TkA01G407380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G407380

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 101684654-101689668 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3226 bp · TkA01G407380|TK1151|cDNA

ACTCCCAAACAATCATTCAAAAATGTTATGTTACAAACTTTTACTATGCTTTAACAAATCAATGAAACTTACACCGGTAATTCTTTCATGATCATGTTAATATCGTATATAATTGAAGTAGAGAAGGACAAAGGGTACCTGGAAATCGATTTCGAAACCACAGTGTGTATAAGACACCAAACTCTTGAACTGGTTTGCTGATGTAACTGGCAGAAGTCTTAGAACTGGTTTGCTGATGTAGCATAAGCATATCGTCGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA01G407380|TK1151|CDS

ATGGAAGACATTGGTGATGAATACAAGAACATCGGTGATGAGTATAAAAATTATTGGGAAACCAATATGTTCCTCCAAGCCGAAGAATTCGATAGTTGGGGCGGACTGGAGGAAACGTTTTCCGGCTACTACGATTCGAGCTCGCCGGACGGACTTCAGTCGTCGGCGGCCTCCAAAAACATAGTTTCAGAGAGGAATAGGAGGAAAAAACTTAATGATAGGCTATTGGCTCTTCGAGGGGCGGTCCCCAACATAAGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

251 aa · TkA01G407380|TK1151|PROTEIN

MEDIGDEYKNIGDEYKNYWETNMFLQAEEFDSWGGLEETFSGYYDSSSPDGLQSSAASKNIVSERNRRKKLNDRLLALRGAVPNISKMDKASIIKDAIDYIQHLREQERTIQDEIIKLESRKSESGIYDFDQETVFMSRERSKKKRINQSPDSNESRAFPVEVLELNVSYVGEKTALVSLKCRKRRDTMVKICEVFESLKLIVVTANITTFPDTLFKTLFIQADEEEIDVLKLQIHTAICDLNDPLSPMST

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G407380`
TK1151 ID	TkA01G407380
OH-1004 ID	LXL04_017961
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	68.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.829 / OH-1004 95.851 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G407380

位置 Chr01:101684654-101689668 (+)

描述 Similar to BHLH35: Transcription factor bHLH35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57150`	转录因子 bHLH35。	暂无已核实直接文献
`At4g29930`	转录因子bHLH27。	暂无已核实直接文献
`At2g28160`	转录因子。	The essential basic helix-loop-helix protein FIT1 is required for the iron deficiency response.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024315 AtbHLH29 of Arabidopsis thaliana is a functional ortholog of tomato FER involved in controlling iron acquisition in strategy I plants.2005 · DOI: 10.1038/sj.cr.7290331

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0301500`	参与磷酸盐饥饿反应的转录因子。	RERJ1, a jasmonic acid-responsive gene from rice, encodes a basic helix-loop-helix protein.2004 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.10.126 Stress-induced expression of the transcription factor RERJ1 is tightly regulated in response to jasmonic acid accumulation in rice.2013 · DOI: 10.1007/s00709-012-0400-z OsbHLH6 interacts with OsSPX4 and regulates the phosphate starvation response in rice.2021 · DOI: 10.1111/tpj.15061

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0034756 regulation of iron ion transport 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0048831 regulation of shoot system development 生物过程

GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程

GO:0080040 positive regulation of cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16910

ath:AT2G28160

ath:AT4G29930

ath:AT5G57150

dosa:Os04g0301500

osa:4335417

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · TkA01G407380 · TK1151

细胞质0.173

排名 2 · TkA01G407380 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA01G407380 · TK1151

内质网0.019

排名 4 · TkA01G407380 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA01G407380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08910Aida_N22-78 aa

PF23177bHLH_IRO359-120 aa

PF00010HLH61-105 aa

PF23173bHLH_SAC5163-106 aa

PF10482CtIP_N97-122 aa

PF23177bHLH_IRO3138-149 aa

PF00010HLH139-149 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant165-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G407380	`PF08910`	Aida_N	22	78	0.061	14.4
TkA01G407380	`PF23177`	bHLH_IRO3	59	120	2.1e-08	35.1
TkA01G407380	`PF00010`	HLH	61	105	5.9e-12	45.9
TkA01G407380	`PF23173`	bHLH_SAC51	63	106	0.00071	20.1
TkA01G407380	`PF10482`	CtIP_N	97	122	0.39	11.4
TkA01G407380	`PF23177`	bHLH_IRO3	138	149	2.1e-08	35.1
TkA01G407380	`PF00010`	HLH	139	149	5.9e-12	45.9
TkA01G407380	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	165	239	4e-24	85.2
TkA01G407380	`PF00010`	HLH	183	204	5.9e-12	45.9
TkA01G407380	`PF23173`	bHLH_SAC51	184	198	0.00071	20.1
TkA01G407380	`PF10482`	CtIP_N	225	241	0.39	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q2HIV9`	拟南芥	sp\|Q2HIV9\|BH035_ARATH Transcription factor bHLH35	53.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q700E3`	拟南芥	sp\|Q700E3\|BH027_ARATH Transcription factor bHLH27	50.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q0V7X4`	拟南芥	sp\|Q0V7X4\|FIT_ARATH Transcription factor FER-LIKE IRON DEFICIENCY-INDUCED TRANSCRIPTION FACTOR	31.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JEB7`	水稻	sp\|Q0JEB7\|BH006_ORYSJ Transcription factor BHLH6	35.700%	Swiss-Prot	中等置信

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