TkA01G321580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G321580

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 79923950-79925350 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1401 bp · TkA01G321580|TK1151|cDNA

ATGCCCGACTTTTCATGTGGTTGGAAGAACGTTTCCGGTCGATGTCAAATACGTAAACACAACATTCCATTCCGATTCCGGTTCCGGTTCCAATTCCAATTCCGGACTTGTCCCGGTTATGTTTCCGATGTGGTGAGAACAGTCGGGGAGATTCATTGGAACGAGGGCCCCGGGACTGTTCTCGCGTTTTTAACCTCTCAAATGGAAGTGGAATGGGCGTGTGAGCAGTTTAAAGTTACTTCCATTGTTGCATTACCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · TkA01G321580|TK1151|CDS

ATGCCCGACTTTTCATGTGGTTGGAAGAACGTTTCCGGTCGATGTCAAATACGTAAACACAACATTCCATTCCGATTCCGGTTCCGGTTCCAATTCCAATTCCGGACTTGTCCCGGTTATGTTTCCGATGTGGTGAGAACAGTCGGGGAGATTCATTGGAACGAGGGCCCCGGGACTGTTCTCGCGTTTTTAACCTCTCAAATGGAAGTGGAATGGGCGTGTGAGCAGTTTAAAGTTACTTCCATTGTTGCATTACCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · TkA01G321580|TK1151|PROTEIN

MPDFSCGWKNVSGRCQIRKHNIPFRFRFRFQFQFRTCPGYVSDVVRTVGEIHWNEGPGTVLAFLTSQMEVEWACEQFKVTSIVALPLHGKLSNEEQYRVYQNYPDKRKVIFSTNLAETSLTIPGVKYVVDSGMVKESRFEPTTGTNVLRVSRVSQSSANQRAGRAGRTEPGKCFRLYSESDFRSMALHQEPEIRQVNLGIAVLRILALGIRDVNTFDFIDAPSDSAIETAIKNLVQLGAVVIDNGVHKLTKDGRMLVQLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G321580`
TK1151 ID	TkA01G321580
OH-1004 ID	LXL04_015867
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.554 / OH-1004 23.090 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G321580

位置 Chr01:79923950-79925350 (-)

描述 Similar to At5g10370: ATP-dependent RNA helicase DEAH12, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10370`	叶绿体ATP依赖性RNA解旋酶DEAH12。	暂无已核实直接文献
`At4g01020`	ATP依赖的RNA解旋酶 DEAH11，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015867 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006605 protein targeting 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0010172 embryonic body morphogenesis 生物过程

GO:0048589 developmental growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G26560

ath:AT4G01020

ath:AT5G10370

cel:CELE_EEED8.5

ddi:DDB_G0291183

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.506

排名 1 · TkA01G321580 · TK1151

细胞核0.344

排名 2 · TkA01G321580 · TK1151

线粒体0.164

排名 3 · TkA01G321580 · TK1151

过氧化物酶体0.067

排名 4 · TkA01G321580 · TK1151

质体0.057

排名 5 · TkA01G321580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00271Helicase_C48-168 aa

PF09782NDUF_B694-126 aa

PF04408WHD_HA2230-260 aa

PF21010HA2_C262-324 aa

PF29736DDB_G0287209_beta-sheet289-311 aa

PF09782NDUF_B6336-426 aa

PF29736DDB_G0287209_beta-sheet341-373 aa

PF07717OB_NTP_bind395-445 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G321580	`PF00271`	Helicase_C	48	168	3.9e-15	56.8
TkA01G321580	`PF09782`	NDUF_B6	94	126	0.067	14.1
TkA01G321580	`PF04408`	WHD_HA2	230	260	0.0026	18.5
TkA01G321580	`PF21010`	HA2_C	262	324	1.8e-07	32.3
TkA01G321580	`PF29736`	DDB_G0287209_beta-sheet	289	311	0.43	11.2
TkA01G321580	`PF09782`	NDUF_B6	336	426	0.067	14.1
TkA01G321580	`PF29736`	DDB_G0287209_beta-sheet	341	373	0.43	11.2
TkA01G321580	`PF07717`	OB_NTP_bind	395	445	0.00015	22.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KGU4`	拟南芥	sp\|F4KGU4\|DEAHC_ARATH ATP-dependent RNA helicase DEAH12, chloroplastic	59.700%	Swiss-Prot	高置信
`P0CE10`	拟南芥	sp\|P0CE10\|DEAHB_ARATH ATP-dependent RNA helicase DEAH11, chloroplastic	60.600%	Swiss-Prot	高置信

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