690 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003002 regionalization 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0050793 regulation of developmental process 生物过程

GO:1902183 regulation of shoot apical meristem development 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08465

ath:AT2G26580

dosa:Os03g0650000

dosa:Os04g0536300

dosa:Os12g0621100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.571

排名 1 · LXL04_002690 · OH-1004

细胞质0.418

排名 2 · LXL04_002690 · OH-1004

细胞膜0.075

排名 3 · LXL04_002690 · OH-1004

内质网0.060

排名 4 · LXL04_002690 · OH-1004

线粒体0.053

排名 5 · LXL04_002690 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24868.1YABBY_N12-61 aa

PF04690.20YABBY114-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002690	`PF24868.1`	YABBY_N	12	61	5.3e-28	97.1
LXL04_002690	`PF04690.20`	YABBY	114	174	4.2e-37	127.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GW46`	拟南芥	Axial regulator YABBY 5	70.455%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XFB0`	拟南芥	Putative axial regulator YABBY 2	51.531%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10FZ7`	水稻	Protein YABBY 2	52.198%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QM17`	水稻	Protein YABBY 6	50.505%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0JBF0`	水稻	Protein YABBY 5	51.795%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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